Quán triệt tư tưởng chỉ đạo của Đảng và nhà nước cũng như các văn bản pháp luật về việc phát triển KH&CN, chuyển đổi các tổ chức KH&CN sang mô hình DN, trong chỉ lệnh công tác quân sự hàng năm, BQP đã đề ra nhiệm vụ trọng tâm trong
công tác phát triển KH&CN quân sự là chuyển đổi hoạt động của các tổ chức KH&CN trong quân đội theo hướng DN KH&CN. Đồng thời, BQP cũng ban hành các văn bản pháp quy về tài chính áp dụng cho các hoạt động có thu, hướng dẫn công tác tự chủ tài chính và quản lý tài chính tại đơn vị các đơn sự nghiệp thuộc BQP nói chung và các tổ chức KH&CN trong quân đội nói riêng:
- Thông tư số 48/2008/TT-BQP ngày 26/3/2008 của Bộ trưởng BQP hướng dẫn thực hiện quyền tự chủ, tự chịu trách nhiệm về thực hiện nhiệm vụ, tổ chức bộ máy, biên chế và tài chính đối với đơn vị sự nghiệp công lập trong Quân đội;
- Quyết định số 113/2008/QĐ-BQP ngày 11/8/2008 của Bộ trưởng BQP về việc ban hành hệ thống mục lục NSNN áp dụng đối với các cơ quan, đơn vị thuộc BQP;
- Thông tư số 55/2010/TT-BQP ngày 17/8/2010 của Bộ trưởng BQP, ban hành quy chế quản lý, sử dụng nguồn thu từ việc khai thác, sử dụng đất quốc phòng vào mục đích kinh tế, nguồn thu từ đấu giá quyền sử dụng đất. Một số các quyết định khác cụ thể cho từng trường hợp và đối tượng quản lý mang tính chất đặc thù, hoặc theo từng nhiệm vụ cụ thể;
- Hướng dẫn số 171/HD-CTC ngày 16/01/2013 của Cục Tài chính - BQP về Tiêu chuẩn đơn vị quản lý tài chính tốt;
- Quyết định số 09/QĐHN-BQP ngày 15/7/2013 của Bộ trưởng BQP về việc quy định quản lý tài chính các hoạt động có thu tại các đơn vị dự toán trong quân đội;
- Quyết định số 709/QĐ-CTC ngày 11/3/2015 của Cục Tài chính - BQP về chế độ kế toán đơn vị dự toán trong quân đội;”
- Thông tư số 120/2015-TT-BQP ngày 30/10/2015 của BQP về việc quy định chế độ quản lý, tính hao mòn và chế độ báo cáo tài sản cố định là tài sản chuyên dùng, tài sản phục vụ công tác quản lý tại các đơn vị thuộc BQP;
- Nghị quyết số 915-NQ/QUTW ngày 25/8/2018 của Quân ủy Trung ương về “Đổi mới cơ chế quản lý tài chính quân đội giai đoạn 2018-2025 và những năm tiếp theo”;
- Quyết định số 3500/QĐ-BQP ngày 26/8/2018 của Bộ trưởng BQP về việc phê duyệt Đề án “Đổi mới cơ chế quản lý tài chính quân đội theo Luật ngân sách nhà nước năm 2015, giai đoạn 2018-2025 và những năm tiếp theo”.