Đề tài nghiên cứu giới hạn thời gian nghiên cứu trong giai đoạn 2008-2018 và trong giai đoạn này có một số ngân hàng mới thành lập, có ngân hàng chuyển đổi hình thức sở hữu, hợp nhất, sáp nhập chuyển đổi mô hình hoạt động nên số liệu các năm của một số ngân hàng chưa đầy đủ nên mẫu sử dụng trong mô hình là mẫu không cân bằng (unbalanced data). Bên cạnh đó đề tài chỉ nghiên cứu trên 28 NHTMCP Việt Nam mà chưa mở rộng được cho các nhóm ngân hàng khác, vì vậy chưa có cái nhìn tổng quát cho toàn hệ thống ngân hàng.
Hơn nữa, trong mô hình nghiên cứu tác giả cũng chỉ mới sử dụng 02 chỉ số tài chính là ROA, ROE để đo lường hiệu quả hoạt động của ngân hàng trong khi đó ở phần cơ sở lý luận tác giả cũng đã cho thấy việc đo lường hiệu quả hoạt động có nhiều chỉ tiêu cũng như cách thức đo lường khác nhau và mỗi chỉ tiêu cũng chỉ đo lường hiệu quả ở một khía cạnh nhất định.
Trong mô hình nghiên cứu đã đưa ra mặc dù đã kiểm định và rút ra được một số kết luận quan trọng để từ đó đưa ra một số kiến nghị nhằm cải thiện và nâng cao hiệu quả hoạt động của hệ thống NHTMCP Việt Nam. Tuy nhiên bên cạnh đó kết quả chạy mô hình cũng cho thấy các biến trong mô hình FEM đưa ra chỉ mới giải thích được 58.03% theo biến ROA và 56.79% theo biến ROE. Như vậy mô hình còn bỏ qua một số các yếu tố tác động đến hiệu quả hoạt động của hệ thống NHTMCP Việt Nam.
Đề tài nghiên cứu có một số biến độc lập là biến vĩ mô gồm Tốc độ tăng trưởng kinh tế (GDP) và tỷ lệ lạm phát (INF) nên việc sử dụng mô hình FEM, REM để xử lý có thể chưa xử lý được vấn đề nội sinh (nếu có).
Nguyên nhân của những hạn chế này là do thời gian có hạn cũng như năng lực hiện tại còn hạn chế. Vì vậy tác giả mong muốn sẽ được nghiên cứu sâu hơn để đưa ra một thước đo đánh giá tổng quát hơn hiệu quả hoạt động của cả hệ thống ngân hàng Việt Nam cũng như xây dựng được một mô hình với cách kiểm định tốt hơn và xác định được nhiều hơn các yếu tố tác động lên hiệu quả hoạt động của ngân hàng để làm một tài liệu tham khảo hữu ích cho việc nghiên cứu của các bạn sinh viên cũng như là một tài liệu tham khảo hữu ích cho các ngân hàng trong việc đưa ra các chính sách nâng cao hiệu quả hoạt động.