Mặc dù, đã đạt được những kết quả nhất định trong việc thực hiện thẩm quyền điều tra, nhưng trong hoạt động của mình cơ quan Hải quan vẫn đang có một số tồn tại sau đây:
Thứ nhất, việc tiếp nhận và xử lý tin báo tội phạm liên quan đến hoạt
động của cơ quan Hải quan còn nhiều bất cập và thiếu sót.
Theo quy định của Bộ luật tố tụng hình sự và Pháp lệnh Tổ chức điều tra hình sự thì cơ quan Hải quan có trách nhiệm phải tiếp nhận và xử lý các tin báo tội phạm do cá nhân, tổ chức hoặc cơ quan nhà nước cung cấp. Theo chỉ đạo của Lãnh đạo Tổng cục Hải quan, các đơn vị trực thuộc Tổng cục Hải quan, Cục Hải quan các tỉnh, thành phố đều phải thiết lập đường dây nóng để người dân phản ánh, thông báo về việc vi phạm của công chức hải quan và tổ
chức phòng tiếp dân. Các số điện thoại đường dây nóng bao gồm của Cục trưởng, Phó cục trưởng, Trưởng Phòng tổ chức cán bộ và đều được công bố công khai tại trụ sở cơ quan Hải quan và thông báo trên báo Hải quan. Tuy nhiên, tin báo theo đường dây nóng chủ yếu là các tin báo về hành vi sách nhiễu của cán bộ Hải quan đối với doanh nghiệp trong quá trình làm thủ tục hải quan. Phòng tiếp dân chủ yếu là tiếp nhận đơn khiếu nại, tố cáo hoặc các yêu cầu hướng dẫn về thủ tục hải quan.
Ngành Hải quan chưa có quy định về trình tự, thủ tục, giải quyết tin báo về hành vi buôn lậu, vận chuyển trái phép hàng hóa qua biên giới và cũng chưa phân công đơn vị có trách nhiệm tiếp nhận và xử lý tin báo tội phạm. Hiện nay, duy nhất trong toàn ngành chỉ có Cục Điều tra chống buôn lậu là có số điện thoại đường dây nóng tiếp nhận tin báo tội phạm, nhưng không có trụ sở tiếp nhận tin báo tội phạm để cá nhân, tổ chức đến cung cấp. Nhiều trường hợp các cá nhân, tổ chức cung cấp thông tin tội phạm, do chưa có quy định cụ thể, dẫn đến việc giải quyết không kịp thời hoặc không được giải quyết làm giảm lòng tin của nhân dân đối với cơ quan Hải quan. Do vậy, trong thời gian qua việc tiếp nhận tin báo tội phạm từ các tổ chức, cá nhân không nhiều. Điều đó ảnh hưởng rất lớn đến việc phát hiện tội phạm và làm giảm hiệu quả công tác điều tra tội phạm của cơ quan Hải quan.
Thứ hai, thực hiện chưa nghiêm túc thẩm quyền điều tra theo quy định
của pháp luật tố tụng hình sự đã làm hạn chế hiệu quả đấu tranh phòng chống tội phạm.
Thẩm quyền điều tra hình sự mà nhà nước trao cho ngành Hải quan có tác dụng rất lớn trong công tác phòng, ngừa hành vi buôn lậu, vận chuyển trái phép hàng hóa qua biên giới và chống thất thu thuế. Nhưng ngành Hải quan chưa nhận thức được đầy đủ và chính xác về ví trí, vai trò của công tác điều tra tội phạm hình sự, mà chủ yếu quan tâm nhiều đến vấn đề thu thuế. Từ nhận thức chưa đầy đủ, chính xác về thẩm quyền điều tra của Hải quan dẫn đến một loạt
vấn đề khác ảnh hưởng đến công tác điều tra như: công tác chỉ đạo điều hành, công tác triển khai hoạt động điều tra, công tác bố trí cán bộ làm công tác điều tra...
Từ khi Bộ luật hình sự năm 2003 và Pháp lệnh Tổ chức điều tra hình sự năm 2004 có hiệu lực, ngành Hải quan chưa có văn bản hướng dẫn triển khai thực hiện thẩm quyền điều tra của Hải quan, trình tự thủ tục tiến hành điều tra một vụ án cho cơ quan Hải quan các cấp, cũng như ban hành mẫu ấn chỉ sử dụng trong hoạt động tố tụng trong toàn ngành. Vì vậy, khi điều tra vụ án hình sự, Hải quan còn gặp nhiều khó khăn, vướng mắc về trình tự thủ tục tiến hành.
