Thứ nhất, bám sát chủ trương chính sách của Đảng và Nhà nước về định hướng và ưu tiên đầu tư công.
Trong thời gian sắp tới Luật Quy hoạch 2017 có hiệu lực đi vào thực tế và dự án Luật Đầu tư công sửa đổi được thông qua sẽ là thách thức không nhỏ đối với APMB trong việc chuyển mình và thích nghi với những thay đổi của chính sách. APMB cần lựa chọn và chuẩn bị các dự án đầu tư công phù hợp với các cơ chế chính sách, định hướng mới đồng thời đảm bảo tính khả thi và hiệu quả (dựa trên hiệu quả kinh tế - xã hội, tài chính).
Về cơ cấu chuẩn bị dự án, cần tăng cường xúc tiến các dự án trong lĩnh vực thủy sản hiện tại đang chiếm tỷ trọng thấp trong số các dự án tại APMB.
Tập trung nghiên cứu và xây dựng các dự án có hiệu quả kinh tế - xã hội, trực tiếp thúc đẩy tăng trưởng gắn với phát triển bền vững, ví dụ: các dự án giải quyết nút thắt cơ bản về hạ tầng nông nghiệp nông thôn, phát triển nông nghiệp thông minh (thủy lợi, ứng dụng khoa học công nghệ cao trong sản xuất nông nghiệp, điện khí hóa nông nghiệp…), kích thích các ngành hoặc hoạt động xuất khẩu, các dự án đổi mới sáng tạo, chuyển giao công nghệ, có hiệu ứng lan tỏa như thích ứng biến đổi khí hậu, nâng cao chất lượng môi trường.
Thứ hai, cần tuyển chọn các tư vấn thiết kế dự án uy tín, giàu kinh nghiệm trong ngành lĩnh vực đầu tư.
Thực tế cho thấy, một ý tưởng tốt nếu không được cụ thể hóa bằng các bản kế hoạch tốt thì trong quá trình thực hiện sẽ vô cùng khó khăn. Ngoài ra, một bản báo cáo nghiên cứu khả thi kèm kế hoạch tổng thể có nhiều điểm chưa mạch lạc, sáng tỏ cũng là nguyên nhân dẫn đến quá trình phê duyệt dự án bị kéo dài do phải họp, góp ý sửa đổi nhiều lần.
Với đặc thù của ngành nông nghiệp và phát triển nông thôn là tác động tới rất nhiều thành phần, triển khai địa bàn rộng, chịu chi phối bởi nhiều văn bản quy phạm pháp luật ở cả trung ương và địa phương, nếu tư vấn thiết kế dự án không có kinh nghiệm chuyên sâu trong ngành lĩnh vực sẽ rất khó để ước lượng những rủi ro đa dạng mà dự án có thể gặp phải.
Thứ ba, nâng cao nhận thức về kế hoạch đầu tư công trung hạn cho các ban quản lý dự án thành phần, chủ động trong xây dựng và đề xuất điều chỉnh kế hoạch đầu tư công trung hạn.
Với việc ban hành và đi vào thực hiện của Luật đầu tư công, Luật quản lý nợ công, việc thực hiện và giải ngân các dự án đầu tư công nói chung và các dự án đầu tư sử dụng vốn ODA nói riêng chịu sự chi phối rất lớn từ kế hoạch trung hạn. Tất cả các nội dung, hạng mục nếu muốn giải ngân đều phải nằm trong kế hoạch trung hạn của các Bộ ngành và các địa phương. APMB đã có bài học sâu sắc về vấn đề này đối với hai dự án Tây Nguyên và Miền Trung.
Căn cứ nghị định 132/2018/NĐ-CP “về sửa đổi một số điều của Nghị định 16/2016/NĐ-CP về quản lý và sử dụng vốn hỗ trợ phát triển chính thức ODA và vốn vay ưu đãi nhà tài trợ nước ngoài”, trong năm 2018 Bộ KHĐT đã phối hợp với Bộ NN&PTNT để điều chuyển và phân bổ vốn trung hạn về các địa phương. Do vậy các Ban quản lý dự án đặc biệt là Ban quản lý dự án cấp tỉnh cần lường trước những khó khăn và nhận thức rõ vai trò và tầm quan trọng của kế hoạch đầu tư công trung hạn.
Quy trình lập và phê duyệt kế hoạch trung hạn do Bộ Kế hoạch đầu tư tổng hợp trình Chính phủ trình Quốc hội phê duyệt nên mất rất nhiều thời gian. Do vậy, nếu không bám sát kế hoạch trung hạn, nắm rõ quy trình phân bổ kế hoạch vốn ngân sách các dự án dễ dàng rơi vào tình trạng thiếu kế hoạch vốn, không thể giải ngân.