Thứ nhất, phát triển cơ chế chi trả dịch vụ môi trƣờng rừng tất yếu đóng góp lớn vào việc bảo vệ và phát triển rừng. Các cơ chế quản lý rừng từ trƣớc đến nay của Nhà nƣớc chủ yếu là theo cơ chế khoán và bao cấp, vì thế mức tiền ngƣời dân đƣợc hƣởng quá thấp nên họ không có trách nhiệm với việc bảo vệ rừng. Với sự có mặt của PFES, ngƣời làm rừng là những ngƣời cung cấp hàng hoá dịch vụ môi trƣờng, nếu dịch vụ môi trƣờng càng tốt thì càng đƣợc trả giá cao, điều này đƣa đến hệ quả là ngƣời làm rừng có trách nhiệm bảo vệ và phát triển chính hàng hoá của mình. Chính điều này sẽ giúp hạn chế tình trạng chặt phá rừng bừa bãi, khai thác không có kế hoạch, làm cạn kiệt nguồn tài nguyên rừng. Ngƣời làm rừng sẽ phải tính toán và lên kế hoạch khai thác sao cho vẫn đảm bảo cung cấp đƣợc dịch vụ môi trƣờng và vẫn thu đƣợc nguồn lợi trực tiếp từ rừng sản xuất. Bên cạnh đó, tình trạng phá rừng làm nƣơng rẫy sẽ đƣợc hạn chế, góp phần giảm diện tích đất rừng bị hoang hoá, không thể sử dụng đƣợc tiếp trong tƣơng lai. Thay vào đó là phủ xanh đất trống, đồi núi trọc nhằm phát triển rừng với diện tích ngày càng lớn.
Thứ hai, do rừng phát triển, động thực vật có nơi để cƣ trú nên PFES cũng góp phần duy trì và bảo vệ đa dạng sinh học. Nhƣ đã biết, Bảo Yên có một diện tích rừng tƣơng đối lớn và nhiều loại động thực vật quý hiếm, việc giữ gìn và bảo vệ rừng có ý nghĩa quan trọng trong bảo tồn các loài hoang dã
và duy trì hệ sinh thái hiện có. Rừng bị huỷ hoại tất yếu có nhiều loài động vật bị chết do thiếu nơi cƣ trú hay mất nguồn thức ăn, từ đó dẫn đến việc suy giảm về số lƣợng loài, chất lƣợng loài làm ảnh hƣởng đến đa dạng sinh học. Trong bối cảnh hiện nay, khi đa dạng sinh học đang là vấn đề rất đƣợc quan tâm, nhất là sắp tới sẽ có Luật Đa dạng sinh học thì phát triển PFES là một trong những cách để duy trì và bảo vệ các hệ sinh thái trong tự nhiên.
Thứ ba, ngoài việc đem lại các giá trị lợi ích về giữ nƣớc, chống bồi lắng lòng hồ thuỷ điện, chống xói mòn đất, rừng còn có giá trị quan trọng trong việc giảm thiểu cacbon, một trong những nhân tố gây ra biến đổi khí hậu toàn cầu. Hiện nay, các quốc gia trên thế giới đều đang có những giải phảp khuyến khích trồng rừng nhằm giảm phát thải cac-bon thông qua một cơ chế phát triển sạch (CDM) thì PFES là một cơ chế tƣơng đối hiệu quả trong giảm thải cacbon. Trong phạm vi dự án chi trả dịch vụ môi trƣờng rừng chƣa tính đến việc bán các chứng chỉ về giảm thải CO2 nhƣng không ai có thể phủ nhận khả năng hấp thụ CO2 của rừng là rất lớn. Một phần trong cơ chế hoạt động của PFES là ngƣời chủ rừng phải có trách nhiệm bảo vệ rừng đầu nguồn và những dịch vụ môi trƣờng đã đƣợc mua, nhƣ vậy, diện tích rừng không hề bị suy giảm mà còn có khả năng tăng lên. Lƣợng cac-bon đƣợc hấp thụ nhiều hơn sẽ góp phần ngăn chặn bớt tác hại của hiện tƣợng ấm lên toàn cầu, không chỉ bảo vệ môi trƣờng cho Việt Nam mà còn góp phần cho hoạt động bảo vệ môi trƣờng toàn cầu. Một nghiên cứu gần đây của Anh đã tính toán đƣợc rằng những cánh rừng nhiệt đới đang giúp hấp thụ 20% lƣợng CO2 từ khí quyển, giúp con ngƣời tiết kiệm đƣợc 13 tỷ USD mỗi năm. Thêm vào đó, một điều dễ nhận thấy, với diện tích rừng ngày càng tăng lên, đƣơng nhiên môi trƣờng sẽ trong sạch hơn, giảm bớt các tác hại của ô nhiễm không khí và đem lại cho con ngƣời môi trƣờng sống tốt hơn, trong lành hơn.
Thứ tƣ, dự án chi trả dịch vụ môi trƣờng rừng đã xây dựng đƣợc quỹ cho các hoạt động quản lý và phát triển rừng, góp phần tăng thêm vốn cho các
hoạt động môi trƣờng. Theo Quyết định 380/QĐ – TTg của Thủ tƣớng Chính phủ, 10% số tiền thu đƣợc từ chi trả dịch vụ môi trƣờng của các nhà máy thuỷ điện sẽ đƣợc dùng để thành lập Quỹ bảo vệ và phát triển rừng. Quỹ này có nhiệm vụ hỗ trợ các tổ chức, hộ gia đình, cộng đồng dân cƣ thôn có trong chƣơng trình hoạt động của dự án. Khoản hỗ trợ này đƣợc dùng cho công tác tuyên truyền, phổ biến, triển khai thực hiện dự án, đào tạo nguồn nhân lực, bảo vệ và phát triển rừng…Nhờ có quỹ này, các hoạt động bảo vệ môi trƣờng đƣợc nâng cao hơn, phát triển đa dạng hơn và có hiệu quả hơn.