Do vậy cho đến nay, kết quả hoạt động điều tra hình sự của cơ quan Hải quan chiếm một số lượng rất nhỏ, không đáng kể so với thực tế tình hình tội phạm xảy ra trong lĩnh vực hải quan. Cơ quan Hải quan chỉ tiến hành khởi tố, điều tra gần 200 vụ/21.510 vụ buôn lậu, vận chuyển trái phép hàng hóa qua biên giới.
Chi cục Hải quan là cơ quan Hải quan có trách nhiệm làm thủ tục hải quan cho hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu, thường xuyên phải thực hiện nhiệm vụ tuần tra, kiểm soát trong địa bàn hoạt động hải quan. Các vụ buôn lậu, vận chuyển trái phép hàng hóa qua biên giới chủ yếu do Chi cục Hải quan phát hiện và bắt giữ. Tuy nhiên, từ năm 2006 đến nay, chưa có Chi cục Hải quan nào khởi tố vụ án và tiến hành hoạt động điều tra theo quy định của pháp luật tố tụng hình sự. Khi phát hiện hành vi vi phạm pháp luật hải quan đến mức truy cứu trách nhiệm hình sự, các Chi cục cũng chỉ lập biên bản vi phạm hành chính trong lĩnh vực hải quan, tạm giữ tang vật, phương tiện vi phạm, tiến hành khám xét theo thủ tục hành chính..., sau đó chuyển hồ sơ vụ việc về Phòng tham mưu xử lý vi phạm và thu thập, xử lý thông tin nghiệp vụ hải quan để làm thủ tục khởi tố hoặc chuyển giao cho cơ quan điều tra có thẩm quyền. Trong 185 vụ án buôn lậu, vận chuyển trái phép hàng hóa qua biên giới do Hải quan phát hiện và khởi tố thì không có vụ án nào cơ quan Hải
quan tiến hành khởi tố vụ án, tiến hành các hoạt động điều tra và chuyển cho Viện kiểm sát để xem xét truy tố. Mặc dù rất nhiều vụ án, cơ quan Hải quan bắt giữ quả tang, chứng cứ, lai lịch người phạm tội rõ ràng.
Theo quy định của Bộ luật tố tụng hình sự thì sau khi khởi tố vụ án, cơ quan Hải quan có quyền tiến hành các hoạt động điều tra. Nhưng trong thực tế, khi xác định vụ việc vi phạm có dấu hiệu vi phạm pháp luật hình sự thì cơ quan Hải quan trao đổi ý kiến với Viện kiểm sát nhân dân hoặc với cơ quan Điều tra, sau đó tiến hành khởi tố và chuyển giao vụ án ngay cho cơ quan điều tra mà không tiến hành bất cứ hoạt động điều tra nào. Ví dụ, như vụ buôn lậu 10 container gỗ huê xảy ra tại cảng Cát Lát - Thành phố Hồ Chí Minh, sau khi khởi tố vụ án, Cục Điều tra chống buôn lậu chuyển giao ngay vụ án, kèm theo hồ sơ, tang vật cho cơ quan Cảnh sát điều tra - Bộ Công an, mà không thực hiện các hoạt động điều tra theo quy định của pháp luật, kể cả việc chuyển hóa chứng cứ trinh sát sang chứng cứ được thu thập theo thủ tục Bộ luật tố tụng hình sự quy định làm căn cứ chứng minh hành vi vi phạm.
Ngoài các vụ mà cơ quan Hải quan tiến hành khởi tố và chuyển giao cho cơ quan Điều tra, có rất nhiều vụ buôn lậu và vận chuyển trái phép hàng hóa qua biên giới, sau khi tiến hành xác minh theo thủ tục hành chính, xác định vụ vi phạm có dấu hiệu vi phạm pháp luật hình sự thì cơ quan Hải quan tiến hành chuyển giao ngay vụ việc cho cơ quan điều tra chuyên trách, mà không khởi tố vụ án và tiến hành các hoạt động điều tra theo quy định của pháp luật (kể cả nhiều trường hợp phát hiện quả tang, chứng cứ rõ ràng). Điều này cho thấy cơ quan Hải quan tự hạn chế thẩm quyền của mình trong hoạt động tố tụng. Ví dụ, ngày 26/5/2009, Đội Kiểm soát Hải quan thuộc Cục Hải quan tỉnh An Giang phát hiện và bắt quả tang Nguyễn Văn Hùng vận chuyển trái phép 2kg vàng qua biên giới để sang Camphuchia. Hải quan tỉnh An Giang chỉ ra Quyết định tạm giữ người, tạm giữ tang vật, phương tiện vi phạm hành chính và tiến hành lấy lời khai, không khởi tố vụ án, mà chuyển hồ sơ, tang vật cho cơ quan Điều tra - Công an thị xã Châu Đốc tiến hành
khởi tố và điều tra vụ án theo thẩm quyền.
