Việc áp dụng ứng dụng quản lý hồ sơ công việc trong giải quyết công việc hàng ngày là một tiến bộ vượt trội trong CCHC thời gian qua, tuy nhiên hiện nay, chúng ta chưa khai thác tối đa ứng dụng sẵn có của phần mềm này, chỉ dừng lại ở chuyển văn bản qua lại giữa các cơ quan mà chưa khai thác quy trình xử lý văn bản, soạn thảo thảo, trình ký, từ khâu đầu vào đến đầu ra đều phải thực hiện trên máy.
Bộ phận tiếp nhận và hoàn trả kết quả của Trung tâm hành chính công được trang bị hiện đại, tuy nhiên bố trí chưa khoa học, môi trường còn tạo khoảng cách trong giao tiếp giữa khách hàng và cơ quan, doanh nghiệp với cán bộ. Thực tế cho thấy mặc dù quy trình thực hiện thủ tục hành chính đã được niêm yết đầy đủ, nhưng khách hàng và cơ quan, doanh nghiệp và thậm chí ngay cả cán bộ công chức vẫn khó có thể làm theo, dẫn đến tình trạng khách hàng và cơ quan, doanh nghiệp phải đi lại nhiều lần để bổ túc hồ sơ. Đó cũng là lý do khiến khách hàng và cơ quan, doanh nghiệp sẵn sàng chi tiền cho một cá nhân, tổ chức trung gian giúp họ làm thủ tục để khỏi mất thời gian, khỏi bị phiền hà.
Một số công chức, viên chức làm việc tại Bộ phận Tiếp nhận và Trả kết quả ở Trung tâm hành chính công trong quá trình giải quyết công việc còn có hành vi ứng xử công dân, tổ chức chưa thật hài lòng.
Vẫn còn một số ít cán bộ, công chức, viên chức còn hạn chế về khả năng sử dụng tin học; Thủ trưởng cơ quan, đơn vị quan tâm chưa đúng mức đến kỷ luật, kỷ cương hành chinh; khai thác chưa tốt công nghệ thông tin vào xử lý, giải quyết công việc.