Hiện nay có một số sắc thuế quan trọng áp dụng đối với các doanh nghiệp nông nghiệp bao gồm:
* Lệ phí Môn bài
Lệ phí Môn bài là một khoản thu hàng năm vào các tổ chức, cá nhân hoạt động sản xuât, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ. Từ năm 2016 trở về trước áp dụng thu Thuế Môn bài tuy nhiên tính chất thu giống như một khoản lệ phí. Sau khi Thông tư số 302/2016/TT-BTC có hiệu lực từ 01/01/2017, thì Thuế Môn bài đã sửa đổi thành Lệ phí Môn bài. Thông tư 302/2016/TT-BTC đã bãi bỏ Thông tư số 96/2002/TT-BTC ngày 24/10/2002 của Bộ Tài chính; Thông tư số 42/2003/TT- BTC ngày 07/5/2003 hướng dẫn bổ sung, sửa đổi Thông tư số 96/2002/TT-BTC của Bộ Tài chính.
Đối tượng nộp Lệ phí Môn bài bao gồm: Doanh nghiệp được thành lập theo quy định của pháp luật, tồ chức được thành lập theo Luật hợp tác xã, đơn vị sự nghiệp được thành lập theo quy định của pháp luật, tổ chức kinh tế của tổ chức chính trị, tổ chức chính trị - xã hội, tổ chức xã hội, tổ chức xã hội - nghề nghiệp, đơn vị vũ trang nhân dân, tổ chức khác hoạt động sản xuất, kinh doanh, Chi nhánh, văn phòng đại diện và địa điểm kinh doanh của các tổ chức, doanh nghiệp (nếu có), cá nhân, nhóm cá nhân, hộ gia đình hoạt động sản xuất, kinh doanh.
Mức thu lệ phí môn bài đối với tổ chức hoạt động sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ căn cứ vào vốn điều lệ ghi trong giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh hoặc ghi trong giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp hoặc ghi trong điều lệ hợp tác xã. Trường hợp không có vốn điều lệ thì căn cứ vào vốn đầu tư ghi trong giấy chứng nhận đăng ký đầu tư hoặc văn bản quyết định chủ trương đầu tư. Cụ thể như sau:
Bảng 1.1: Mức thu lệ phí môn bài hàng năm
ĐVT: Đồng
Bậc môn bài Vốn đăng ký Mức thu
Bậc 1 Trên 10 tỷ 3.000.000
Bậc 2 Từ 10 tỷđồng trở xuống 2.000.000 Bậc 3 Chi nhánh, văn phòng đại diện, địa điểm kinh
doanh, đơn vị sự nghiệp, tổ chức 1.000.000
(Nguồn: Thông tư sô 302/2016/TT-BTC ngày 15/11/2016 của Bộ Tài chính)
*Thuế giá trị gia tăng
Thuế giá trị gia tăng là thuế tính trên giá trị tăng thêm của hàng hoá, dịch vụ phát sinh trong quá trình từ sản xuất, lưu thông đến tiêu dùng.
Giá tính thuế được quy định như sau: Đối với hàng hoá, dịch vụ do cơ sở sản xuất, kinh doanh bán ra là giá bán chưa có thuế giá trị gia tăng. Đối với hàng hóa, dịch vụ chịu thuế tiêu thụ đặc biệt là giá bán đã có thuế tiêu thụ đặc biệt nhưng chưa có thuế giá trị gia tăng. Đối với hàng hóa nhập khẩu là giá nhập tại cửa khẩu cộng với thuế nhập khẩu (nếu có), cộng với thuế tiêu thụđặc biệt (nếu có). Giá nhập tại cửa khẩu được xác định theo quy định về giá tính thuế hàng nhập khẩu.
Thuế suất thuế GTGT có 4 mức:
Hàng hóa dịch vụ không chịu thuế là những loại vật tư, hàng hoá dùng cho các lĩnh vực như: Khuyến khích sản xuất nông nghiệp phát triển; Hỗ trợ tư liệu sản xuất trong nước không sản xuất được; Dịch vụ liên quan thiết thực, trực tiếp đến cuộc sống người dân và không mang tính kinh doanh; Liên quan đến nhân đạo...;
Thuế suất 0% cho các hàng hoá, dịch vụ xuất khẩu;
Thuế suất 5% (nước sạch, thiết bị, dụng cụ y tế, hoạt động văn hoá, triển lãm);
Phương pháp tính thuế giá trị gia tăng gồm: Phương pháp khấu trừ thuế giá trị gia tăng, phương pháp tính trực tiếp trên giá trị gia tăng.