Theo thống kê của Cục Điều tra chống buôn lậu, hàng năm cơ quan Hải quan chuyển cho cơ quan điều tra chuyên trách, cơ quan Viện kiểm sát hàng trăm vụ buôn lậu, vận chuyển trái phép hàng hàng qua biên giới, để các cơ quan này xem xét khởi tố.
Thứ ba, Quan hệ phối hợp điều tra giữa các đơn vị trong cơ quan Hải
quan, giữa cơ quan Hải quan cấp trên và cơ quan Hải quan cấp dưới và giữa cơ quan Hải quan với các cơ quan khác còn nhiều bất cập, hạn chế hiệu quả phát hiện và xử lý tội phạm.
Theo Điều 12 Luật Hải quan thì Hải quan Việt Nam được tổ chức và hoạt động theo nguyên tắc tập trung, thống nhất. Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan thống nhất quản lý, điều hành hoạt động của Hải quan các cấp; Hải quan cấp dưới chịu sự chỉ đạo, điều hành của Hải quan cấp trên.
Mặc dù pháp luật quy định tổ chức và hoạt động của hải quan theo nguyên tắc tập trung, thống nhất. Nhưng trong thực tế "tính cục bộ địa phương" vẫn còn tồn tại trong mối quan hệ giữa các đơn vị Hải quan với nhau. Việc cung cấp thông tin về tội phạm, việc phối hợp trong hoạt động điều tra, bắt giữ, xử lý giữa các đơn vị Hải quan rất hạn chế. Nhiều vụ án buôn lậu, vận chuyển trái phép hàng hóa qua biên giới có sự tiếp tay của cán bộ Hải quan hoặc trách nhiệm quản lý của Hải quan. Do vậy, Cục Hải quan các tỉnh, thành phố không phối hợp, phối hợp không kịp thời hoặc kéo dài thời gian, gây cản trở cho hoạt đồng điều tra nhằm tẩu tán tang vật, phương tiện vi phạm hoặc hợp thức hóa hóa đơn chứng từ. Nhiều trường hợp để bảo vệ công tác nội bộ, các đơn vị đã không cung cấp thông tin, hồ sơ chứng từ theo yêu cầu của Cục Điều tra chống buôn lậu, cho đến khi Tổng cục Hải quan có văn bản chỉ đạo mới thực hiện.
trao đổi thông tin rất phức tạp. Nếu muốn yêu cầu bất kỳ đơn vị nào trong Cục cung cấp thông tin hoặc cung cấp hồ sơ chứng từ thì đầu tiên cơ quan yêu cầu phải có công văn hoặc giấy giới thiệu đến Phòng tham mưu xử lý vi phạm - là đơn vị đầu mối tiếp nhận yêu cầu phối hợp. Sau khi nghiên cứu, Phòng tham mưu báo cáo Lãnh đạo Cục bằng văn bản. Khi được Lãnh đạo Cục đồng ý thì Phòng tham mưu mới làm thông báo cho các đơn vị trong Cục biết để cung cấp thông tin hoặc tài liệu theo yêu cầu. Do vậy, việc phối hợp không kịp thời và mất rất nhiều thời gian.
Thứ tư, quan hệ phối hợp với cơ quan điều tra, Viện kiểm sát và các cơ quan được giao nhiệm vụ tiến hành một số hoạt động điều tra khác chưa được chặt chẽ, hạn chế hiệu quả phát hiện, xử lý và phòng ngừa tội phạm.
Mối quan hệ giữa cơ quan Hải quan với các cơ quan điều tra chuyên trách là mối quan hệ phân công và phối hợp trong điều tra. Trong thực tế, việc phối hợp giữa cơ quan điều tra chuyên trách với cơ quan được giao nhiệm vụ tiến hành một số hoạt động điều tra không có hiệu quả, không thường xuyên, chỉ mang tính vụ việc.
