Khi Quỹ phát triển đất muốn tiến hành thẩm định các dự án đề nghị ứng vốn thì phải căn cứ vào hệ thống định mức về vật tư và giá vật tư.
Tuy nhiên giá vật liệu trên thị trường thay đổi liên tục hàng tháng, thậm chí hàng tuần đều có sự biến động, nhưng hàng quý liên Sở Tài chính - Xây dựng mới ra thông báo đơn giá vật liệu thậm chí hai quý mới ra thông báo một lần. Điều này làm ảnh hưởng không nhỏ đến tiến độ thi công của các dự án do phải điều chỉnh dự toán, dự án, nghiệm thu... nhiều lần. Từ đó ảnh hưởng đến Quỹ phát triển đất khi tiến hành thẩm định các dự án đề nghị ứng vốn. Mọi thủ tục cũng phải dựa vào căn cứ các lần điều chỉnh giá mới ấn định được giá trị mỗi khoản ứng cụ thể:
Việc thu hồi vốn ứng theo quy định của Quỹ phát triển đất lại phụ thuộc nhiều về thời gian, tiến độ dự án. Trong đó yếu tố giá của mỗi dự án thường bị chênh lệch so với dự toán do việc quản lý giá chưa tốt.
Việc quản lý giá từ định mức, đơn giá nhân công và hao phí vật liệu còn bất cập. Cùng một công việc, tính chất thành phần công việc, nhân công giốngnhau nhưng ở mỗi nghành lại ra thông báo áp định mức khác nhau gây ra vấn đề chêch lệch khi thanh quyết toán dự án chậm dẫn đến kéo dài thời gian hoàn thành dự án, dự án chậm tiến độ sovới tiến độ đã đề ra trong Phương án hoàn trả vốn ứng của các đơn vị. Từ đó ảnh hưởng tới việc thu hồi vốn ứng theo quy định của Quỹ phát triển đất.