Phòng Quản lý Đầu tư nước ngoài tại cục thuế thành phố Hồ Chí Minh công bố vào tháng 7 năm 2005, chỉ có 190 doanh nghiệp trong số 1450 doanh nghiệp FDI tại TP.HCM (tức 13%) báo cáo kinh doanh lãi, với 1260 công ty còn lại (tức 87%) báo kế toán lỗ hoặc dự án đang trong giai đoạn triển khai chưa tạo ra lợi nhuận. Cho tới tháng 12 năm 2005, 116 công ty liên doanh với số vốn lên tới 1,3 tỷ đô chuyển sang hình thức 100% vốn nước ngoài qua các hình thức mua lại, hầu hết đều báo lỗ.
Cơ quan chức năng nhận định, tình hình doanh nghiệp hạch toán lỗ liên tục qua các năm rất phổ biến. Hơn thế nữa nhiều công ty FDI không kê khai đầy đủ thu nhập của các cá thể nộp thuế, không thực thi nhiệm vụ kế toán, hoặc thay đổi chế độ kế toán thường xuyên. Khi tiến hành kiểm tra gần 50 công ty có vốn nước ngoài, cục thuế TP.HCM đã phát hiện nhiều công ty khai báo sai lợi nhuận trước thuế, và truy thu số thuế gần 60 tỷ đồng.
Cục thống kê của TP.HCM báo cáo kết quả điều tra doanh nghiệp cho thấy, trong năm 2005, tỷ lệ lỗ của các doanh nghiệp tư nhân cao hơn các công ty nhà nước tuy nhiên thấp hơn nhiều so với các doanh nghiệp có vốn nước ngoài. Trong khu vực doanh nghiệp, công ty nhà nước chiếm 8,3% lỗ, công ty tư nhân chiếm 36,1% và công ty có vốn nước ngoài chiếm tới 54,6%.
Một điểm đáng lưu ý đó là trên 50% doanh nghiệp đang khai lỗ để xin các khoản miễn thuế. Những năm qua xảy ra tình trọng các doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài báo cáo hoạt động thua lỗ với cơ quan thuế mặc dù doanh thu liên tục tăng và quy mô sản xuất ngày càng mở rộng. Những doanh nghiệp Việt Nam tham gia vào một liên doanh, khi có tình trạng lỗ ảo kéo dài, sẽ không thể duy trì và phải rút lui. Khi đó doanh nghiệp liên doanh sẽ bị lâm vào tình trạng thôn tính và phải chuyển thành 100% vốn đầu tư nước ngoài. Đây là một vấn nạn đang gây đau đầu cho cơ quan chức năng. Ở các quốc gia như Hoa Kỳ, Nhật, những trường hợp gian lận chuyển giá tương tự của các MNE đã bị xử phạt rất nặng.
Báo cáo của VCCI cho thấy, có từ 40-50% số doanh nghiệp có vốn nước ngoài đang kê khai lỗ mỗi năm, trong đó nhiều tập đoàn liên tục lỗ trong nhiều năm liền, thậm chí lỗ âm lũy kế đến múc vốn chủ sở hữu âm nhưng vẫn tổ chức hoạt động bình thường và mở rộng kinh doanh.
Ở Bình Dương, số công ty FDI khai báo lỗ vào năm 2010 là 754 trên tổng số 1490 doanh nghiệp, chiếm 50,6%, trong số đó có 200 công ty âm vốn chủ sở hữu. Hơn thế nữa, trong năm có đến 104 trên 111 doanh nghiệp ở Lâm Đồng khai báo lỗ trong. Các tỉnh, thành phố thu hút lượng lớn FDI như Hà Nội, Hải Phòng, Quảng Ninh,... đều xảy ra tình trạng kê khai lỗ chiếm số lượng lớn của các doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài.
Gần đây nhất, vào năm 2018, VCCI báo cáo rằng có tới 37,9% các doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài khai báo lỗ. Hiện trạng báo lỗ không xảy ra đơn nhất trong
STT
Văn bản quy định Đối tượng
liên kết
Phương pháp kiểm soát chuyển giá
ngành nghề cụ thể nào tuy nhiên phổ biến hơn ở các ngành như cơ khí, dệt may, giầy da, đồ gia dụng, giải khát,... Theo nguồn tin từ cục thuế TP.HCM, các công ty FDI về lĩnh vực bán lẻ, giải khát, siêu thị luôn đứng đầu trong các công ty báo lỗ.
Một trong những phi vụ chuyển giá xảy ra trong thời gian gần đây tại Việt Nam khiến cho báo chí tốn không ít giấy mực, đó là vụ việc của hai công ty nước giải khát Pepsi và Coca-Cola. Theo cục thuế TP.HCM, từ khi bước vào thị trường Việt Nam vào năm 1992, Coca-Cola báo lỗ liên tục. Việc khai báo lỗ này chỉ dừng lại vào năm 2012, trong đó Coca-Cola nêu lí do thua lỗ là tăng trưởng yếu về doanh thu, trên thực tế công ty này vẫn tăng sản lượng đều đặn 25%/năm. Cho tới thời điểm tháng 12 năm 2012, lỗ lũy kế của Coca-Cola đã lên tới tổng cộng 3768 tỷ đồng, qua cả 2950 tỷ đồng vốn đầu tư ban đầu. Trên lý thuyết, với số lỗ như vậy, Coca-Cola đáng ra đã phá sản. Nhưng thay vì thu hẹp quy mô hay đóng cửa nhà máy, trong năm 2014 công ty vẫn tung 210 triệu đô để đầu tư mở rộng quy mô tại Việt Nam.
Những hành vi của Coca-Cola đã khiến cho cơ quan thuế đặt nghi vấn về hành vi thao túng chuyển giá của công ty này, mặc dù vậy cơ quan chức năng còn thiếu những bằng chứng xác đáng để đưa doanh nghiệp này ra ánh sáng. Chỉ đến năm 2013, sau nhiều nỗ lực kiểm tra, Coca đã phải báo lãi và bắt đầu nộp thuế thu nhập doanh nghiệp cho cơ quan thuế Việt Nam.
Những trường hợp như Coca-Cola không chỉ là những vụ việc duy nhất đã được cơ quan chức năng điều tra làm rõ. Nhiều trường hợp trong đó đến nay vẫn chưa được phát hiện, hoặc đã để lộ ra những nghi vấn nhưng chưa có những bằng chứng thuyết phục để định tội.