Một vấn đề đặt ra quyết định đến yếu tố thành công trong việc tổ chức và vận hành thị trường, đó là khung pháp lý cho vận hành thị trường. Khung pháp lý ở đây bao gồm các văn bản quy phạm pháp luật nói chung liên quan đến doanh nghiệp, phá sản, khiếu nại, tố cáo..., và văn bản pháp luật về chứng khoán và thị trường chứng khoán. Các văn bản này phần nào đã đáp ứng được yêu cầu thực tiễn trong giai đoạn đầu, nhưng đã và đang bộc lộ nhiều hạn chế. Cụ thể là, do các văn bản pháp luật về chứng khoán cao nhất mới chỉ là Nghị định 48/NĐ-CP của Chính phủ, nên hiệu lực pháp lý chưa cao, nhiều quy định bị chồng chéo và chi phối bởi hiệu lực từ các văn bản luật khác, nên rất khó khăn khi gặp những vấn đề cần phải áp dụng luật chuyên ngành. Ngoài ra, do Nghị định 48/NĐ-CP xây dựng trong bối cảnh chúng ta chưa có thị trường,
nên một số quy định hiện nay không còn phù hợp, đòi hỏi phải chỉnh sửa kịp thời.
Nhìn chung, với các văn bản quy phạm pháp luật hiện có, công tác kiểm tra, giám sát và xử lý, giải quyết các vi phạm vẫn còn nhiều bất cập. Các quy định về giao dịch chứng khoán bên ngoài Trung tâm giao dịch chứng khoán (như là giao dịch đấu thầu, giao dịch lô lẻ, chuyển nhượng nội bộ kế thừa...); nghĩa vụ công bố thông tin từ các tổ chức niêm yết; về môi giới chứng khoán chưa niêm yết cũng chưa được cụ thể, chặt chẽ và những chế tài xử lý tương ứng, nên khi có sự cố cơ quan quản lý gặp không ít lúng túng trong việc xử lý, giải quyết vụ việc. Ngoài ra, các văn bản còn chưa thống nhất, chồng chéo, ví dụ như: tỷ lệ vốn góp vốn của các tổ chức cá nhân nước ngoài, danh mục các nghề nghiệp được khuyến khích ưu đãi, nhà đầu tư nước ngoài có nhu cầu mua trái phiếu...được biểu hiện giữa Quyết định 139/TTg ngày10/06/1999 với Quyết định 145/1999/QĐ- TTg có ban hành kèm theo danh mục lĩnh vực ngành nghề được phép bán cổ phần cho người nước ngoài. Mặt khác, khung pháp lý cũng chưa có các biện pháp khuyến khích và bảo vệ nhà đầu tư một cách hữu hiệu, đặc biệt là đối với các nhà đầu tư cá thể trước các hoạt động của các tổ chức không có hiệu quả, thiếu lành mạnh. Đây chính là các nguyên nhân làm giảm lòng tin của công chúng đầu tư, làm nản lòng các công ty đang có ý định tham gia vào thị trường.