trong nghiên cứu phõn loại vi khuẩn H. influenzae
Hầu hết các phương pháp phõn loại vi sinh vật được sử dụng trong nghiên cứu luôn cần phải đạt được những tiêu chí sau đõy [60], [61]:
49
- Có khả năng phân loại (Typeability): đó là khả năng phõn chia một quần thể vi khuẩn gồm những chủng khác nhau thành các nhúm nhỏ với tỷ lệ nhất định bằng một vài đặc điểm phõn loại đặc trưng của phương pháp đó.
- Có độ tái lặp (Reproducibility): là khả năng phõn loại của phương pháp luôn cho cùng một kết quả trong những lần thử nghiệm nhắc lại đối với cùng một chủng. Ngoài ra, độ tái lặp cũn thể hiện kết quả giống nhau giữa các phòng xét nghiệm khi cùng sử dụng phương pháp phõn loại đó.
- Có tính bền vững (Stability): là những đặc điểm sinh học được sử dụng trong phõn loại luôn cho kết quả ổn định qua mọi thời gian và các thế hệ đối với những chủng vi sinh vật xuất phát từ một dòng, không dẫn tới sự phân loại sai những biến thể dưới dòng.
- Khả năng phân biệt (Discriminatory power): là đặc trưng cơ bản của các hệ thống phõn loại, bởi vì dựa vào khả năng này có thể xác định được những chủng cùng chung một typ hay có liên quan gần, đồng nghĩa với đánh giá các chủng vi sinh vật phõn lập được thực sự thuộc cùng một dòng hay là một phần của cùng một chuỗi lõy truyền. Khả năng phân biệt có thể được tính toán dựa trên chỉ số tính đa dạng của Simpson, chỉ số này dựa trên thử nghiệm một số lượng lớn các chủng không liên quan với nhau về mặt dịch tễ cho kết quả bằng 1. Nói cách khác, mỗi một chủng độc lập hoàn toàn khác nhau được phân vào một dòng riêng biệt. Trên thực tế, một hệ thống phõn loại, hay kết hợp các hệ thống phõn loại, đưa ra một chỉ số phân biệt lớn hơn 0,95 là có thể chấp nhận được (> 95%). Mức độ phân biệt này tương ứng với một khả năng 5% số chủng độc lập bị phân nhầm vào cùng một dòng (typ) [60], [61].
Bảng 1.4: So sánh ưu điểm, nhược điểm của các kỹ thuật sinh học phân tử thường được sử dụng trong phân loại vi khuẩn [92]
50 Phương pháp Đặc điểm PFGE PCR based locus-specific RFLP RAPD Rep- PCR AFLP ADN Sequencing
Tiện lợi sự dụng Trung
bình Dễ Dễ Dễ Trung
bình Khó Giải thích kết quả Dễ Dễ Dễ Dễ Dễ Trung bình Khả năng phân biệt Cao Trung bình Cao Cao Cao Cao Thời gian thực hiện
(ngày) 3 1 1 1 2 2
Mức độ lặp lại trong
phòng xét nghiệm Cao Cao
Trung
bình Cao Cao Cao Mức độ tái lặp giữa
các phòng xét nghiệm Cao Cao Thấp
Trung
bình Cao Cao Giá trang thiết bị Trung
bình Trung bình
Trung bình
Trung
bình Cao Cao Giá mỗi mẫu
Xét nghiệm
Trung
bình Thấp Thấp Thấp Trung
bình Cao - Có tính phù hợp dịch tễ học (Epidemiologic concordance): là khả năng phân loại chính xác của phương pháp đối với tất cả những chủng có liên quan dịch tễ từ một vụ dịch bựng phỏt vào cùng một dòng (typ).
Hiện nay, ngoài những yêu cầu về khả năng phõn loại, mỗi phương pháp của hệ thống phõn loại phải có lợi ích thực tiễn, tớnh linh hoạt, hay khả năng phõn loại bất cứ vi sinh vật gây bệnh nào. Tớnh thực tiễn, tớnh linh hoạt của phương pháp phân loại là dễ thực hiện, dễ giải thích kết quả cũng như chi phí, tính sẵn có của sinh phẩm và thiết bị. Hơn thế nữa, phương pháp phõn loại được lựa chọn phải cho các kết quả nhanh chóng để kịp đưa ra các quyết định đúng đắn về quản lý một vụ dịch bựng phỏt. Bảng 1.4 là nhận xét về một
51
số phương pháp phõn loại theo ADN đã được áp dụng trong nhiều phòng thí nghiệm trên thế giới [92], [107], [116]:
Bảng 1.5: Các kỹ thuật phõn loại thường sử dụng điều tra các tác nhõn gõy bệnh nhiễm trùng bệnh viện và cộng đồng [116]
Loài Phương pháp
chuẩn thức
Phương pháp thay thế
Staphylococcus aureus PFGE AP-PCR, PF
Staphylococci có coagulase âm tính PFGE PF
Streptococcus pneumoniae Haemophilus influenzae PFGE PFGE Serotyping - Enterococci PFGE -