Bên cạnh những kết quả bước đầu đáng khích lệ, pháp luật về ANM đã và đang bộc lộ một số hạn chế nhất định:
- Về tính thống nhất, đồng bộ: nhiều quy định pháp luật còn có hiện tượng chồng chéo, chưa phát huy hiệu quả điều chỉnh quan hệ xã hội trong lĩnh vực ANM, nhất là các quy định pháp luật về thực hiện chức năng, nhiệm vụ bảo vệ ANM giữa các bộ, ngành chức năng. Còn tình trạng nhận thức chưa thống nhất, còn nhầm lẫn về hai văn bản Luật An ninh mạng và Luật An toàn thông tin mạng. Thực tế cho thấy, một số nhà nghiên cứu còn coi ATTT mạng và ANM chỉ là hai cách nói khác nhau về cùng một vấn đề. Cần thống nhất nhận thức rằng, ANM bao gồm hoạt động bảo vệ an ninh quốc gia, trật tự, an
toàn xã hội theo chức năng, nhiệm vụ của Bộ Công an; hoạt động tác chiến trên KGM bảo vệ chủ quyền quốc gia theo chức năng, nhiệm vụ của Bộ Quốc phòng và bảo đảm ATTT mạng theo chức năng, nhiệm vụ của Bộ Thông tin và Truyền thông. An toàn thông tin mạng là điều kiện bảo đảm cho ANM được thực thi có hiệu quả, bền vững. Sự trùng lặp ở Điểm D Khoản 1 Điều 8 và Khoản 5 Điều 16 của Luật An ninh mạng năm 2018 cùng điều chỉnh nội dung sử dụng KGM để thực hiện hành vi thông tin sai sự thật gây hoang mang trong nhân dân, gây thiệt hại cho hoạt động kinh tế - xã hội....
- Về tính toàn diện: Nhà nước đã ban hành nhiều văn bản quy phạm pháp luật liên quan đến lĩnh vực ANM, nhưng hệ thống văn bản quy phạm pháp luật quy định cụ thể về ANM chưa cập nhật kịp với sự phát triển của xã hội, của khoa học công nghệ cũng như phương thức, thủ đoạn của tội phạm, nhất là chưa bao quát hết các dạng thức xâm phạm ANM trong thực tiễn. Các chủ thể áp dụng pháp luật về ANM còn thiếu căn cứ pháp lý để triển khai các biện pháp phòng ngừa, phát hiện, xử lý, đấu tranh với các nguy cơ đe dọa ANM, hành vi vi phạm pháp luật trên KGM.
Còn thiếu quy định giảm nhẹ cho những người vô tình tham gia hoặc dừng ngay các hành vi vi phạm ANM khi cơ quan nhà nước can thiệp cũng như chưa có tình tiết tăng nặng cho những đối tượng đóng vai trò khởi xướng, tổ chức trong một vụ xâm phạm ANM.
Hiện tượng đánh bạc trên mạng dưới nhiều hình thức như chơi trò chơi trực tuyến, lừa đảo qua mạng hay như hiện tượng vi phạm quyền sở hữu trí tuệ, đặc biệt là xâm phạm quyền riêng tư là những khoảng trống mà pháp luật chưa điều chỉnh hiệu quả.
Cách tiếp cận của pháp luật hiện hành về ANM còn nghiêng về mục tiêu đảm bảo hoạt động quản lý nhà nước trên KGM, thiếu các quy định mang tính ràng buộc cơ quan quản lý nhà nước trong việc đảm bảo các quyền con
người tương ứng. Các quy định về xử lý vi phạm pháp luật về ANM mới chỉ dừng ở việc xử lý các hành vi vi phạm với các đối tượng thuộc phạm vi quản lý như các tổ chức, doanh nghiệp, cá nhân mà chưa quy định về xử lý vi phạm chủ thể có thẩm quyền trong trường hợp thực hiện không đúng hoặc không hiệu quả thẩm quyền quản lý.
- Về tính phù hợp, cụ thể: các quy định pháp luật hiện nay về ANM chưa đủ sức răn đe, ngăn chặn các hành vi xâm phạm KGM; chưa đáp ứng được yêu cầu thực tiễn của THPL về ANM đặt ra trong tình hình mới. Vấn đề bảo mật thông tin cá nhân luôn được các cơ quan nhà nước quan tâm, được quy định trong nhiều văn bản quy phạm pháp luật, song những quy định về vấn đề này mang tính nguyên tắc, mới chỉ xác định được một số hành vi cơ bản cần điều chỉnh và một số đối tượng chính. Trên thực tế, vấn đề này ngày càng diễn biến phức tạp ở Việt Nam, liên quan trực tiếp đến quyền con người, quyền công dân, vì thế cần có những quy định thắt chặt hơn nữa để bảo vệ thông tin cá nhân, đặc biệt là cần cụ thể hóa và thống nhất trong quá trình thực hiện.