Phương pháp khấu trừ thuế giá trị gia tăng được quy định như sau: số thuế giá trị gia tăng phải nộp theo phương pháp khấu trừ thuế bằng số thuế giá trị gia tăng đầu ra trừ số thuế giá trị gia tăng đầu vào được khấu trừ. số thuế giá trị gia tăng đầu ra bằng tổng số thuế giá trị gia tăng của hàng hoá, dịch vụ bán ra ghi trên hoá đơn giá trị gia tăng, số thuế giá trị gia tăng đầu vào được khấu trừ bằng tổng số thuế giá trị gia tăng ghi trên hóa đơn giá trị gia tăng mua hàng hóa, dịch vụ, chứng từ nộp thuế giá trị gia tăng của hàng hóa nhập khẩu.
Phương pháp khấu trừ thuế áp dụng đối với cơ sở kinh doanh thực hiện đầy đủ chếđộ kế toán, hoá đơn, chứng từ theo quy định của pháp luật về kế toán, hoá đơn, chứng từ bao gồm: Cơ sở kinh doanh đang hoạt động có doanh thu hàng năm từ bán hàng hoá, cung ứng dịch vụ từ một tỷđồng trở lên và thực hiện đầy đủ chếđộ kế toán, hoá đơn, chứng từ theo quy định của pháp luật về kế toán, hoá đơn, chứng từ; Cơ sở kinh doanh đăng ký tự nguyện áp dụng phương pháp khấu trừ thuế; Tổ chức, cá nhân nước ngoài cung cấp hàng hóa, dịch vụđể tiến hành hoạt động tìm kiếm, thăm dò, phát triển và khai thác dầu, khí nộp thuế theo phương pháp khấu trừ do bên Việt Nam kê khai khấu trừ nộp thay.
Phương pháp tính trực tiếp trên giá trị gia tăng được quy định như sau: -Số thuế GTGT phải nộp theo phương pháp tính trực tiếp trên GTGT bằng giá trị gia tăng nhân với thuế suất thuế giá trị gia tăng 10% áp dụng đối với hoạt động mua, bán, chế tác vàng bạc, đá quý.
Giá trị gia tăng của vàng, bạc, đá quý được xác định bằng giá thanh toán của vàng, bạc, đá quý bán ra trừ (-) giá thanh toán của vàng, bạc, đá quý mua vào tương ứng.
-Số thuế giá trị gia tăng phải nộp theo phương pháp tính trực tiếp trên giá trị gia tăng bằng tỷ lệ % nhân với doanh thu áp dụng cho Doanh nghiệp, hợp tác xã đang hoạt động có doanh thu hàng năm dưới mức ngưỡng doanh thu một tỷ đồng, trừ trường hợp đăng ký tự nguyện áp dụng phương pháp khấu trừ thuế;
Doanh nghiệp, hợp tác xã mới thành lập, trừ trường hợp đăng ký tự nguyện phương pháp khấu trừ thuế; Hộ, cá nhân kinh doanh; Tổ chức, cá nhân nước ngoài kinh doanh tại Việt Nam không theo Luật Đầu tư và các tổ chức khác không thực hiện hoặc thực hiện không đầy đủ chếđộ kế toán, hóa đơn, chứng từ theo quy định của pháp luật, trừ các tổ chức, cá nhân nước ngoài cung cấp hàng hóa, dịch vụđể tiến hành hoạt động tìm kiếm, thăm dò, phát triển và khai thác dầu khí; Tổ chức kinh tế khác không phải là doanh nghiệp, hợp tác xã, trừ trường hợp đăng ký nộp thuế theo phương pháp khấu trừ.
Tỷ lệ % để tính thuế GTGT trên doanh thu được quy định theo từng hoạt động như sau:
Phân phối, cung cấp hàng hoá: 1%;
Dịch vụ, xây dựng không bao thầu nguyên vật liệu: 5%;
Sản xuất, vận tải, dịch vụ có gắn với hàng hoá, xây dựng có bao thầu nguyên vật liệu: 3%;
Hoạt động kinh doanh khác: 2%.
