Bảo Yên là huyện có nguồn tài nguyên rừng tƣơng đối phong phú và đa dạng. Huyện có diện tích rừng là 48.062,68 ha, chiếm 14,29% tổng diện tích rừng của toàn Tỉnh; trong đó có 14.287,14 ha rừng phòng hộ (chiếm 29,72%
diện tích đất lâm nghiệp có rừng) và 33.775,54 ha rừng sản xuất (chiếm 70,27% diện tích đất lâm nghiệp có rừng).
Rừng tự nhiên trên địa bàn Bảo Yên chủ yếu tập trung ở các xã: Vĩnh Yên, Thƣợng Hà, Long Khánh, Lƣơng Sơn, Xuân Hòa, Việt Tiến. Rừng tự nhiên của Bảo Yên đƣợc phân thành 2 loại: Rừng trung bình và rừng nghèo. Loại rừng trung bình phân bổ chủ yếu trên các đai cao của dãy Con Voi và dãy Khao Tanh. Thảm thực vật của rừng trung bình tƣơng đối phong phú và đa dạng về nhóm, bộ, họ (chò nâu, phay, trám, ràng ràng, mít…). Ngoài ra, rừng trung bình còn có các loại thực vật rừng thân thảo mộc nhƣ dây leo, song mây, sa nhân, dé, giang, vầu, nứa, trúc lùn. Loại rừng nghèo chủ yếu là sản phẩm sau nƣơng rẫy đƣợc khoang nuôi tái sinh, phần lớn là rừng hỗn giao (chủ yếu là giang, nứa...). Trong điều kiện nóng ẩm, rừng thứ sinh ở Bảo Yên phát triển mạnh nếu đƣợc bảo vệ nghiêm ngặt, tạo ra nguồn nguyên liệu dồi dào cho phát triển tiểu thủ công nghiệp mây tre đan.
Rừng trồng trên địa bàn Huyện tập trung chủ yếu ở các xã ven sông Chảy (Việt Tiến, Long Khánh, Long Phúc, Xuân Hòa, Tân Dƣơng và thị trấn Phố Ràng). Rừng trồng phát triển dƣới nhiều hình thức: Trồng rừng tập trung chiếm tỷ lệ cao (chủ yếu do lâm trƣờng Bảo Yên thực hiện), phân bố dọc sông Chảy, quốc lộ 70, chủ yếu phát triển các loại mỡ, bồ đề, keo lá tràm, trẩu….đƣợc hỗ trợ bởi các chƣơng trình nhƣ dự án phòng hộ sông Chảy, dự án 327, dự án 661.
Diện tích rừng lớn, thảm thực vật khá phong phú và sự đa dạng là lợi thế đối với Bảo Yên trong phát triển kinh tế rừng, tạo đầu vào cho phát triển công nghiệp chế biến lâm sản (bột giấy, đồ gỗ).