Thuế, phí, lệ phí đều là nguồn thu cho ngân sách nhà nước. Tuy nhiên, từ các khái niệm của thuế, phí và lệ phí, có một số dấu hiệu đặc trưng để phân biệt giữa thuế với phí và lệ phí như sau:
Xét về mặt giá trị pháp lý
Thuế có giá trị pháp lý cao hơn lệ phí, phí. Thuế được ban hành dưới dạng văn bản pháp luật như luật, pháp lệnh do Quốc hội Việt Nam và Ủy ban Thường vụ Quốc hội Việt Nam thông qua. Trình tự ban hành một luật thuế phải tuân theo một trình tự chặt chẽ và nhất thiết phải được Quốc hội thông qua. Trong khi đó lệ phí, phí sau khi được Ủy ban Thường vụ cho phép sẽ được ban hành đưới dạng nghị định, quyết định của chính phủ; quyết định của các bộ, cơ quan ngang bộ, cơ quan thuộc chính phủ; nghị quyết của hội đồng nhân dân cấp tỉnh.
Xét về mức độ ảnh hưởng đối với nền kinh tế - xã hội thì thuế và phí, lệ phí được xem xét ở những giác độ sau
- Cùng tạo nguồn thu cho ngân sách nhà nước, nhưng thuế là nguồn thu quan trọng nhất cho ngân sách nhà nước.
- Ðiều chỉnh các hoạt động sản xuất, kinh doanh, quản lý và định hướng phát triển kinh tế. Thuế có tác động lớn đến toàn bộ qúa trình phát triển kinh tế - xã hội của một quốc gia, đồng thời thuế là một bộ phận rất quan trọng cấu thành chính sách tài chính quốc gia. Trong khi đó lệ phí, phí không có những tác dụng nói trên, nó chỉ có tác dụng tạo nguồn thu cho ngân sách nhà nước. Hơn nữa, việc tạo nguồn này không phải dùng đáp ứng nhu cầu chi tiêu mọi mặt của nhà nước, mà trước hết dùng để bù đắp các chi phí hoạt động của các cơ quan cung cấp cho xã hội một số dịch vụ công cộng như dịch vụ công chứng, dịch vụ đăng ký quyền sở hữu...
- Thuế được đảm bảo thực hiện bằng sự cưỡng chế của nhà nước, các cá nhân và pháp nhân có nghĩa vụ nộp thuế cho nhà nước nhưng không trên cơ sở được hưởng những lợi ích vật chất tương ứng mang tính chất đối giá. Thực chất thuế mang tính đóng góp nhiều hơn. Trong khi đó hình thức lệ phí, phí nói chung mang tính tự nguyện và có tính chất đối giá. Các khoản phí ngược lại với thuế, nó có nét giống như giá cả. Như vậy, phí là đối khoản cụ thể của việc sử dụng các dịch vụ do
tổ chức công cộng cung cấp để trang trải trực tiếp cho các chi phí trong việc cung cấp này. Một số nước quy định các khoản phí này sau khi thu được sẽ phân bổ cho các tổ chức cung cấp dịch vụ. Trong khi đó lệ phí là khoản tiền nhận được tại thời điểm cung cấp dịch vụ, nên có tính chất của một khoản thù lao. Lệ phí về cơ bản giống với phí vì chúng đều gắn với dịch vụ cung cấp.
- Bên cạnh đó, thuế không mang tính hoàn trả trực tiếp cho đối tượng nộp thuế. Tính chất không hoàn trả trực tiếp của thuế thể hiện ở chỗ nhà nước thu thuế từ các cá nhân và pháp nhân trong xã hội nhưng không bị ràng buộc bởi trách nhiệm phải hoàn trả lại cho từng người nộp cụ thể. Người nộp thuế suy cho cùng sẽ nhận được các lợi ích vật chất từ việc sử dụng các dịch vụ công cộng do nhà nước sử dụng các khoản chi của ngân sách nhà nước để thực hiện các chính sách kinh tế xã hội chung cho cả cộng đồng. Tuy nhiên, giá trị phần dịch vụ đó không nhất thiết tương đồng với khoản tiền thuế mà họ đã nộp cho nhà nước. Tính chất này của thuế cho phép chúng ta phân biệt thuế với lệ phí, phí và các khoản thu mà nhà nước tập trung vào ngân sách nhà nước nhưng ràng buộc trách nhiệm hoàn trả cho đối tượng nộp dưới các hình thức như vay nợ, tạm ứng cho ngân sách nhà nước.
Xét về tên gọi và mục đích
Mục đích của từng loại phí và lệ phí rất rõ ràng, thường phù hợp với tên gọi của nó. Nói một cách chính xác hơn, tên gọi của loại lệ phí, phí nào phản ánh khá đầy đủ mục đích sử dụng loại lệ phí đó. Mỗi một luật thuế đều có mục đích riêng. Tuy nhiên, đa số các sắc thuế có tên gọi không phản ánh đúng mục đích sử dụng, mà thường phản ánh đối tượng tính thuế.