Trong hoạt động điều tra vụ án buôn lậu, vận chuyển trái phép hàng hóa qua biên giới thì vấn đề bắt giữ hàng hóa vi phạm, đối tượng vi phạm giữ một vai trò quan trọng trong điều tra, xử lý. Do vậy, việc áp dụng các biện pháp bắt giữ hàng hóa, phương tiện, đối tượng buôn lậu trong hoạt động điều
tra hình sự cần phải được tính toán kỹ lưỡng vừa nhằm ngăn chặn hậu quả, nhưng vừa phải bảo đảm tính pháp lý chặt chẽ phục vụ cho việc củng cố chứng cứ, kết luận hành vi phạm tội của đối tượng. Để thực hiện được điều đó đòi hỏi phải có thông tin về hàng hóa buôn lậu, phương thức vận chuyển, các địa điểm tập kết để từ đó có các phương án phục kích bắt giữ, thu giữ hàng hóa vi phạm, hồ sơ, tài liệu liên quan đến hàng hóa vi phạm, nhật ký hành trình của phương tiện, chứng từ xuất nhập cảnh... và đồng thời vô hiệu hóa thông tin của các đối tượng để bắt giữ cả đường dây ổ nhóm.
Thực tiễn hoạt động điều tra hình sự của Hải quan đối với các vụ án buôn lậu, vận chuyển trái phép hàng hóa qua biên giới thì để bắt giữ được hàng hóa vi phạm, tạm giữ đối tượng cần phải làm tốt các công tác như lập kế hoạch đón bắt trên cơ sở thu thập thông tin, tài liệu về phương thức, thủ đoạn hoạt động, thời gian, địa điểm tập kết hàng hóa, thời gian và địa điểm vận chuyển, các đối tượng vận chuyển. Trong kế hoạch phải có các nội dung: căn cứ xây dựng kế hoạch; các phương án bắt giữ hàng hóa, đối tượng; lực lượng tham gia; các phương án giải quyết các tình huống phát sinh... Việc thực hiện các thủ tục bắt giữ phải theo quy định của pháp luật, đặc biệt chú trọng trong khâu lập biên bản phạm pháp quả tang. Vì đây là chứng cứ quan trọng trong hồ sơ vụ án và căn cứ để xác định cơ quan Hải quan có quyền điều tra đến giai đoạn nào.
Để bảo đảm đúng quy định của pháp luật, khi phát hiện hành vi buôn lậu, vận chuyển trái phép hàng hóa qua biên giới thì cơ quan Hải quan phải tiến hành kiểm tra, khám xét để thu giữ hàng lậu, lập biên bản phạm pháp quả tang hoặc biên bản vi phạm hành chính, tiến hành tạm giữ hàng hóa, các hóa đơn, chứng từ kèm theo, tiến hành lấy lời khai ngay các đối tượng vi phạm. Trong trường hợp cần thiết (khi pháp luật tố tụng hình sự chưa cho phép Hải quan tạm giữ người) có thể tạm giữ người theo thủ tục hành chính để phục vụ cho hoạt động điều tra.
Trên thực tế đối với những án buôn lậu, vận chuyển trái phép hàng hóa qua biên giới trong trường hợp phạm tội quả tang thì việc lấy lời khai, hỏi cung bị can nhằm để người bị bắt nhận tội buôn lậu hoặc vận chuyển trái phép hàng hóa qua biên giới. Nhưng để làm rõ đường dây ổ nhóm thì tương đối khó khăn vì bọn chúng thường bao che, giấu giếm cho nhau, hy vọng bọn chưa bị phát hiện chạy chọt, lo lót để ra ngoài hoặc bọn chưa bị bắt có trách nhiệm chăm lo gia đình hoặc có trường hợp lo sợ trả thù. Vì vậy, khi nhận định vụ án có tổ chức, đường dây ổ nhóm thì khi khai thác đối tượng có thể chia ra hai giai đoạn: thứ nhất, giai đoạn khai thác ban đầu tập trung đấu tranh với đối tượng bị bắt giữ để chúng nhận hành vi của mình là vi phạm pháp luật, thừa nhận đã thực hiện hành vi buôn lậu, vận chuyển trái phép hàng hóa qua biên giới, các phương thức, thủ đoạn nếu có. Thứ hai, giai đoạn mở rộng điều tra để làm rõ đường dây ổ nhóm: Căn cứ vào lời khai của đối tượng để đấu tranh làm rõ có hay không có đối tượng chủ mưu hoặc đối tượng tiếp tay. Hoặc căn cứ vào tình hình của vụ án để xác định nghi vấn để tiến hành điều tra, như có dấu hiệu chạy án, tẩu tán tài sản, thông cung...
