Do tình hình kinh tế - xã hội giai đoạn 2015-2019 có nhiều biến động, Chính phủ đã chỉ đạo sửa đổi bổ sung một số điều của Luật thuế xuất nhập khẩu và Luật quản lý thuế theo định hướng hỗ trợ và tạo điều kiện thuận lợi cho việc sản xuất
kinh doanh của DN. Những điều chỉnh này đã ảnh hưởng đến nguồn thu NSNN, nên Chi cục hải quan Bắc Hà Nội đã tăng cường công tác kiểm tra chống thất thu thuế. Tại Chi cục, số nợ thuế được theo dõi chặt chẽ mỗi ngày, phân loại nợ theo tiêu chí phân loại. Sau đó, định kỳ hàng tháng Chi cục báo cáo Cục Hải quan thành phố Hà Nội tình hình xử lý nợ thuế trong tháng kèm theo kế hoạch cho tháng kế tiếp, trong đó liệt kê chi tiết từng công việc cụ thể đã làm cho từng đối tượng nợ thuế. Đồng thời, tiến hành phân tích, lập danh sách các trường hợp DN có rủi ro cao trong việc vi phạm nộp thuế, có dấu hiệu vi phạm pháp luật để xây dựng kế hoạch kiểm tra nhằm đảm bảo hoàn thành nhiệm vụ được giao.
Hằng năm, Chi cục đều thành lập tổ Thu đòi nợ thuế, trong năm sẽ chia thành nhiều đợt thu đòi nợ thuế, cử công chức trực tiếp đến trụ sở của DN để thu thập thông tin, xác nhận tình trạng nợ thuế. Sau mỗi đợt triển khai tổ Thu đòi nợ thuế sẽ báo tình hình với Lãnh đạo Chi cục để đưa ra những khó khăn và phương hướng trong đợt thu đòi nợ thuế tiếp theo. Sau mỗi đợt thu đòi nợ thuế, Chi cục sẽ tiến hành đánh giá việc hoàn thành các chỉ tiêu thu hồi nợ và thực hiện các biện pháp quản lý nợ thuế từ đó làm căn cứ bình xét thi đua khen thưởng cán bộ công chức cuối năm.
Chi cục còn tăng cường việc kiểm tra giám sát theo phương thức kiểm tra chéo đối với các công chức phụ trách quản lý nợ thuế. Đề từ đó việc phân loại, theo dõi nợ thuế được thực hiện đúng quy trình; thực hiện đôn đốc, tiếp nhận hồ sơ đúng thời hạn. Đồng thời, việc kiểm tra chéo này còn giúp công chức hoàn thiện và học hỏi thêm nhiều kỹ năng nghiệp vụ, nâng cao trình độ và tích lũy được nhiều kinh nghiệm trong công tác quản lý nợ thuế.
Để đảm bảo công tác quản lý nợ thuế được thực hiện đúng quy trình phân loại nợ thuế và thực hiện thu hồi nợ thuế theo đúng quy định, tránh thất thu NSNN, Cục hải quan thành phố Hà Nội thường thành lập các đoàn thanh tra kiểm tra công tác quản lý thuế nói chung và quản lý nợ thuế nói riêng tại Chi cục. Mỗi năm Chi cục thường đón tiếp 02 đoàn Thanh tra của Cục Hải quan thành phố Hà Nội hoặc của Tổng cục Hải quan kiểm tra về công tác thu đòi nợ thuế.
Trong 5 năm (2015-2019), Chi cục đã tiến hành kiểm tra trên 300 trường hợp gian lận thương mại, tổng số thuế tăng thu qua thanh tra, kiểm tra là 9,1 tỷ đồng.
Công tác thanh tra kiểm tra đã giúp phát hiện, ngăn chặn và xử lý kịp thời các hành vi, thủ đoạn gian lận, chiếm đoạt tiền thuế và phối hợp chặt chẽ với các cơ quan chức năng để xử lý những trường hợp chây ỳ không nộp thuế.