Những nguyên nhân chủ quan gây nên những hạn chế trong thực hiện thẩm quyền điều tra của Hải quan bao gồm:
Một là, về tổ chức bộ máy điều tra hình sự của cơ quan hải quan còn nhiều bất cập, chưa đáp ứng được yêu cầu của cuộc đấu tranh phòng chống tội phạm trong lĩnh vực Hải quan.
Hiện nay, ở Tổng cục Hải quan có hai đơn vị tương đương đều có quyền khởi tố và điều tra vụ án hình sự như nhau, đó là Cục Điều tra chống buôn lậu và Cục Kiểm tra sau thông quan. Bộ Tài chính, Tổng cục Hải quan chưa có văn bản phân công đơn vị nào có nhiệm vụ tham mưu, hướng dẫn hoạt động điều tra hình sự trong toàn ngành. Do vậy, từ khi Bộ luật tố tụng hình sự năm 2003 được ban hành, ngành Hải quan chưa có văn bản nào hướng dẫn việc thực hiện hoạt động tố tụng hình sự.
Theo quy định tại Điều 20 Pháp lệnh Tổ chức điều tra hình sự năm 2004, chỉ có Cục trưởng Cục Điều tra chống buôn lậu, Cục trưởng cục Kiểm
tra sau thông quan, Cục trưởng Cục Hải quan cấp tỉnh, Chi cục trưởng Chi cục Hải quan cửa khẩu và cấp phó của những người nêu trên khi được phân công hoặc được ủy quyền, mới có quyền tiến hành các hoạt động điều tra. Nhưng trong thực tiễn hoạt động điều tra chủ yếu là do các cán bộ Hải quan tiến hành.
Ngành Hải quan chưa tổ chức một hệ thống cơ quan điều tra hình sự riêng, có chức danh tiêu chuẩn riêng, mà lực lượng điều tra hình sự nằm trong lực lượng kiểm soát hải quan. Do vậy, tính chuyên sâu, chuyên nghiệp trong hoạt động tố tụng hình sự còn yếu kém.
Hai là, trình độ chuyên môn, nghiệp vụ của cán bộ điều tra của cơ quan
Hải quan chưa đáp ứng được yêu cầu thực hiện thẩm quyền điều tra của cơ quan Hải quan.
Đội ngũ cán bộ làm công tác điều tra hình sự chủ yếu là kiêm nhiệm, nằm trong lực lượng kiểm soát hải quan. Đội ngũ cán bộ làm công tác kiểm soát hải quan nói chung, điều tra hình sự nói riêng còn thiếu, trình độ chưa đồng đều. Tính đến tháng 6/2010 số lượng cán bộ công chức làm công tác kiểm soát trong toàn Ngành là 1.700 cán bộ trong tổng số gần 8.500 cán bộ công chức, trong đó chỉ có hơn 300 cán bộ có chuyên ngành đào tạo là Luật, An ninh, Cảnh sát (chiếm 20%). Nhiều Cục hải quan tỉnh, thành phố số cán bộ làm công tác kiểm soát hải quan không quá 5 người như: Quảng Nam, Bình Dương, Cà Mau, GiaLai- Kontum. Trình độ của cán bộ kiểm soát đa số mới đáp ứng yêu cầu tuần tra kiểm soát công khai, tổ chức đấu tranh với các vụ việc và chuyên án nhỏ, trong phạm vi hẹp. Do vậy, kiến thức chuyên sâu về pháp luật, kỹ năng, chiến thuật điều tra rất yếu. Dẫn đến chất lượng hoạt động điều tra các vụ án hình sự của Hải quan trong những năm qua không cao. Do không có nghiệp vụ điều tra nên khi phát hiện hành vi buôn lậu, vận chuyển trái phép hàng hóa qua biên giới, cơ quan Hải quan chỉ khởi tố vụ án và chuyển giao luôn cho cơ quan điều tra.
Công tác điều tra hình sự đòi hỏi cán bộ điều tra phải có kiến thức pháp luật, kiến thức về nghiệp vụ ngoại thương, thanh toán quốc tế và nắm rõ các quy trình thủ tục hải quan. Trong những năm qua, ngành Hải quan cũng đã bắt đầu sắp xếp cán bộ theo hướng chuyên môn hóa phù hợp với ngành nghề đã được đào tạo. Nhưng do nhận thức còn coi nhẹ công tác điều tra hình sự cho nên việc bố trí cán bộ còn chưa phù hợp.
