Nói riêng về các NHTMCP có trụ sở chính tại TP. Hồ Chí Minh, trước khi có Pháp lệnh ngân hàng, ngoài hợp tác xã tín dụng và Công ty tài chính đã có 3 NHTMCP hoạt động và 169 hợp tác xã tín dụng đô thị. Sau cơn bão táp tín dụng (1989 - 1990) thì 169 hợp tác xã tín dụng chỉ còn lại khoảng 20 hợp tác xã tín dụng yếu kém. Từ khi Pháp lệnh Ngân hàng được công bố đến khi Luật các TCTD năm 1997 ra đời, NHTMCP tại TP.Hồ Chí Minh có sự điều chỉnh và phát triển thêm. Tính đến 31/12/1996 đã có 18 NHTMCP được cấp giấy phép hoạt động, bao gồm 17 NHTMCP đô thị và 1 NHTMCP nông thôn. Trong đó:
+ Có 3 NHTMCP được thành lập trước Pháp lệnh và đã được điều chỉnh cho phù hợp với Pháp lệnh ngân hàng là: Eximbank, SaigonBank HDBank.
+ Có 3 NHTMCP được thành lập mới hoàn toàn theo tinh thần Pháp lệnh: DongABank, ACB và OCB.
+ Có 12 NHTMCP được hình thành trên cơ sở hợp nhất các hợp tác xã tín dụng: NAB, NHTMCP Nam Đô, NHTMCP Mê Kông, NHTMCP Đại Nam, NHTMCP Việt Hoa, NHTMCP Quế Đô, PNB, FCB, NHTMCP Gia Định (sau này là NHTMCP Bản Việt), NHTMCP Tân Việt (sau đó đổi tên thành NHTMCP Thái Bình Dương, NHTMCP Việt Nam Tín Nghĩa), Sacombank, NHTMCP nông thôn An Bình.
Từ khi Luật các TCTD năm 1997 ra đời đến nay, một số NHTM cổ phần hoạt động yếu kém, không an toàn, vi phạm pháp luật, ảnh hưởng đến ổn
tiến hành thanh lý ngân hàng nhằm thực hiện chủ trương của nhà nước về việc củng cố chấn chỉnh hoạt động của các NHTMCP. Kết quả là NHTMCP Đại Nam đã được sáp nhập vào PNB, NHTMCP Mê Kông được Thống đốc NHNN ra quyết định rút giấy phép hoạt động và tiến hành thanh lý ngân hàng, VAB được thành lập mới trên cơ sở hợp nhất giữa Công ty Tài chính cổ phần Sài Gòn và NHTMCP nông thôn Đà Nẵng (năm 2003). SCB ra đời trên cơ sở chuyển đổi từ NHTMCP Quế Đô. NHTMCP An Bình chuyển từ ngân hàng nông thôn thành NHTMCP đô thị. Đặc biệt đầu năm 2012, NHNN đã thực hiện việc hợp nhất 3 NHTMCP gồm: FCB, VNTN, SCB (tiền thân là NHTMCP Thái Bình Dương, NHTMCP Tân Việt) và đặt tên thành NHTMCP Sài Gòn. Đây được xem là thương vụ hợp nhất lớn nhất trong ngành tài chính ngân hàng ở Việt nam. Tính đến thời điểm 31/12/2012, trên địa bàn TP.Hồ Chí Minh có 14 NHTMCP có trụ sở chính, có hơn 93 Chi nhánh NHTM có trụ sở ngoài địa bàn.