Điều tra chuyên trách, Viện kiểm sát nhân dân và các cơ quan được giao nhiệm vụ tiến hành một số hoạt động điều tra
- Theo quy định tại Điều 26 Pháp lệnh Tổ chức điều tra hình sự năm 2004 thì quan hệ giữa Cơ quan điều tra với cơ quan được giao nhiệm vụ tiến hành một số hoạt động điều tra, giữa các cơ quan được giao nhiệm vụ tiến hành một số hoạt động điều tra với nhau là quan hệ phân công và phối hợp trong hoạt động điều tra. Như vậy, mối quan hệ giữa cơ quan điều tra chuyên trách và cơ quan Hải quan là quan hệ phân công và phối hợp trong hoạt động điều tra. Trong quá trình thực hiện nhiệm vụ, nếu phát hiện hành vi buôn lậu, vận chuyển trái phép hàng hóa, tiền tệ qua biên giới thì cơ quan Hải quan tiến hành khởi tố vụ án, tiến hành một số hoạt động điều tra, sau đó chuyển vụ án cho cơ quan điều tra có thẩm quyền. Còn cơ quan Điều tra, nếu phát hiện hành vi buôn lậu, vận chuyển trái phép đến mức truy cứu trách nhiệm hình sự thì trong phạm vi trách nhiệm, quyền hạn của mình có quyền khởi tố vụ án, tiến hành các hoạt động điều tra. Trong quá trình điều tra, cơ quan điều tra có thể phối hợp với cơ quan Hải quan để nghiên cứu hồ sơ, phân tích chứng cứ... ví dụ: vụ án buôn lậu xảy ra tại Công ty cổ phần xuất nhập khẩu y tế Thành phố Hồ Chí Minh, Cơ quan điều tra yêu cầu Hải quan phối hợp cung cấp các thông tin, văn bản pháp luật và đánh giá chứng cứ của vụ án.
Đối với những trường hợp cơ quan Hải quan phát hiện hành vi vi phạm đến mức truy cứu trách nhiệm hình sự, mà vụ việc đó đang do cơ quan điều tra thụ lý thì cơ quan Hải quan chuyển các thông tin cho Cơ quan Điều tra để củng cố chứng cứ, tiến hành hoạt động điều tra, ví dụ: vụ án buôn lậu xảy ra tại Công ty trách nhiệm hữu hạn Thực phẩm JIN HUI Việt Nam khi cơ quan Hải quan phát hiện Công ty nhập khẩu mật ong Trung Quốc (chứ không phải nước đường để về sản xuất mật ong nhân tạo như theo khai báo của Công ty), sau đó tái xuất luôn để xin xuất xứ Việt Nam để xuất khẩu sang Mỹ (vì mật ong Trung Quốc bị cấm nhập vào Mỹ do dư lượng kháng sinh cao), nên cơ quan Hải quan đã tiến hành điều tra, xác minh. Tại thời điểm đó Công an Hà Nội cũng đang tiến hành điều tra, xác minh vụ việc theo yêu cầu của Hiệp hội nuôi ong Việt Nam. Do vậy, cơ quan Hải quan đã bàn giao hồ sơ vụ việc cho cơ quan Công an và phối hợp với Công an tiếp tục điều tra vụ án.
Ngược lại, đối với những vụ việc mà cơ quan Hải quan đang thụ lý (kể cả đang điều tra trinh sát) thì cơ quan Điều tra có thể chuyển giao các thông tin, hồ sơ... cho cơ quan Hải quan và phối hợp làm rõ. Tuy nhiên, trong trường hợp cần thiết, Cơ quan điều tra có thẩm quyền có quyền yêu cầu cơ quan được giao nhiệm vụ tiến hành một số hoạt động điều tra chuyển ngay hồ sơ vụ án để trực tiếp điều tra. Các yêu cầu của Cơ quan điều tra có giá trị bắt buộc thi hành đối với cơ quan được giao nhiệm vụ tiến hành một số hoạt động điều tra. Theo quy định tại Điều 6 Pháp lệnh Tổ chức điều tra hình sự thì Viện kiểm sát nhân dân kiểm sát việc tuân theo pháp luật trong hoạt động điều tra nhằm bảo đảm hoạt động điều tra của cơ quan Hải quan tuân thủ các quy định của Bộ luật tố tụng hình sự. Viện kiểm sát nhân dân có quyền yêu cầu Cơ quan Hải quan khắc phục vi phạm pháp luật trong hoạt động điều tra. Như vậy, mối quan hệ giữa cơ quan Hải quan với Viện kiểm sát nhân dân là mối quan hệ giữa cơ quan kiểm sát và cơ quan chịu sự kiểm sát trong quá trình điều tra vụ án hình sự. Cơ quan Hải quan phải thực hiện những yêu cầu, quyết định của Viện kiểm sát theo quy định của Bộ luật tố tụng hình sự.
Bộ đội Biên phòng, Cảnh sát biển và cơ quan Hải quan tuy có chức năng, nhiệm vụ khác nhau, nhưng đều hoạt động ở các khu vực cửa khẩu, biên giới và có một nhiệm vụ chung là phòng, chống buôn lậu và vận chuyển trái phép hàng hóa qua biên giới. Để công tác phòng, chống buôn lậu, vận chuyển trái phép hàng hóa qua biên giới đạt kết quả cao thì đòi hỏi các lực lượng này phải thường xuyên trao đổi thông tin, phối hợp trong công tác bắt giữ, xử lý.
Do vậy, trong hoạt động điều tra hình sự, ngoài mối quan hệ phối hợp với cơ quan điều tra, với Viện kiểm sát nhân dân, Hải quan còn có mối quan hệ phối hợp với các cơ quan được giao nhiệm vụ tiến hành một số hoạt động điều tra, như Bộ đội Biên phòng, Cảnh sát biển... trong việc tiếp nhận, trao đổi và xử lý thông tin; phối hợp trong hoạt động tuần tra, kiểm soát; phối hợp trong công tác phát hiện, ngăn chặn, điều tra, xử lý.