Trong khi Luật An ninh mạng năm 2018, văn bản quy phạm pháp luật chính thức, trực tiếp điều chỉnh lĩnh vực ANM, vẫn là luật khung và đến nay cơ quan có trách nhiệm vẫn chưa ban hành đầy đủ các văn bản hướng dẫn tổ chức thực hiện. Thực trạng này đã gây khó khăn, vướng mắc trong tổ chức, triển khai các phương án bảo đảm an ninh thông tin, ANM cũng như trong công tác phòng ngừa, đấu tranh ngăn chặn các hoạt động sử dụng mạng internet để xâm phạm an ninh quốc gia, trật tự, an toàn xã hội.
- Về trình độ, kỹ thuật xây dựng pháp luật: nội dung một số điều, khoản trong Luật An ninh mạng năm 2018 chưa thực sự logic và trùng lặp. Luật dành toàn bộ chương IV quy định hoạt động bảo vệ ANM, tuy nhiên quy định tại Điều 6 chương I lại có nội dung về bảo vệ KGM và Điều 22 chương III quy định về đấu tranh bảo vệ ANM.
Điều 23 quy định việc triển khai hoạt động bảo vệ ANM trong cơ quan nhà nước, tổ chức chính trị ở trung ương và địa phương. Hệ thống chính trị là tổ hợp có tính chỉnh thể các thể chế chính trị (cơ quan nhà nước, đảng chính trị, phong trào xã hội, tổ chức chính trị-xã hội, v.v.) được xây dựng theo một kết cấu chức năng nhất định, vận hành theo những nguyên tắc, cơ chế và quan hệ cụ thể, nhằm thực thi quyền lực chính trị [40, tr.10]. Hệ thống chính trị ở Việt Nam bao gồm Đảng Cộng sản Việt Nam, Nhà nước Cộng hòa XHCN Việt Nam và các tổ chức chính trị - xã hội,... Như vậy, cơ quan nhà nước đã thuộc hệ thống chính trị và là tổ chức chính trị. Quy định như Điều 23 vừa thừa lại vừa thiếu. Cụm từ cơ quan nhà nước, tổ chức chính trị còn lặp lại ở một số điều luật khác như Điều 35.
Việc quy định hai lực lượng: lực lượng chuyên trách bảo vệ ANM được bố trí tại Bộ Công an, Bộ Quốc phòng; lực lượng bảo vệ ANM được bố trí tại Bộ, ngành, UBND cấp tỉnh, cơ quan, tổ chức quản lý trực tiếp hệ thống thông tin quan trọng về an ninh quốc gia; chức năng, nhiệm vụ của lực lượng chuyên trách bảo vệ ANM rải rác ở nhiều điều luật, chưa được quy định thành điều riêng, trong khi chức năng, nhiệm vụ của lực lượng bảo vệ ANM lại tương đối mờ nhạt. Điều này dẫn đến cách hiểu chưa chính xác về lực lượng chuyên trách bảo vệ ANM.
Bên cạnh đó, pháp luật hiện hành về ANM quy định theo kiểu liệt kê các loại hành vi nghiêm cấm đã thu hẹp phạm vi điều chỉnh của pháp luật. Trong bối cảnh công nghệ thông tin phát triển như vũ bão, nguy cơ mất ATTT, nguy cơ chiến tranh mạng ngày một hiện hữu với nhiều hành vi mới, các cơ quan có thẩm quyền cần nghiên cứu để quy định chặt chẽ và thể hiện tính dự báo nhiều hơn.
Qua nghiên cứu có thể thấy một cách khái quát rằng, pháp luật về an ninh mạng tuy mới hình thành, nhưng có sự phát triển tương đối đều và liên tục, nhất là
trong 05 năm trở lại đây. Kết quả bước đầu là tạo dựng được khung pháp lý góp phần bảo vệ an ninh quốc gia trên KGM, đảm bảo môi trường mạng lành mạnh, quyền và lợi ích hợp pháp của các chủ thể hoạt động trên KGM bước đầu được quan tâm bảo vệ. Tuy nhiên, những bất cập như sự chồng chéo, chưa cụ thể, những hạn chế về tính chưa toàn diện, chưa đồng bộ của pháp luật về ANM đã