Thứ nhất, một số Chi cục thuế cấp huyện sử dụng các khoản chi thường
xuyên NSNN chưa chấp hành tốt các qui định của luật, chưa nâng cao ý thức quản lý sử dụng vốn tiết kiệm, có hiệu quả. Việc chấp hành cơ chế quản lý tài chính, quản lý chi tiêu thường xuyên NSNN không đúng quy định là nguyên nhân nảy sinh lãng phí ở một số khâu, một số khoản chi. Một số ít lãnh đạo, cán bộ công chức ở các Chi cục thuế, các phòng thuộc Văn phòng cục chưa nâng cao ý thức tiết kiệm trong chi tiêu ngân sách.
Thứ hai, chưa quy định rõ trách nhiệm đối với thủ trưởng các đơn vị trong
việc quản lý sử dụng ngân sách, chế tài khi vi phạm còn thiếu dẫn đến khi có vụ việc vi phạm về tài chính xảy ra thường khó quy trách nhiệm cá nhân. Tình trạng không ít lãnh đạo các Chi cục thuế vẫn còn tư tưởng vận dụng tuỳ tiện, thiếu trách nhiệm trong việc quản lý các khoản chi này. Mặt khác, do thiếu cơ chế ràng buộc trách nhiệm đối với cán bộ lãnh đạo cơ quan đơn vị dẫn đến tình trạng người thực hiện đúng và sử dụng có hiệu quả các khoản chi thường xuyên thì không được khen thưởng; người sử dụng tuỳ tiện kém hiệu quả thì không bị xử lý.
Thứ ba, tính chủ động của các đơn vị trong việc thực hiện cơ chế tự chủ
Một bộ phận không nhỏ cán bộ công chức trong các đơn vị chưa nhận thức đầy đủ nội dung, mục đích và yêu cầu về tự chủ tài chính, vẫn có tâm lý ỷ lại, trông chờ vào sự bao cấp của Nhà nước; e ngại động chạm đến những vấn đề phức tạp, liên quan đến nhiều cấp, nhiều lĩnh vực... Việc xây dựng quy chế chi tiêu nội bộ còn có nội dung mang tính hình thức do chưa đưa ra quy định cụ thể về nội dung, mức chi hoặc việc chi trả thu nhập vẫn mang tính bình quân, chưa có giải pháp về chi trả thu nhập theo mức độ hiệu quả để hấp dẫn, thu hút người có năng lực; thực sự còn thiếu các biện pháp quản lý, tiết kiệm chi, tăng thu.
Thứ tư, một số Chi cục thuế việc thực hiện các quy định về công khai,
việc triển khai thực hiện quy chế dân chủ, có lúc, có nơi còn mang tính hình thức làm hạn chế hiệu quả giám sát của cán bộ, công chức, đối với việc quản lý và sử dụng chi thường xuyên NSNN tại các đơn vị.
Thứ năm, khi thực hiện khoán biên chế và kinh phí quản lý hành chính, tại
một số chi cục thuế còn chưa nhận thức đúng tinh thần của Quyết định 192/2001/QĐ-TTg, chỉ coi đơn thuần là việc tăng thu nhập cho cán bộ, công chức mà chưa chú ý gắn với việc sắp xếp tổ chức bộ máy, cải tiến biện pháp quản lý, nâng cao hiệu quả công tác. Trong giai đoạn này do mới thực hiện nên về mặt cơ chế, chính sách liên quan đến việc giao khoán có điểm còn chưa đồng bộ, định mức giao dự toán khoán chi thường xuyên ngân sách cũng đơn thuần là dựa trên định mức phân bổ chung nhân với một hệ số điều chỉnh tăng thêm chưa có cơ sở khoa học.
Thứ sáu, Việc thực hiện quyền tự chủ, tự chịu trách nhiệm về thực hiện nhiệm vụ, tổ chức, bộ máy biên chế và tài chính đối với ngành Thuế theo Quyết định số 13/2016/QĐ-TTg ngày 15/3/2016 của Thủ tướng Chính phủ và thông tư số 76/2016/TT-BTC ngày 30/05/2016 về việc thực hiện cơ chế quản lý tài chính và biên chế đối với Tổng cục Thuế và Tổng cục Hải Quan.
- Vẫn còn một số cán bộ tư tưởng bám vào chi thường xuyên NSNN như khi thực hiện cơ chế cũ, chậm tư duy đổi mới trong một bộ phận lãnh đạo và cán bộ công chức.
- Các cơ chế chính sách thực hiện chưa đồng bộ, hệ thống định mức kinh tế kỹ thuật làm căn cứ pháp lý cho việc thực hiện tự chủ đã lạc hậu nhưng chậm được sửa đổi, các quy định về tiền lương chưa phù hợp, điều này đã làm hạn chế nhiều mức độ tự chủ của đơn vị.
Thứ bảy, năng lực và trình độ của đội ngũ cán bộ làm công tác kế toán,
kinh nghiệm, việc nghiên cứu và tự nghiên cứu tài liệu phục vụ công tác chuyên môn còn yếu, còn mang nặng tư duy làm việc kiểu cũ, chưa bắt kịp với yêu cầu nhiệm vụ trong cơ chế đổi mới.
Thứ tám, hệ thống trang thiết bị thông tin phục vụ cho công việc đã được
quan tâm đầu tư, nối mạng toàn hệ thống. