Các quy định của pháp luật là cơ sở để cơ quan Hải quan tiến hành các hoạt động tố tụng hình sự. Để bảo đảm cho hoạt động của cơ quan Hải quan đạt hiệu quả cao thì hệ thống pháp luật phải đồng bộ, quy định rõ ràng trách nhiệm quyền hạn của cơ quan Hải quan, công chức Hải quan trong hoạt động tố tụng hình sự, quyền và nghĩa vụ của tổ chức cá nhân có liên quan.
Sửa đổi, bổ sung Luật Hải quan là hết sức cần thiết trong tình hình hiện nay. Theo quy định tại Điều 5 Pháp lệnh Hải quan năm 1990 thì địa bàn hoạt động Hải quan bao gồm khu vực cửa khẩu, cảng biển, cảng sông quốc tế, cảng hàng không dân dụng quốc tế, bưu điện quốc tế, khu vực kiểm soát hải quan dọc theo biên giới, bờ biển, hải đảo, vùng tiếp giáp lãnh hải và những địa điểm khác ở nội địa do Pháp lệnh này quy định.
Nghị định 128-HĐBT ngày 19/4/1991 quy định khu vực kiểm soát hải quan bao gồm: khu vực kiểm soát hải quan dọc theo biên giới đất liền bao gồm các xã và các đơn vị hành chính tương đương trong khu vực biên giới Việt Nam; khu vực kiểm soát hải quan trên sông, suối biên giới là phần sông suối biên giới trong phạm vi các xã và đơn vị hành chính tương đương trong khu vực biên giới; khu vực kiểm soát hải quan dọc theo bờ biển và hải đảo bao gồm các xã và các đơn vị hành chính tương đương ở ven biển và hải đảo; khu vực kiểm soát hải quan trên biển bao gồm nội thủy, lãnh hải và vùng tiếp giáp lãnh hải của nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam.
Ngày 29/6/2001, Quốc hội đã thông qua Luật Hải quan thay thế Pháp lệnh Hải quan năm 1990. Theo quy định tại Điều 6 của Luật Hải quan thì địa bàn hoạt động chỉ bao gồm các khu vực cửa khẩu đường bộ, ga đường sắt liên vận quốc tế, cảng biển quốc tế, cảng sông quốc tế, cảng hàng không dân dụng quốc tế, các địa điểm làm thủ tục hải quan ngoài cửa khẩu, khu chế xuất, kho ngoại quan, kho bảo thuế, khu vực ưu đãi hải quan, bưu điện quốc tế, các địa điểm kiểm tra hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu trong lãnh thổ và trên vùng biển thực hiện quyền chủ quyền của Việt Nam, trụ sở doanh nghiệp khi tiến hành kiểm tra sau thông quan và các địa bàn hoạt động hải quan khác theo quy định của pháp luật.
Theo quy định của Luật Hải quan thì địa bàn hoạt động hải quan bị bó hẹp chỉ còn trong khu vực cửa khẩu, cảng biển, cảng sông quốc tế và các địa điểm làm thủ tục hải quan trong nội địa, trong khi hoạt động của bọn tội phạm ngày càng rộng, vượt ra khỏi biên giới quốc gia. Vì vậy, việc triển khai các biện pháp nghiệp vụ kiểm soát hải quan, cũng như việc áp dụng các biện pháp điều tra gặp nhiều khó khăn, vì hoạt động khám xét của Hải quan chỉ được tiến hành trong địa bàn hoạt động hải quan. Việc mở rộng địa bàn hoạt động hải quan đang là một vấn đề mà toàn ngành Hải quan quan tâm. Theo khuyến nghị của Ngân hàng Thế giới thì địa bàn hoạt động hải quan nên mở rộng như Pháp lệnh Hải quan năm 1990, không nên chia tách biên giới để giao cho các lực lượng khác nhau kiểm soát, mà phải bảo đảo tính thống nhất và toàn vẹn biên giới. Vì vậy, cần sớm sửa đổi, bổ sung Luật Hải quan theo hướng mở rộng phạm vi địa bàn hoạt động hải quan: đó là địa bàn hoạt động hải quan - nơi hải quan tiến hành làm thủ tục hải quan, kiểm tra hải quan quy định tại Điều 6 Luật Hải quan hiện hành và khu vực kiểm soát hải quan (quy định cụ thể như Nghị định 128-HĐBT ngày 19/4/1991 trước đây).
Luật Hải quan các nước đều quy định cho phép cơ quan Hải quan được tiến hành các hoạt động điều tra hình sự đối với tội phạm xảy ra trong lĩnh vực hải quan ở các mức độ khác nhau. Đặc biệt như Pháp, Nga, Trung
Quốc thì Hải quan thuộc hệ thống cơ quan điều tra, có quyền điều tra các tội phạm xảy ra trong lĩnh vực hải quan, kết thúc điều tra chuyển cơ quan công tố. Vì vậy, cần sửa đổi, bổ sung quy định cho phép cơ quan Hải quan được tiến hành khởi tố, điều tra tất cả các tội phạm xảy ra trong lĩnh vực hải quan như trốn thuế, tội xâm phạm quyền sở hữu công nghiệp....
Ngày 16/4/2004, Thủ tướng Chính phủ đã ban hành Quyết định số 65/2004/QĐ-TTg ban hành Quy chế hoạt động của lực lượng hải quan chuyên trách phòng, chống buôn lậu vận chuyên trái phép hàng hóa qua biên giới, cho phép Hải quan được áp dụng các biện pháp trinh sát nội tuyến, trinh sát ngoại tuyến, trinh sát kỹ thuật, xây dựng cơ sở bí mật... để phục vụ công tác phòng chống buôn lậu vận chuyển trái phép hàng hóa qua biên giới. Đây là những biện pháp bổ trợ hiệu quả cho công tác điều tra hình sự. Tuy nhiên, các biện pháp này mới được quy định trong Quyết định của Thủ tướng Chính phủ, do vậy, cần phải được quy định cụ thể trong Luật Hải quan - văn bản quy phạm pháp luật có giá trị pháp lý cao hơn, ổn định, sẽ là cơ sở pháp lý quan trọng cho các hoạt động của cơ quan Hải quan.