Tăng cường công tác thanh tra, kiểm tra về thuế là một trong những nhiệm vụ trọng tâm nhằm ngăn ngừa, phát hiện và xử lý kịp thời những vi phạm về thuế. Trong đó, thanh tra, kiểm tra thuế của CQT giữ vị trí hết sức quan trọng trong việc nâng cao hiệu lực, hiệu quả công tác thu NSNN nhằm đáp ứng yêu cầu của cơ chế thu NSNN hiện đại dựa trên sự tuân thủ, tự nguyện của NNT. Để làm được điều đó, trong thời gian tới cần thực hiện một số vấn đề sau:
Thứ nhất, phân loại có hệ thống đối tượng thanh kiểm tra thuế. Tăng cường công
tác kiểm tra, phân tích hồ sơ tại trụ sơ cơ quan thuế và đảm bảo thực hiện kiểm tra 100% hồ sơ khai thuế tại bàn, kịp thời phát hiện những sai sót về việc kê khai thuế của người nộp thuế; Trong quá trình phân tích tập trung theo từng nhóm ngành kinh doanh như kinh doanh chế biến hải sản, xây dựng, có hoạt động đầu tư dự án... để rút ngắn thời gian, mang lại hiệu quả cao. Xây dựng và thực hiện kiểm tra thuế theo chuyên đề tập trung ở một số ngành nghề kinh doanh trọng điểm và sau khi kiểm tra thuế tại bàn phải lập bảng kê liệt kê các đơn vị đã kiểm tra, đơn vị có dấu hiệu vi phạm để kịp thời đưa vào kế hoạch thanh tra, kiểm tra hàng năm nhằm xử lý vi phạm và chống thất thu thuế.
Thứ hai, tăng cường đội ngũ thanh, kiểm tra thuế đạt chuyên môn nghiệp vụ
nhận hối lộ của cán bộ thanh, kiểm tra thuế. Yếu tố con người giữ một vị trí quan trọng, hiện nay khối lượng công việc nhiều, đối tượng quản lý đa dạng và phức tạp nên Cục thuế Thành phố Hồ Chí Minh cần bổ sung thêm nhân sự cho hoạt động thanh kiểm tra, tăng cường đào tạo, phát triển nguồn nhân lực cho đội ngũ thanh kiểm tra thuế, trong đó chú trọng đào tạo, trang bị kiến thức về kinh tế ngành, kỹ năng tin học, ngoại ngữ hay cụ thể hơn chuẩn hóa tiêu chuẩn trình độ nghiệp vụ của cán bộ làm công tác thanh tra, kiểm tra thuế: trình độ chuyên môn tối thiểu phải đại học trong lĩnh vực kinh tế, tài chính - ngân hàng, kế toán - kiểm toán, có thâm niên công tác trong ngành Thuế và các ngành kinh tế khác ít nhất từ 2-3 năm trở lên... Xây dựng đội ngũ cán bộ thanh tra, kiểm tra trong sạch, vững mạnh có khả năng hoàn thành tốt nhiệm vụ trong giai đoạn mới; tăng cường bồi dưỡng bản lĩnh chính trị vững vàng, có trình độ chuyên môn nghiệp vụ sâu và có kỹ năng thanh tra, kiểm tra.
Thứ ba, tin học hóa thanh tra, kiểm tra thuế. Xây dựng, hoàn thiện hệ thống cơ
sở dữ liệu người nộp thuế phục vụ hiệu quả cho công tác thanh tra, kiểm tra. Hệ thống cơ sở dữ liệu người nộp thuế cần đảm bảo cung cấp các nội dung liên quan đến người nộp thuế như thông tin chung về người nộp thuế, tình hình sản xuất kinh doanh và kê khai nộp thuế, tình hình tuân thủ pháp luật của NNT. Triển khai áp dụng rộng rãi các ứng dụng tin học trong công tác kiểm tra, thanh tra thuế, cập nhật đầy đủ cơ sở dữ liệu thông tin người nộp thuế, áp dụng các tiêu chí đánh giá rủi ro để phân tích, lựa chọn lên kế hoạch kiểm tra. Ngành thuế, cơ quan cấp phép đầu tư, hải quan, công an, ngân hàng…cần tăng cường xây dựng cơ sở dữ liệu và kết nối thông tin để có được một hệ thống thông tin đảm bảo cho quá trình quản lý thuế nói chung và hoạt động phân tích rủi ro, thanh kiểm tra xử lý vi phạm nói riêng. Ngoài ra, tăng cường cơ chế phối hợp giữa bộ phận thanh tra, kiểm tra thuế với các bộ phận khác trong CQT. Hoạt động kiểm tra hồ sơ khai thuế của bộ phận thanh tra, kiểm tra cần sự phối hợp của nhiều bộ phận liên quan nhằm xác định tính chính xác của số liệu lưu trữ và thông tin về người nộp thuế, đó là các bộ phận quản lý kê khai, kế toán thuế, bộ phận tổng hợp và xử lý dữ liệu, bộ phận quản lý nợ thuế.
Thứ tư, Chuẩn bị kế hoạch thanh tra, kiểm tra hết sức kỹ lưỡng trước lúc trình
quyết định thanh tra, kiểm tra, tránh hình thức. Chú trọng tới các nội dung như phân tích hồ sơ khai thuế tại CQT nhằm tìm ra các mâu thuẫn phát sinh trong hồ sơ; cân đối, so sánh, đối chiếu các dữ liệu có liên quan nhằm tìm ra nội dung nghi ngờ để xác định những dấu hiệu vi phạm. Điều tra khảo sát những thông tin, tình hình đặc điểm hoạt động sản xuất kinh doanh của doanh nghiệp như mô hình tổ chức kinh doanh, các cơ sở trực thuộc, hình thức quản lý kinh doanh, các biểu hiện vi phạm thường xảy ra.
Thứ năm, triển khai quyết định thanh tra, kiểm tra. Trước khi tiến hành thanh
kiểm tra, trưởng đoàn phải bao quát toàn bộ nội dung cần thiết cụ thể cho cuộc thanh tra, kiểm tra; rà soát đề cương để từ đó phân công cho các thành viên kiểm tra từng nội dung cụ thể. Việc phân công dựa trên cơ sở năng lực, sở trường của từng thành viên trong đoàn để phân công. Kiểm tra một số nội dung cơ bản về những hành vi vi phạm pháp luật thuế thường xảy ra. Đảm bảo tất cả các cuộc thanh tra, kiểm tra đều trong thời gian quy định.
Về công tác kiểm tra nội bộ cần cải tiến phương pháp kiểm tra, điều động cán bộ từ các chi cục khác nhau để tiến hành kiểm tra chéo, đảm bảo minh bạch, công khai.