Phát triển kinh tế biển của tỉnh Quảng Bình trong liên kết vùng đã đạt được những thành tựu đáng ghi nhận, đóng góp cho sự phát triển trong kinh tế - xã hội của địa phương như đã đề cập ở mục 3.2. Tuy nhiên, vẫn còn tồn tại những hạn chế gây cản trở nhất định đối với quá trình phát triển và liên kết. Cụ thể:
- Tình hình khai thác, sử dụng biển của tỉnh Quảng Bình chưa hiệu quả và thiếu bền vững, không tuân thủ quy hoạch làm nẩy sinh nhiều mâu thuẫn về mặt lợi ích. Quy mơ, trình độ và cách thức tổ chức sản xuất nhỏ, lạc hậu, phương thức khai thác biển chủ yếu dưới dạng sản xuất nhỏ, các phương tiện khai thác, đánh bắt xa bờ của địa phương lạc hậu, khai thác nguồn lợi từ biển ở dạng sản phẩm thô, chú trọng nhiều đến sản lượng mà khơng chú ý đến chất lượng và lợi ích lâu dài của các tài nguyên biển.
- Khai thác hải sản trên địa bản tỉnh cịn tình trạng bất hợp pháp, khơng báo cáo và không theo quy định IUU (illegal, unreported and unregulated fishing) do khơng có khung pháp lý cụ thể đã làm ảnh hưởng đến tình hình xuất khẩu thủy sản của địa phương và của cả nước.
- Cơ cấu các ngành kinh tế biển bất hợp lý, tỉ trọng đóng góp của kinh tế biển trong cơ cấu kinh tế của Quảng Bình cịn thấp, nhiều tiềm năng từ kinh tế biển chưa được khai thác hợp lý, lãng phí, hiệu quả thấp và kém bền vững trong sử dụng lâu dài.
- Hạ tầng cơ sở kỹ thuật phát triển kinh tế biển lạc hậu, thiếu đồng bộ và kém phát triển. Hệ thống giao thông kết nối các các tuyến, nhánh nối tuyến ven biển với các tuyến huyết mạch trong nội địa, bảo đảm nối thông các “cửa” vào - ra ven biển với trung tâm kinh tế - đô thị của tỉnh trong nội địa cịn chưa được hồn thiện và đảm bảo tính đồng bộ.
- Nguồn nhân lực cho kinh tế biển còn thiếu và yếu. Nhân lực là nhân tố quyết định cho việc thực hiện thành công chiến lược biển, vươn ra biển làm giàu của Quảng Bình, với một địa phương thuộc trong những địa phương có trình độ phát triển và thu nhập thấp của cả nước, đặc điểm cư dân ven biển của Quảng Bình thường có trình độ thấp, đây là hạn chế lớn trong quá trình phát triển của các phân ngành kinh tế biển nói riêng và phát triển kinh tế - xã hội nói chung.
- Mơi trường biển bị biến đổi theo chiều hướng xấu, nguồn lợi hải sản có xu hứng giảm về trữ lượng và chất lượng, đặc biệt là nguồn lợi hải sản gần bờ có dấu hiệu cho thấy bị khai thác quá mức. Trong lĩnh vực khai thác, ni trồng thủy, hải sản tại Quảng Bình đã xảy ra tình trạng khai thác tận diệt các lồi sinh vận biển, ni tơm trên cát gây ra hậu quả nghiêm trọng về mơi trường, chưa có phương án chủ động ứng phó với biến đổi khí hậu.
- Quan hệ liên kết kinh tế giữa các phân ngành kinh tế biển của tỉnh Quảng Bình với cùng Bắc Trung Bộ cịn mang năng tính tự phát. Mối quan hệ liên kết về mặt kinh tế cịn rất mờ nhạt, lỏng lẻo.
- Mơ hình, nội dung và hình thức liên kết giữa các chủ thể trong các ngành kinh tế biển còn nhiều bất cập. Liên kết hỗ trợ khoa học kỹ thuật cho các ngành kinh tế biển mới chú ý đến mặt số lượng chưa chú trọng đến mặt chất lượng. Cấu trúc tổ chức liên kết trong các ngành kinh tế biển chỉ chú trọng đến liên kết dọc, chưa chú trọng đến liên kết ngang, do đó chưa thiết lập được chuỗi giá trị ngành hàng. Cách thức thực hiện liên kết giữa các chủ thể tham gia chưa được đảm bảo về mặt pháp lý.