Phần 4 Kết quả và thảo luận
4.3.3. Kết quả nghiên cứu so sánh trình tự nucleotide qua các đời cấy chuyển
Để nghiên cứu các đặc tính sinh học phân tử của chủng virus KTY-PRRS- 06. Chúng tôi đã tiến hành giải trình tự đoạn gen ORF5 của chủng virus nghiên cứu ở các đời cấy chuyển thứ 10, 20, 30, 40 để xác định sự tương đồng về
nucleotide giữa các đời cấy chuyển, qua đó thấy được cụ thể hơn mức độ biến đổi thành phần, trật tự nucleotide cũng như sự biến đổi cấu trúc gen của chủng virus KTY-PRRS-06 qua các đời cấy chuyển.
Chuỗi gen mà chúng tôi tiến hành giải trình tự thành công có kích thước 603bp được dùng làm chuỗi truy cập trong chương trình BLAST của ngân hàng gen quốc tế nhằm tìm kiếm các chuỗi đích đã được đăng ký trong ngân hàng gen dựa vào mức độ tương ứng về nucleotide.
Kết quả so sánh trình tự nucleotide của chủng qua các đời nghiên cứu được xử lý bằng phần mềm Genetyx và thể hiện ở hình 4.11.
Hình 4.11. So sánh trình tự nucleotide của chủng KTY-PRRS-06
ở các đời cấy chuyển
Qua hình 4.11 chúng tôi thấy trong thành phần nucleotide ở các đời cấy chuyển của chủng virus này không có sự thay đổi hoặc có sự thay đổi không đáng kể chỉ khác từ 0 đến 2 nucleotide, cụ thể như sau:
- Đời P0 và đời P10 có trình tự nucleotide giống nhau. - Đời P20, P30 và đời P40 có trình tự nucleotide giống nhau
Sự sai khác giữa đời P0, P10 so với các đời P20, đời P30 và đời P40 được chúng tôi tổng hợp tại bảng 4.8.
Bảng 4.8. Sai khác về vị trí nucleotide ở các đời của chủng KTY-PRRS-06 STT Vị trí sai khác P0 P10 P20 P30 P40 STT Vị trí sai khác P0 P10 P20 P30 P40 1 97 A A G G G 2 135 A A G G G 3 168 A A G G G 4 177 A A T T T 5 280 C C G G G 6 287 G G T T T 7 351 A A G G G 8 405 T T C C C 9 490 G G A A A 10 519 C C G G G 11 587 A A T T T
Qua bảng 4.8 cho thấy, sự sai khác về vị trí nucleotide trong 603 nucleotide theo thứ tự của trình tự thu nhận được của chủng virus KTY-PRRS-06 ở các đời P0 và P10 so với các đời P20, P30 và P40 ở 11 vị trí như sau: 97 (A ↔ G); 135 (A ↔ G); 168 (A ↔ G); 177 (A ↔ T); 280 (C ↔ G); 287 (G ↔ T); 351 (A ↔ G); 405 (T ↔ C); 490 (G ↔ A); 519 (C ↔ G); 587 (A ↔ T).
Từ kết quả giải trình tự đoạn gen ORF5 của chủng PRRS nghiên cứu ở các đời cấy chuyển chúng tôi tiến hành thu thập và xử lý bằng chương trình MEGA5 để so sánh mức độ tương đồng về nucleotide giữa các đời cấy chuyển. Kết quả được thể hiện ở bảng 4.9.
Bảng 4.9. So sánh sự tương đồng về nucleotide của virus KTY-PRRS-06
các đời cấy chuyển
P0 - ORF5 P10 - ORF5 P20 - ORF5 P30 - ORF5 P40 - ORF5
P0 - ORF5 100,00
P10 - ORF5 100,00 100,00
P20 - ORF5 98,15 98,15 100,00
P30 - ORF5 98,15 98,15 100,00 100,00
Qua bảng 4.9 cho thấy:
- Mức độ tương đồng về các nucleotide của đoạn gen ORF5 ở các đời P0 và P10 là 100%; ở các đời P20, P30 và P40 là 100%.
- Độ tương đồng về các nucleotide của đoạn gen ORF5 ở các đời P0 và P10 so với các đời P20, P30 và P40 là 98,15%.
Như vậy, sau khi cấy chuyển qua 40 đời đối với chủng virus KTY-PRRS- 06 thì sự tương đồng về nucleotide đạt tỷ lệ khá cao.