Để công tác lấy lời khai, hỏi cung đạt hiệu quả cao cần phải nghiên cứu hồ sơ, nghiên cứu các hoạt động kinh tế, các văn bản pháp luật có liên quan, nhân thân và hoàn cảnh kinh tế của người có hành vi vi phạm, lấy lời khai nhiều lần, sử dụng linh hoạt các chiến thuật hỏi thẳng, hỏi vòng vo, hỏi trực diện. Kết hợp với các công tác lấy lời khai phải tiến hành xác minh, tổng hợp đối chiếu tìm ra mẫu thuẫn để đấu tranh.
Nhằm nâng cao hiệu quả hoạt động đấu tranh hình sự đối với vụ án buôn lậu, vận chuyển trái phép hàng hóa qua biên giới thì ngoài các giải pháp về tổ chức và tiến hành các hoạt động điều tra hình sự, cần phải tăng cường các hoạt động bổ trợ cho hoạt động điều tra hình sự, đó là các biện pháp kiểm soát hải quan nhằm thu thập thông tin phục vụ cho việc đấu tranh với bọn tội phạm.
Tăng cường công tác vận động quần chúng nhân dân tham gia phòng, chống buôn lậu, vận chuyển trái phép hàng hóa qua biên giới. Đây là một biện
pháp cơ bản, thường xuyên của Hải quan, nhằm vận động quần chúng không tham gia buôn lậu, vận chuyển trái phép hàng hóa qua biên giới, không tiếp tay cho bọn buôn lậu. Lực lượng kiểm soát Hải quan cần phải tổ chức thành các tổ, nhóm thường xuyên thực hiện nhiệm vụ tuần tra, kiểm soát công khai để phát hiện hành vi buôn lậu, vận chuyển trái phép hàng hóa qua biên giới. Cũng như có tác dụng phòng ngừa hành vi buôn lậu, vận chuyển trái phép hàng hóa qua biên giới.
Để tăng cường hiệu quả công tác điều tra hình sự đối với các vụ án buôn lậu, vận chuyển trái phép hàng hóa qua biên giới, theo chúng tôi thì lực lượng Hải quan phải chủ động phòng chống từ xa, chứ không để khi xảy ra mới tiến hành bắt giữ, xử lý, cần phải tấn công vào các đường dây, ổ nhóm buôn lậu. Do vậy, lực lượng Hải quan cần phải chú trọng xây dựng mạng lưới cơ sở bí mật, cộng tác viên rộng khắp cả nước, cả ở nước ngoài để nắm tình hình, phát hiện và có phương án đấu tranh khi bọn buôn lậu bắt đầu thực hiện việc gom hàng, tập kết, thuê người vận chuyển qua biên giới.
Ngoài ra, để tăng cường hiệu quả hoạt động điều tra hình sự thì lực lượng Hải quan cần áp dụng các biện pháp trinh sát nội tuyến, trinh sát ngoại tuyến, trinh sát kỹ thuật... để bổ trợ cho quá trình đấu tranh chuyên án, đấu tranh với bọn buôn lậu, vận chuyển trái phép hàng hóa qua biên giới.