Hiệu quả công tác điều tra hình sự đối với vụ án buôn lậu và vận chuyển trái phép hàng hóa qua biên giới phụ thuộc rất lớn vào năng lực, trình độ cán bộ làm công tác điều tra. Do đó, việc đào tạo, bồi dưỡng, nâng cao trình độ kiến thức cho cán bộ làm công tác điều tra là vấn đề cấp bách hiện nay. Vì vậy, Trung tâm Bồi dưỡng cán bộ Hải quan (nay là Trường Hải quan Việt Nam) cần phải phối hợp với Cục Điều tra chống buôn lậu, phối hợp với các trường Đại học, Trung tâm đào tạo của Công an, Quân đội để phối hợp đào tạo cán bộ nhằm nâng cao năng lực điều tra, trinh sát của cán bộ Hải quan.
Bên cạnh đó cần phải hoàn thiện giáo trình điều tra hình sự cho các lớp nghiệp vụ hải quan theo hướng: ngoài phần quy định thẩm quyền điều tra của Hải quan, cần phải bổ sung phần nội dung về hoạt động điều tra hình sự chuyên sâu, các biện pháp điều tra, khám xét... Mời thêm giáo viên của Học viện An ninh, Học viện Cảnh sát, Học viện Biên phòng có kinh nghiệm giảng dạy về công tác điều tra các vụ án buôn lậu, vận chuyển trái phép hàng hóa qua biên giới tham gia giảng dạy các lớp nghiệp vụ hải quan.
Ổn định đội ngũ cán bộ điều tra hình sự của Hải quan theo hướng chuyên môn hóa là hết sức quan trọng. Do đặc điểm của ngành Hải quan, cán bộ tại các Cục Hải quan tỉnh thường xuyên phải luân chuyển, dẫn đến sự xáo trộn về mặt cán bộ, cán bộ điều tra có kinh nghiệm thì bị luân chuyển đi làm việc khác, cán bộ mới luân chuyển về không tránh khỏi những lúng túng về mặt thủ tục, trình tự điều tra, thậm chí còn có những sai sót trong quá trình điều tra. Vì vậy, để tạo điều kiện cho cán bộ điều tra có điều kiện tích lũy kinh nghiệm, hoàn thành tốt nhiệm vụ được giao thì ngoài việc đào tạo, bồi dưỡng nâng cao năng lực trình độ, thì việc bố trí, ổn định cán bộ làm công tác điều tra hình sự ở các đơn vị hải quan là hết sức cần thiết.
Vì vậy, cần phải có chế độ chính sách, đãi ngộ phù hợp để cán bộ làm công tác điều tra an tâm công tác như chế độ phụ cấp, thanh toán tiền làm thêm giờ... Việc luân chuyển cán bộ điều tra cũng chỉ thực hiện trong hệ thống Tổ chức điều tra hình sự của ngành.
Xây dựng các tiêu chuẩn, chức danh cán bộ điều tra, trên cơ sở đó, tuyển chọn những người có đủ điều kiện, năng lực sang làm công tác điều tra, có chương trình đạo tạo, tái đào tạo cho phù hợp. Cán bộ làm công tác điều tra hình sự ít nhất phải có các tiêu chuẩn cơ bản: là công dân Việt Nam trung thành với Tổ quốc và Hiến pháp nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam, có phẩm chất đạo đức tốt, liêm khiết và trung thực; có sức khỏe tốt để hoàn thành được nhiệm vụ điều tra; có trình độ Đại học an ninh, Đại học cảnh sát hoặc Đại học luật, có kiến thức về kinh tế ngoại thương, thanh toán quốc tế; có thời gian làm cụng tác kiểm soát hải quan ít nhất từ 4 năm trở lên.