Cơ cấu tổ chức của Chi cục Hải quan Bắc Hà Nội gồm : 1 Chi cục trưởng, 3 Phó chi cục trưởng và 3 đội công tác (Đội Tổng hợp, đội Quản lý thuế, đội Nghiệp vụ). Sơ đồ cơ cấu tổ chức bộ máy của Chi cục như sau:
Sơ đồ 3.1: Cơ cấu tổ chức của Chi cục Hải quan Bắc Hà Nội
Nguồn: Báo cáo tổ chức nhân sự của Chi cục Hải quan Bắc Hà nội
Hiện nay, biên chế của Chi cục có 60 công chức và 7 hợp đồng. Cơ cấu tổ chức của Chi cục có 4 lãnh đạo Chi cục: 1 Chi cục trưởng, 3 Phó Chi cục trưởng và 3 đội với biên chế từng đội cụ thể như sau: Đội Tổng hợp (1 Đội trưởng; 2 Phó đội trưởng; 5 cán bộ công chức; 7 hợp đồng lao động); Đội Nghiệp vụ (1 Đội trưởng, 3
Phó chi cục trưởng phụ trách đội Nghiệp vụ Phó chi cục trưởng phụ trách đội Tổng hợp Phó chi cục trưởng phụ trác đội Quản lý thuế Bộ phận đường
biển Bộ phận đường Hàng không Tổng hợp Đội Quản lý thuếĐội Chi cục trưởng
Phó đội trưởng 36 cán bộ công chức,); Đội Quản lý thuế (1 Đội trưởng; 3 Phó đội trưởng; 4 cán bộ công chức). (Nguồn: Số liệu thống kê từ Đội Tổng Hợp – Chi cục hải quan Bắc Hà Nội)
Trong năm 2019, một trong những nhiệm vụ lớn trong năm là triển khai thực hiện Quyết định số 297/QĐ-TCHQ ngày 06/02/2018 của Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan về việc quy định cơ cấu tổ chức của Chi cục hải quan trực thuộc Cục hải quan Thành phố Hà nội và Quyết định 353/QĐ-HQHN ngày 23/3/2018 của Cục trưởng Cục Hải quan TP.Hà nội quy định chức năng nhiệm vụ của các Đội thuộc Chi cục Hải quan Bắc Hà Nội. Chi cục đã làm tốt công tác chính trị giáo dục tư tưởng, quán triệt, động viên, nắm bắt tâm tư nguyện vọng do đó cán bộ, công chức thông suốt về quan điểm và nhận thức. Chi cục đã xây dựng được một đội ngũ công chức có trình độ, năng lực, chuyên môn nghiệp vụ đáp ứng được yêu cầu cải cách, hiện đại hoá ngành hải quan. Nhiệm vụ chính của các đội công tác là theo dõi quản lý số thu ngân sách từ thuế xuất nhập khẩu, lệ phí và các khoản thu khác. Thực hiện kế toán thuế, theo dõi nợ thuế, đôn đốc thu đòi nợ thuế; thực hiện các thủ tục về hoàn thuế, miễn thuế, bù trừ tiền thuế, không thu thuế, thanh quyết toán đối với hàng hoá xuất nhập khẩu. Thực hiện công tác kiểm tra hồ sơ hải quan, hỗ trợ, cung cấp thông tin và giải quyết vướng mắc cho NNT.