Hải quan là ngành tương đối nhạy cảm, liên quan trực tiếp đến tiền và hàng hóa, do vậy, chính sách cán bộ là thường xuyên luân chuyển. Việc luân chuyển là đúng đắn, nhưng cũng nảy sinh nhiều bất cập, đó là công việc được giao sau khi luân chuyển không theo chuyên môn, ngành nghề đào tạo, do vậy, cán bộ làm công tác điều tra luôn thay đổi, dẫn đến thiếu cán bộ có trình độ, kinh nghiệm điều tra.
Trong những năm gần đây, ngành Hải quan đã chú trọng công tác đào tạo, đào tạo lại, nhưng chủ yếu là nghiệp vụ kiểm soát hải quan nói chung, còn nghiệp vụ điều tra chuyên sâu chưa được quan tâm. Hiện nay, Tổng cục Hải quan mới ký quy chế với các Học viện của Bộ Công an, Bộ Quốc phòng để đào tạo cán bộ điều tra và cán bộ tình báo hải quan.
Ba là, điều kiện cơ sở vật chất, kỹ thuật phục vụ phát hiện, đấu tranh
phòng, chống buôn lậu, vận chuyển trái phép hàng hóa quan biên giới còn thiếu thốn, chưa đáp ứng yêu cầu phát hiện và xử lý tội phạm trong lĩnh vực hải quan.
Điều kiện vật chất, kỹ thuật để phục vụ hoạt động phòng, chống buôn lậu, vận chuyển trái phép hàng hóa qua biên giới còn hạn chế, kinh phí phục vụ công tác điều tra còn hạn hẹp, không đáp ứng yêu cầu. Phương tiện chính để đảm bảo tuần tra kiểm soát, phát hiện bắt giữ trên biển trong toàn ngành chỉ có 27 con tàu, 36 xuồng, canô, 10 ống nhòm. Trong đó có 5 tàu dầu chỉ phục vụ tiếp nhiên liệu, 6 tàu GRIP của Nga đóng từ những năm 80, 4 tàu cao
tốc của Australia, còn lại là tàu Việt Nam đóng. Phương tiện chính để đảm bảo tuần tra, truy đuổi và bắt giữ bọn buôn lậu trên tuyến biên giới đường bộ chủ yếu là xe gắn máy: 25 chiếc Rebell, 70 chiếc future. Các phương tiện này chưa đáp ứng yêu cầu về tối thiểu để thực hiện nhiệm vụ tuần tra kiểm soát thường xuyên. Trong tình hình bọn buôn lậu sử dụng các phương tiện kỹ thuật hiện đại, tàu lớn, có tốc độ cao thì phương tiện kỹ thuật lạc hậu của Hải quan càng không đáp ứng được yêu cầu truy đổi và bắt giữ bọn buôn lậu. Qua nghiên cứu số liệu bắt giữ của Cục Điều tra chống buôn lậu thì chỉ có 12% vụ án buôn lậu bắt được thông qua hoạt động tuần tra, kiểm soát công khai, còn lại 88% số vụ bắt được thông qua hoạt động đấu tranh chuyên án.
Để thực hiện có kết quả tốt công tác điều tra một chuyên án hoặc một vụ án buôn lậu, vận chuyển trái phép hàng hóa qua biên giới phải có một lượng kinh phí tài chính lớn, chi phí cho đặc tình, cơ sở bí mật, chi phí xăng dầu, chí phí giám định... Do vậy, lẽ ra cơ quan Hải quan phải được cấp một nguồn kinh phí, vật chất đảm bảo cho hoạt động điều tra hình sự, song lại không có. Để thực hiện các hoạt động điều tra hình sự, các đơn vị phải sử dụng nguồn kinh phí khoán, nên rất hạn hẹp, có nơi không khuyến khích hoạt động điều tra hình sự vì không có kinh phí, nhiều đơn vị phải lấy thu bù chi trong hoạt động kiểm soát. Đó cũng là lý do các vụ án buôn lậu, vận chuyển trái phép hàng hóa qua biên giới bị "hành chính hóa" để có nguồn kinh phí từ thu xử phạt và bán hàng tịch thu bù đắp các chi phí ban đầu.
Chương 3