Hiện nay, bộ máy chuyên trách làm nhiệm vụ điều tra hình sự chưa được thành lập. Nhiệm vụ điều tra các vụ án buôn lậu, vận chuyển trái phép hàng hóa qua biên giới được quy định một cách chung chung trong các Quyết định của Bộ Tài chính quy định về chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của các đơn vị thuộc ngành Hải quan. Do vậy, khi phát hiện hành vi
buôn lậu, vận chuyển trái phép hàng hóa qua biên giới thì Lãnh đạo Cục Điều tra chống buôn lậu, Lãnh đạo Cục Hải quan tỉnh, thành phố mới thành lập Ban chuyên án hoặc Tổ điều tra vụ án đó, thành phần do 01 Lãnh đạo làm trưởng Ban/Tổ trưởng, thành viên là cán bộ của các Phòng, ban. Vì vậy, hiệu quả điều tra hình sự không cao, do không có tính chuyên sâu, chuyên nghiệp trong hoạt động điều tra.
Để thực hiện nhiệm vụ phòng, chống buôn lậu, vận chuyển trái phép hàng hóa qua biên giới có hiệu quả, cần phải sửa đổi, bổ sung Quyết định số 30/2003/QĐ-BTC của Bộ Tài chính quy định về chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của các đơn vị thuộc Tổng cục Hải quan, Cục Hải quan tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương; sửa đổi, bổ sung Quyết định 72/2006/QĐ-BTC ngày 13/12/2006 quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Cục Điều tra chống buôn lậu theo hướng quy định hệ thống cơ quan điều tra hình sự chuyên trách trong hệ thống các cơ quan Hải quan từ Trung ương đến địa phương. Cụ thể:
Tổng cục Hải quan thành lập Phòng điều tra hình sự trực thuộc Cục Điều tra chống buôn lậu, có nhiệm vụ tham mưu cho Lãnh đạo Cục và Tổng cục về công tác điều tra hình sự trong toàn ngành, trực tiếp điều tra các vụ án hình sự do Cục Điều tra chống buôn lậu phát hiện hoặc vụ án lớn, phức tạp liên quan đến nhiều địa phương, nhiều ngành mà Cục Hải quan tỉnh, thành phố, Chi cục Hải quan không đủ khả năng điều tra hoặc những vụ án có liên quan đến công chức Hải quan.
Cục Kiểm tra sau thông quan thành lập thêm phòng Tham mưu xử lý vi phạm, trong đó có một Tổ chuyên trách về điều tra hình sự, trực tiếp điều tra các vụ án buôn lậu, vận chuyển trái phép hàng hóa qua biên giới do Cục kiểm tra sau thông quan phát hiện.
Cục Hải quan địa phương thành lập Tổ chuyên trách điều tra hình sự trong Đội Kiểm soát hải quan. Ngoài chức năng chỉ đạo, hướng dẫn kiểm tra
các Chi cục Hải quan về công tác điều tra hình sự, Tổ chuyên trách điều tra hình sự trực tiếp điều tra những vụ án buôn lậu, vận chuyển trái phép do Cục Hải quan tỉnh phát hiện hoặc các vụ án liên quan đến địa bàn hoạt động của hai Chi cục Hải quan trở lên hoặc những vụ án mà Chi cục Hải quan không đủ khả năng điều tra chuyển lên.
Chi cục thành lập Bộ phận chuyên trách trong Đội tổng hợp, có nhiệm vụ tiến hành điều tra các vụ án do Chi cục Hải quan cửa khẩu phát hiện trong phạm vi thẩm quyền của mình.
Các đơn vị chuyên trách điều tra hình sự có trách nhiệm tiếp nhận tố giác, tin báo về tội phạm và kiến nghị khởi tố của các cá nhân, tổ chức và các cơ quan nhà nước.