Kinh phí dành cho YTTH còn rất hạn hẹp. Theo ý kiến phỏng vấn hiệu trưởng/hiệu phó, cán bộ y tế trường học tại một số trường tiểu học/THCS/THPT trên địa bàn tỉnh Phú Thọ cho biết, kinh phí hoạt động YTTH được trích từ bảo hiểm học sinh, chiếm khoảng 1% tổng chi hàng năm của trường, một số trường có thêm nguồn kinh phí đóng góp tự nguyện trực tiếp từ phụ huynh nhưng tỉ lệ này rất thấp. Theo thông tư số
14/2007/TT-BTC ngày 8/3/2007 của Bộ Tài chính hướng dẫn sử dụng kinh phí thực hiện công tác y tế trong các trường học có chỉ ra các nguồn kinh phí thực hiện công tác y tế trường học, trong đó ngoài nguồn kinh phí từ ngân sách nhà nước, từ quỹ khám chữa bệnh bảo hiểm y tế tự nguyện của học sinh, sinh viên, còn có thể huy động tài trợ của các tổ chức, cá nhân trong/ngoài nước và các nguồn thu hợp pháp khác. Tuy nhiên, thực tế hoạt
động y tế tại các trường học chưa thu hút được sự ủng hộ, đóng góp về mặt tài chính/vật chất từ các cá nhân, tổ chức trong cộng đồng. Trong khi đó, với nguồn kinh phí hạn hẹp cần phải chi trả cho các hoạt động chuyên môn chăm sóc, bảo vệ, tư vấn sức khỏe cho học sinh (sơ cấp cứu, chi mua thuốc, tổ chức khám sức khỏe định kỳ, chi mua tài liệu cho hoạt động truyền thông, mua trang thiết bị y tế, đồ dùng tối thiểu, tập huấn chuyên môn cho cán bộ y tế…); chi trả tiền lương, phụ cấp cho cán bộ y tế trường học. Điều này là một trong những yếu tố khó khăn, khiến các hoạt động của YTTH chưa
được triển khai thường xuyên, hoạt động lẻ tẻ, hiệu quả chưa cao. Kết quả
này cũng phù hợp với báo cáo năm 2008 của Bộ Giáo dục và Đào tạo [11]