Dựa trên đặc điểm gen mã hoá các loại độc tố
Hệ gen của vi sinh vật chứa toàn bộ thông tin cần thiết cho sự sống sót và sinh trưởng của chúng. Mỗi gen mã hoá cho một protein liên quan trực tiếp hoặc gián tiếp cho chu trình sống của chúng. Hiện nay cùng với sự phát triển vượt bậc của các phương pháp sinh học phân tử đặc biệt là phương pháp PCR thì việc xác định các gen mã hóa các loại độc tố gây bệnh của vi khuẩn cũng như chính loại vi khuẩn đó trở nên dễ dàng hơn. Như đã biết B. cereus gây ngộ độc thực phẩm với 2 thể bệnh điển hình là nôn và tiêu chảy. Thể bệnh tiêu chảy do các độc tố ruột gây ra đặc biệt là do 2 độc tố HBL và NHE. Việc phát hiện gen mã hoá cho 3 protein thành phần của phức hợp HBL cũng như NHE đã được thực hiện bằng PCR [20].
Dựa trên trình tự rARN
Chuỗi 16S rARN có tác dụng khi xác định các loại vi khuẩn chưa biết. Nhưng trong nhóm B. cereus, việc phân biệt B. cereus với các loài còn lại gặp rất
nhiều khó khăn vì trình tự 16S rARN của nhóm này có mức tương đồng rất cao (99%) trong các nghiên cứu thông qua việc lai ADN – ADN và phép phân tích trình tự các gen trên rARN. Trình tự 16S rARN của B. mycodes, B. thuringiensis
chỉ khác biệt với B. anthracis, B. cereus từ 0-9 nucleotit. Ngoài ra, Ash và Collins đã thông báo rằng trình tự 23S rARN của B. anthracis và các chủng B. cereus gây nôn là khá giống nhau [15]. Như vậy, các nghiên cứu đã cho thấy việc sử dụng trình tự 16S rARN không thích hợp để phân biệt B. cereus với các loài khác trong nhóm B. cereus [33].
Dựa trên gen gyrB
Yamamoto và Harayama đã gợi ý sử dụng gen gyrB thay thế cho 16S rARN làm một marker phân loại phân tử cho các loài vi khuẩn trong nhóm Bacillus cereus. Gen gyrB mã hóa tiểu phần protein B của ADN gyrase (topoisomerase type II), gen này điều khiển sự siêu xoắn của 2 sợi DNA. Gen này có vai trò quan trọng trong quá trình nhân bản của DNA. Do vậy, người ta đã tách dòng và giải trình tự gen gyrB có kích thước 1,2 Kb của 4 loài trong nhóm Bacillus cereus (B. cereus, B. antharcis, B. thuringiensis, B. mycoides).
Trên cơ sở đó, người ta đã thiết kế ra các cặp mồi dựa trên các đoạn đặc hiệu trong gen gyrB ở các loài trên và cặp mồi BC1 và BC2r đã được sử dụng để khuếch đại đoạn có kích thước 365bp của gen gyrB của B. cereus. Cặp mồi này có thể được sử dụng để nhận dạng B. cereus, nó mang tính đặc hiệu loài chứ không liên quan đến các nhân tố độc của chúng. Tuy nhiên đó cũng chưa phải là phương pháp hữu hiệu nhất để xác định nhanh, chính xác bởi nó chỉ có vai trò trong việc phân biệt B. cereus và các loài còn lại trong nhóm mà đặc biệt là B. thuringiensis [41].
Hiện nay, trên thế giới cũng như ở Việt Nam các nhà khoa học đã và đang sử dụng các kỹ thuật sinh học phân tử hiện đại để tìm ra phương pháp xác định
Bacillus cereus trong thực phẩm nhanh và chính xác.