Theo quy định tại Điều 28 Pháp lệnh Tổ chức điều tra hình sự thì trong trường hợp cần thiết, Cơ quan điều tra có thẩm quyền có quyền yêu cầu cơ quan được giao nhiệm vụ tiến hành một số hoạt động điều tra chuyển ngay hồ sơ vụ án để trực tiếp điều tra. Các yêu cầu của Cơ quan điều tra có giá trị bắt buộc thi hành đối với cơ quan được giao nhiệm vụ tiến hành một số hoạt động điều tra. Do vậy, đã xảy ra nhiều trường hợp Hải quan đang tiến hành điều tra, xác minh thì cơ quan Điều tra lại yêu cầu chuyển hồ sơ để nghiên cứu làm cho việc điều tra bị tạm dừng, việc kết luận điều tra phải chờ kết quả từ cơ quan Điều tra. Vì vậy, vấn đề làm thủ tục hải quan, thông quan hàng hóa bị đình trệ, gây khó khăn cho doanh nghiệp. Ví dụ: trường hợp Công ty trách nhiệm hữu hạn Xuân Phương nhập khẩu máy cày ở Thành phố Hồ Chí Minh. Theo quy định tại Quyết định 46/2001/QĐ-TTg ngày 4/4/2001 của Thủ tướng
Chính phủ về quản lý hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu thời kỳ 2001-2005 thì máy cày đã qua sử dụng được phép nhập khẩu bình thường. Tuy nhiên, theo quy định tại Nghị định 12/2006/NĐ-CP có hiệu lực từ ngày 1/5/2006 thì ôtô các loại đó qua sử dụng được nhập khẩu phải bảo đảm điều kiện: loại đó qua sử dụng không quá 5 năm, tính từ năm sản xuất đến năm nhập khẩu. Công ty trách nhiệm hữu hạn Tuấn Hải đã mua 15 chiếc máy cày đã qua sử dụng sản xuất từ năm 1998, theo thỏa thuận trên hợp đồng thì hàng sẽ đến Việt Nam vào tháng 4/2006, nhưng do việc vận chuyển trên biển gặp bão, nên hàng về đến Việt Nam ngày 18/5/2006 và theo quy định thì hàng này cấm nhập khẩu. Cơ quan Hải quan đang tiến hành điều tra xác minh tại hãng tàu và cảng nước ngoài để xác định việc vi phạm là do khách quan hay doanh nghiệp cố ý thì cơ quan cảnh sát điều tra Thành phố Hồ Chí Minh đã yêu cầu Cục Hải quan chuyển giao hồ sơ. Cục Hải quan Thành phố Hồ Chí Minh phải chuyển hồ sơ cho cơ quan Điều tra và việc thông quan lô hàng của Công ty phải chờ kết luận điều tra. Sau 2 tháng cơ quan Điều tra lại căn cứ việc xác minh của Hải quan có trong hồ sơ ban đầu, đã trả hồ sơ cho Cục Hải quan để xử lý hành chính. Chính việc chuyển hồ sơ nêu trên đã làm cho việc giải quyết lô hàng kéo dài, gây thiệt hại về kinh tế cho doanh nghiệp.
Mặc dù pháp luật đã quy định đối với những tội nghiêm trọng, rất nghiêm trọng, đặc biệt nghiêm trọng, sau khi khởi tố vụ án thì trong vòng 7 ngày phải chuyển cho cơ quan điều tra có thẩm quyền. Tuy nhiên, việc chuyển cho cơ quan điều tra nào chưa có hướng dẫn cụ thể, do vậy, cơ quan Hải quan rất lúng túng trong việc chuyển giao và thường mất rất nhiều thời gian, thủ tục trong việc trao đổi, thống nhất cơ quan tiếp nhận. Tổng cục Hải quan đã ký Quy chế phối hợp trong phòng, chống tội phạm và các hành vi vi phạm pháp luật khác với Tổng cục Cảnh sát, Bộ tư lệnh Bộ đội biên phòng. Nhưng trong thực tiễn công tác phối hợp trong cung cấp thông tin, điều tra còn nhiều hạn chế do các lực lượng không muốn chia sẻ thông tin, kinh nghiệm trong hoạt động điều tra hoặc còn mang tính cục bộ... Hiện nay, chưa có văn bản pháp luật nào quy
định trách nhiệm pháp lý của các cơ quan, tổ chức trong phối hợp điều tra. Đây cũng chính là nguyên nhân dẫn đến việc phối hợp giữa Hải quan với cơ quan điều tra chưa chặt chẽ, chỉ mang tính hình thức thủ tục.
Nhận thức của một số cán bộ Hải quan, kể cả Công an, Bộ đội Biên phòng còn nảy sinh tư tưởng coi nhẹ việc phối hợp, vì cho rằng việc phối hợp chỉ thêm phức tạp, làm lộ bí mật, kéo dài thời gian dẫn đến hiệu quả không cao.