Doanh thu để tính thuế GTGT là tổng số tiền bán hàng hoá, dịch vụ thực tế ghi trên hoá đơn bán hàng đối với hàng hoá, dịch vụ chịu thuế GTGT bao gồm các khoản phụ thu, phí thu thêm mà cơ sở kinh doanh được hưởng.
Trường hợp cơ sở kinh doanh có doanh thu bán hàng hoá, cung ứng dịch vụ thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT và doanh thu hàng hoá, dịch vụ xuất khẩu thì không áp dụng tỷ lệ (%) trên doanh thu đối với doanh thu này.
* Thuế Thu nhập doanh nghiệp
Thuế Thu nhập doanh nghiệp là một trong những sắc thuế quan trọng nhất của thuế trực thu, được tính trên phần thu nhập của doanh nghiệp sau khi đã trừ đi các chi phí hợp lý, hợp lệ. Mọi tồ chức, cá nhân kinh doanh là đối tượng nộp thuế thu nhập doanh nghiệp. Căn cứ tính thuế là thu nhập tính thuế và thuế suất. Thu nhập tính thuế trong kỳ tính thuế được xác định bằng thu nhập chịu thuế trừ thu nhập được miễn thuế và các khoản lỗ được kết chuyển từ các năm
trước, trong đó, thu nhập chịu thuế bàng doanh thu trừ các khoản chi được trừ của hoạt động sản xuất, kinh doanh cộng thu nhập khác.
Kể từ ngày 01/01/2016, thuế suất thuế TNDN là 20%.
Phương pháp tính thuế: Số thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp trong kỳ tính thuế bằng thu nhập tính thuế trừ đi phần trích lập quỹ khoa học và công nghệ (nếu có) nhân với thuế suất thuế thu nhập doanh nghiệp (Luật sửa đổi, bổ
sung mộtsốđiều của các luật về thuế số 71/2014/QH13).
* Thuế Tiêu thụđặc biệt
Thuế Tiêu thụđặc biệt là khoản thuế gián thu, chỉ thu đối với một số sản phẩm hàng hóa, dịch vụ mà Nhà nước có chính sách định hướng tiêu dùng. Thuế Tiêu thụđặc biệt thường áp dụng thuế suất cao mục tiêu nhằm điều tiết thu nhập của những cá nhân tiêu dùng các hàng hoá dịch vụđặc biệt.
Căn cứ tính thuế tiêu thụđặc biệt là giá tính thuế của hàng hóa, dịch vụ chịu thuế và thuế suất, số thuế tiêu thụđặc biệt phải nộp bằng giá tính thuế tiêu thụđặc biệt nhân với thuế suất thuế tiêu thụđặc biệt.
Giá tính thuế tiêu thụđặc biệt đối với hàng hoá, dịch vụ là giá bán ra, giá cung ứng dịch vụ chưa có thuế tiêu thụđặc biệt và chưa có thuế giá trị gia tăng. Thuế suất thuế tiêu thụ đặc biệt đối với hàng hoá, dịch vụđược quy định theo Biểu thuế tiêu thụ cho từng loại hàng hoá, dịch vụ theo quy định của Luật thuế TTĐB.
* Thuế Tài nguyên
Thuế tài nguyên là loại thuế thu vào các hoạt động khai thác tài nguyên thiên nhiên.
Căn cứ tính thuế tài nguyên: Là sản lượng tài nguyên thương phẩm thực tế khai thác, giá tính thuế và thuế suất.
Sản lượng tài nguyên thương phẩm thực tế khai thác là số lượng, trọng lượng hoặc khối lượng tài nguyên khai thác thực tế trong kỳ nộp thuế, không phụ thuộc vào mục đích khai thác tài nguyên; Giá tính thuế tài nguyên là giá bán đơn vị sản
phẩm tài nguyên tại nơi khai thác; Thuế suất thuế tài nguyên: Được quy định theo Biểu thuế tài nguyên cho từng loại tài nguyên theo quy định của Luật thuế Tài nguyên.