Điều tra thú được tiến hành tại các dạng sinh cảnh chính nơi có mật độ và số lượng loài khác nhau. Căn cứ vào thảm thực vật, địa hình và mức độ tác động chúng tôi tạm chia ra làm 4 kiểu sinh cảnh chính, đó là: Rừng nguyên sinh (ít bị tác động); Rừng thứ sinh (bị tác động nhẹ); Bìa rừng và rừng trồng xen trảng có cây bụi, nương rẫy cũ (thường bị tác động ở mức độ vừa phải); và Khu vực dân cư và đất nông nghiệp (bị tác động mạnh và thường xuyên).
Căn cứ vào kết quả điều tra về phân bố tập hợp trong Phụ lục 2 chúng tôi thấy tuỳ từng dạng sinh cảnh mà mật độ cũng như số lượng phân bố của các loài thú có sự rất khác nhau như sau :
Rừng nguyên sinh
Dạng sinh cảnh này có diện tích lớn chiếm vai trò chủ đạo ở Cúc Phương, hệ thực vật trong khu vực này rất tươi tốt, có sự đa dạng rất cao về thành phần các loài thực vật (với vai trò là những sinh vật cơ sở hay sinh vật sản xuất) nên đã kéo theo khu hệ động vật (những sinh vật tiêu thụ) ở đây cũng rất đa dạng. Mặt khác, đây là
khu vực rừng sâu, vắng người, có nguồn thức ăn dồi dào và ít bị quấy nhiễu nên là nơi trú ngụ tập trung của nhiều loài thú nhất trong khu vực.
Đây là nơi tập trung số lượng loài cũng như số lượng cá thể các loài thú đông đảo nhất. Rất nhiều loài thú có mặt ở khu vực này như: Gấu ngựa Ursus thibetanus, Sơn dương Carpicornis sumatraensis, Lợn rừng Sus crofa, Báo gấm Neofelis nebulosa, Báo hoa mai Panthera pardus, Khỉ mốc Macaca assamensis, Voọc mông trắng Trachipithecus delacouri, Voọc xám Trachipithecus phayrei crepusculus, Cầy mực Arctictis binturong, Cầy vằn Chrotogale owstoni, Cầy vòi hương Paradoxurus hermaphroditus, Cầy gấm Prionodon pardicolor, Sóc đen Ratufa bicolor gigantea, Sóc bay lớn Petaurista petaurista lylei, Sóc bụng đỏ đuôi hoe Calloscirus erythraeus cucphuongis, Sóc mõm hung Dremomys rufigenis, Sóc chuột Hải Nam
Tamiops maritimus, Chuột núi Leopoldamys sabanus, Chuột cây Chiromyscus sp., Đon Atherurus macrourus, Lửng lợn Arctonyx collaris…
Rừng thứ sinh
Nhìn chung, so với khu vực rừng nguyên sinh số lượng loài và mật độ cá thể ở đây có thấp hơn. Tuy nhiên, tại một số điểm giáp ranh (nơi giao thoa, chuyển tiếp) với rừng nguyên sinh sự da dạng phong phú về số loài cũng rất cao với sự có mặt của cả những loài thường chỉ gặp ở rừng nguyên sinh và cả những loài chỉ thích nghi với dạng sinh cảnh đã ít nhiều bị tác động, bao gồm các loài thú như: Hoẵng
Muntiacus muntjak, Lợn rừng Sus crofa, Khỉ mặt đỏ Macaca arctoides, Khỉ vàng
Macaca mulata, các loài Cu ly Nycticebus spp, Lửng lợn Arctonyx collaris, Báo lửa
Catopuma temmincki, Mèo rừng Prionailurus bengalensis, Cầy vòi hương
Paradoxurus hermaphroditus, Cầy vòi mốc Paguma larvata, Cầy giông Viverra zibetha, Nhím bờm Acanthion subcristatus, Đon Atherurus macrourus, Sóc bụng xám Calloscirus inornatus, Sóc bụng đỏ Calloscirus erythraeus cucphuongis, Sóc chuột Tamiops spp, Dơi quả Cynopterus spp, Dơi ngựa Rousettus spp, Dơi chó
Cynopterus spp, Dơi muỗi Pipistrellus spp, Chồn vàng Martes flavigula, Rái cá thường Lutra lutra, Dúi mốc Rhizomys pruinosus, Chuột núi Leopoldamys sabanus
Bìa rừng và rừng trồng xen trảng có cây bụi (nương rẫy cũ)
Đây là khu vực có diện tích nhỏ hơn và bị nhiều tác động nên thành phần loài cũng như mật độ cá thể các loài thú lớn ít hơn nhiều so với hai dạng sinh cảnh nói trên. Chủ yếu ở khu vực này là một số loài thích nghi với dạng sinh cảnh đã bị tác động mạnh, bao gồm các loài thú nhỏ sống với mật độ vừa phải như: Chuột rừng
Rattus koratensis, Cầy lỏn Herpestes javanicus, Chồn bạc má Melogale moschata, Cầy hương Viverricula indica, Sóc bụng đỏ đuôi hoe Calloscirus erythraeus cucphuongis, Dúi má vàng Rhizomys sumatrensis, Chuột mốc Rattus bowersi, Chuột đất Bandicota spp, Dơi quả Cynopterus spp, Dơi muỗi Pipistrellus spp…
Khu vực dân cư và đất nông nghiệp
Khu vực này chiếm tỷ lệ ít nhất trong Vườn Quốc gia và thường xuyên, liên tục bị tác động mạnh mẽ. Thành phần loài thú hoang dã ở đây rất nghèo nàn, chiếm số lượng ít nhất. Chỉ gặp một số loài thú nhỏ thông thường, thích nghi sống gần con người, có mật độ lớn như: Chuột nhà Mus musculus, Chuột đồng Rattus flavipectus, Chuột chù Suncus murinus, Chuột đất Bandicota indica, các loài Dơi quả
Cynopterus spp, Dơi muỗi Pipistrellus spp, Dơi lá mũi Rhinolophus spp…