Khó khăn lớn nhất để phát triển ngân hàng điện tử hiện nay chính là thay đổi thói quen tiêu dùng tiền mặt của đại bộ phận khách hàng. Trình độ dân trí Việt Nam còn tƣơng đối thấp so với các nƣớc phát triển trên thế giới nên sự hiểu biết và chấp nhận các hình thức giao dịch điện tử còn nhiều hạn chế, tâm lý lo sợ rủi ro trong thanh toán không dùng tiền làm cho lƣợng tiền mặt vẫn còn tồn đọng rất lớn trong lƣu thông, các ngân hàng khó kiểm soát đƣợc luồng tiền của khách hàng trên hệ thống, kìm hãm sự phát triển của ngân hàng điện tử. Khách hàng vốn đã quen với các nghiệp vụ giao dịch truyền thống, nhiều khách hàng muốn trực tiếp giao dịch với nhân viên Ngân hàng để có thể đƣợc diễn giải dễ dàng hơn, thông tin lấy trên mạng không thể đầy đủ nhƣ một nhân viên chuyên trách của Ngân hàng.
Nhà nƣớc đã ban hành những quy định làm cơ sở pháp lý cho phát triển ngân hàng điện tử, tuy nhiên chƣa có những hƣớng dẫn chi tiết, cụ thể và những chế tài cần thiết để đảm bảo tính an toàn và đƣợc bảo vệ cho ngƣời sử dụng dịch vụ. Với các giao dịch ngoại tệ do có sự quản lý ngoại hối của Ngân hàng Nhà nƣớc, phải có chứng từ hoá đơn kèm theo để chứng minh cho các khoản thanh toán nên các khách
hàng vẫn phải đến quầy giao dịch thực hiện chuyển tiền mà không thanh toán đƣợc qua kênh ngân hàng điện tử.
Do hạ tầng kỹ thuật của Việt Nam còn kém phát triển nên việc đảm bảo không có lỗ hổng an ninh mạng là điều khách hàng chƣa thực sự tin tƣởng. Vấn đề tội phạm tấn công trên mạng Internet vẫn chƣa đƣợc kiểm soát triệt để, thậm chí ngày càng có nhiều thủ đoạn tinh vi, đặc thù của loại tội phạm này là chúng có thể tấn công ở bất cứ đâu với thời gian ngắn và ít để lại dấu vết. Vì vậy, khách hàng còn ít quan tâm tới các sản phẩm điện tử, tâm lý e ngại trong trƣờng hợp xảy ra tranh chấp thì chứng từ điện tử không đủ xác đáng nhƣ chứng từ giấy. Đây cũng là lý do trong những năm vừa qua BIDV chƣa triển khai dịch vụ thanh toán qua Internet (E- banking) và lƣợng khách hàng tham gia sử dụng dịch vụ này còn ở mức thấp so với tiềm năng thị trƣờng.
Mặt bằng dân trí tại Việt Nam chƣa đồng đều giữa các vùng nông thôn và thành thị, hiện nay ngân hàng điện tử chủ yếu phát triển ở Hà Nội và Thành phố Hồ Chí Minh, việc phát triển sản phẩm này ra các khu vực ngoài thành phố còn nhiều hạn chế. nhu cầu đối với các dịch vụ ngân hàng hiện đại đối với nhiều bộ phận dân cƣ không thực sự cấp bách, không cần phải có vì không làm hiện đại hóa đƣợc cuộc sống của họ. Thậm chí, nhiều ngƣời còn coi dịch vụ ngân hàng hiện đại là chỉ để dành cho những ngƣời nhiều tiền. Nhƣ đối với dịch vụ thẻ, nhiều ngƣời còn cảm thấy rắc rối khi phải dùng tới thẻ bởi cho tới nay thì khả năng thanh toán bằng thẻ chƣa đƣợc cao, các tiện ích của thẻ chƣa đƣợc khai thác hết, nhiều ngƣời vẫn quan niệm rằng thẻ là để rút tiền mặt. Nhiều khách hàng mới chỉ dừng lại ở việc tham khảo hàng hóa, dịch vụ trên Website rồi tìm địa chỉ thực của cửa hàng để mua hàng chứ ít thực hiện giao dịch ngay trên mạng.
CNTT ở nƣớc ta đã có đƣợc sự phát triển nhanh chóng, tuy nhiên quy mô và chất lƣợng của TMĐT nƣớc ta còn thấp và phát triển chậm. Chúng ta chƣa có hệ thống TMĐT đủ mạnh để cung cấp tất cả các hàng hóa dịch vụ trên mạng, tạo tiền đề cho dịch vụ NHĐT phát triển. Số doanh nghiệp cung cấp dịch
vụ và bán hàng chấp nhận thanh toán qua thẻ tín dụng còn rất ít. Các ngân hàng chƣa có sự chú trọng trong việc liên kết với các cơ sở chấp nhận thẻ. Sự tồn tại những vấn đề trong quan hệ kinh tế nhƣ nạn gian lận thƣơng mại, trốn thuế, khai khống để hƣởng thuế giá trị gia tăng, tình trạng nhũng nhiễu, tham ô, tham nhũng…cũng là một mặt hạn chế sự phát triển của dịch vụ NHĐT.
Cơ sở hạ tầng về thông tin viễn thông còn thiếu sự đồng bộ, kết nối giữa các ngân hàng. Sự phối kết hợp giữa các NHTM trong quá trình triển khai áp dụng TMĐT trong hoạt động kinh doanh còn kém. Mỗi hệ thống ngân hàng phát triển một chiến lƣợc hiện đại hóa khác nhau, ít có sự gắn kết với nhau, ví dụ, về hoạt động thanh toán thẻ, séc, máy rút tiền tự động ATM… Điều này không những gây ra sự lãng phí về vốn đầu tƣ mà còn gián tiếp tạo ra sự cạnh tranh không đáng có giữa các ngân hàng. Tuy thời gian qua, các ngân hàng trong các liên minh thẻ Smart Link, VNBC, Banknet đã thống nhất đƣợc việc kết nối nhƣng cũng đã mất không ít thời gian và chi phí. Điều này gây không ít khó khăn cho sự lựa chọn của các khách hàng và làm gia tăng tâm lý e ngại khi sử dụng các sản phẩm dịch vụ của ngân hàng. Việc mở cửa thị trƣờng tài chính khi Việt Nam gia nhập WTO còn làm tăng số lƣợng các ngân hàng nƣớc ngoài có tiềm lực mạnh về tài chính, công nghệ và trình độ quản lý. Áp lực cạnh tranh của các ngân hàng trong nƣớc cũng tăng dần theo lộ trình nới lỏng các qui định đối với các tổ chức tài chính nƣớc ngoài, nhất là về mở chi nhánh và các điểm giao dịch, phạm vi hoạt động, khả năng mở rộng dịch vụ ngân hàng, đối tƣợng khách hàng của các tổ chức này. Đây thực sự là một bài toán khó với BIDV trong việc khẳng định uy tín, chất lƣợng sản phẩm và mở rộng thị phần hoạt động trong thị trƣờng ngân hàng hiện nay.
Hầu hết tất cả các ngân hàng đều là đối thủ cạnh tranh trực tiếp với BIDV về sản phẩm, dịch vụ kênh phân phối và các hình thức khuyến mãi. Một số ngân hàng thƣơng mại cổ phần với ƣu điểm là thủ tục nhanh, gọn và linh hoạt và hệ thống mạng lƣới rộng khắp cũng là một trong những khó khăn của BIDV khi phát triển dịch vụ ngân hàng điện tử.