Khủng bố xuất hiện từ rất sớm trong lịch sử. Một trong những ví dụ lâu đời nhất về kiểu khủng bố nhà nước (trấn áp hoặc truy bức dân thường) là vụ khủng bố năm 64 do bạo chúa La Mã Nero thực hiện nhằm vào các tín đồ Cơ Đốc giáo; năm 66-72 AD các nhóm kháng chiến người Do Thái được biết đến như Zealot giết binh sĩ La Mã và phá huỷ tài sản của đế chế La Mã, hay “vụ khủng bố do vua Pháp Charles IX ra lệnh nhằm vào các tín đồ đạo Tin lành trong đêm thánh Barthélémy nổi tiếng giết chết 3000 người trên đường phố Paris đêm ngày 23/8/1572” [12, 26]… Sự phát triển của khủng bố hiện đại bắt đầu trong cuộc Cách mạng Pháp (1793 - 1794). Trong thời gian này thuật ngữ “khủng bố” lần đầu tiên được đặt ra. Không giống như khủng bố ngày nay, trong giai đoạn này khủng bố là một công cụ quản trị được nhà nước cách mạng mới thành lập thực hiện. Nó được thiết kế để củng cố quyền lực của chính phủ mới trấn áp các phần tử phản cách mạng, phá hoại và tất cả những hành vi bất đồng chính kiến mà chế độ mới coi là kẻ thù của nhân dân. Như vậy “khủng bố trong bối cảnh ban đầu của nó cũng phải gắn liền với những lý tưởng
đạo đức và dân chủ” [48, 2]. Với các nhà lãnh đạo cách mạng lúc bấy giờ như Robespierre, đạo đức là công cụ cho chính phủ phổ biến hoà bình nhưng trong thời gian diễn ra cách mạng phải liên minh với khủng bố để cho dân chủ chiến thắng. Khủng bố trong giai đoạn này có nhiều điểm khác biệt so với khủng bố ngày nay mà nhân loại đang phải đối mặt nhưng vẫn có một số điểm tương đồng như: tính tổ chức, cố ý và có hệ thống của khủng bố. Bên cạnh đó, khủng bố trong giai đoạn này cũng có mục tiêu chính trị rõ ràng là tạo ra một xã hội mới tốt đẹp hơn (ít nhất là trong suy nghĩ của khủng bố) tại chỗ của một hệ thống chính trị tham nhũng và phi dân chủ.
Giai đoạn cuối thế kỷ XIX đầu thế kỷ XX: Sự tan rã của các đế chế lớn, các phong trào quần chúng tìm kiếm dân chủ và quyền lực chính trị phát triển mạnh mẽ. Khủng bố trong giai đoạn này vẫn giữ nguyên ý nghĩa cách mạng của nó, được sử
dụng như công cụ chống lại các chế độ chuyên chế độc tài biểu hiện thông qua các hành vi bạo lực như ám sát cá nhân mà đỉnh cao là vụ ám sát đại công tước Franz Ferdinanz năm 1914.
Đến những năm 30 của thế kỷ XX, ý nghĩa của khủng bố một lần nữa đã thay đổi. Khủng bố đã được sử dụng ít hơn để chỉ các phong trào cách mạng, bạo lực chống chính quyền và các nhà lãnh đạo của họ, thay vào đó khủng bố được sử dụng nhiều hơn để chỉ cách các nhà lãnh đạo quốc gia chuyên chế độc tài sử dụng đối với công dân của mình.
Sau chiến tranh thế giới thứ hai, khủng bố lấy lại ý nghĩa cách mạng của nó bằng các cuộc nổi dậy bạo lực chống chính quyền của các dân tộc bản địa chống thực dân ở châu Á, châu Phi và Trung Đông.
Trong những năm 1960 và 1970 của thế kỷ XX, khủng bố vẫn được sử dụng trong bối cảnh cách mạng, tuy nhiên nó đã được mở rộng bao gồm cả các dân tộc thuộc địa và các nhóm ly khai.
Đầu những năm 1980 “chủ nghĩa khủng bố được coi như là một phương tiện
gây mất ổn định của phương Tây, như một phần của âm mưu toàn cầu” [48, 9]. Hình thức khủng bố phổ biến trong giai đoạn này là hàng loạt các vụ đánh bom tự sát chủ yếu nhằm vào các mục tiêu ngoại giao và quân sự của Mỹ ở Trung Đông. Trong giai đoạn này nhiều nhà nghiên cứu đã chỉ ra mối đe doạ ngày càng tăng của chủ nghĩa khủng bố được tài trợ bởi nhà nước. Khủng bố được xem là có mối liên kết với một loại hình chiến tranh bí mật, theo đó các quốc gia yếu hơn có thể đối đầu với các nước lớn hơn, các đối thủ mạnh hơn mà không có nguy cơ bị trừng phạt.
Sau vụ khủng bố ngày 11/9/2001, khủng bố bước sang giai đoạn mới. Nhiều nhà nghiên cứu cho rằng vụ khủng bố ngày 11/9 đã mở ra một kỷ nguyên mới - kỷ nguyên của chủ nghĩa khủng bố quốc tế. Mục tiêu chính của khủng bố hiện nay là Mỹ, các nước đồng minh và hệ thống toàn cầu do Mỹ đứng đầu. Số vụ khủng bố sau ngày 11/9/2001 đến nay có giảm với những năm 80, đầu những năm 90 của thế kỷ XX, song quy mô và mức độ huỷ diệt của nó đã vượt xa các vụ khủng bố trước đây. Sau vụ khủng bố ngày 11/9, rất nhiều vụ khủng bố đẫm máu đã diễn ra như vụ
bắt cóc con tin tại Trường trung học Beslan (Liên bang Nga) năm 2004 làm hơn 300 người thiệt mạng trong đó phần lớn là trẻ em; vụ đánh bom tàu hoả tại Madrid (Tây Ban Nha) năm 2004 làm 191 người thiệt mạng và hàng nghìn người bị thương… Gần đây nhất là vụ khủng bố tại Afganistan làm 90 người chết, ngay sau khi vụ khủng bố diễn ra tổ chức khủng bố Al Qaeda đã tuyên bố nguyên nhân vụ khủng bố là nhằm trả thù cho Osama Bin Laden. Như vậy bước sang thế kỷ XXI, các tổ chức khủng bố đã có sự phát triển mạnh mẽ, được quốc tế hoá và có sự liên kết cao độ. Tội phạm khủng bố và các băng nhóm tội phạm có tổ chức đã có sự liên kết với nhau cùng với việc tận dụng những thành quả của khoa học công nghệ hiện đại chủ nghĩa khủng bố đã và sẽ là mối đe doạ nghiêm trọng cho hoà bình và an ninh quốc tế. Khủng bố ngày nay không chỉ là mối quan tâm riêng lẻ của từng quốc gia mà của toàn thể cộng đồng quốc tế. Trước sự phát triển và quốc tế hoá của các tổ chức khủng bố, đòi hỏi các quốc gia, cộng đồng quốc tế phải chung tay phối hợp chặt chẽ với nhau nhằm ngăn chặn, tiến tới loại trừ khủng bố khỏi đời sống nhân loại. Một kỷ nguyên mới của chống khủng bố đã mở ra: Kỷ nguyên mở rộng và đẩy mạnh hợp tác quốc tế về chống khủng bố.