Trước đõy, việc áp dụng những phương pháp phõn loại dịch tễ học kiểu hình kinh điển như xác định tính nhạy cảm kháng sinh, định typ huyết thanh, định typ sinh học và định loại phage cho phép các nhà nghiên cứu mô tả dịch tễ học của các loại bệnh nhiễm khuẩn bệnh viện và nhiễm khuẩn mắc phải từ cộng đồng. Tuy nhiên hiện nay, những phương phỏp xỏc định kiểu hình (mô tả hiện tượng) gặp trở ngại trong việc phân biệt sự khác nhau giữa các chủng vi khuẩn phõn lập được. Cụ thể, hầu hết các kỹ thuật này đòi hỏi nhiều sức lao động, nhiều quy trình dài và thường cho những kết quả khác nhau. Để khắc phục một số hạn chế trên, những phương phỏp xỏc định kiểu gen
48
(genotype) hay xác định phõn loại dựa trên ADN đã được thiết kế, dần dần trở thành những phương pháp nghiên cứu dịch tễ học được ưa chuộng hơn (bảng 1.4). Những phương pháp phõn loại dựa trên ADN, điển hình là PFGE thường được áp dụng trong nghiên cứu dịch tễ học các bệnh nhiễm trùng do vi khuẩn.
Đối với những nghiên cứu lớn, xác định các mẫu băng khác nhau của vi khuẩn dựa trên enzym giới hạn cắt phõn tử ADN theo kỹ thuật PFGE được chứng minh là tốt hơn so với hầu hết các phương pháp phõn loại vi khuẩn theo tớnh chất sinh hóa hay kỹ thuật sinh học phõn tử khác (bảng 1.4). Kỹ thuật này có độ phõn biệt (discriminatory) và độ tái lặp (reproducibility) tốt hơn cả so với các phương pháp khác dùng để phõn loại vi khuẩn, cụ thể với các loài vi khuẩn: Escherichia coli, Entercocci kháng vancomycin, Staphylococcus aureus, loài Acinetobacter, Pseudomonas aeruginosa và Mycobacterium avium [81]. Thêm vào đó, PFGE cũng có hiệu quả hơn đối
với khả năng phõn biệt sự khác nhau (differentiate) các chủng Staphylococcus
aureus kháng methicillin so với các phương pháp khác. PFGE cũng có khả
năng phõn biệt tốt hơn so với kỹ thuật Repetitive Element Sequence-base PCR (Rep-PCR) được dùng để phõn biệt phức hợp Acinetobacter calcoaceticus - Acinetobacter baumannii, Entercocci kháng vancomycin, Neisseria gonnorhoeae và Pseudomonas aeruginosa [81]. Bên cạnh đó, hiện
nay tại Việt Nam và các nước trên thế giới cũng cho thấy kỹ thuật PFGE được sử dụng rất nhiều trong nghiên cứu vi khuẩn Haemophilus influenzae bằng
enzym giới hạn SmaI [10], [82], [100], [107], [115], [116].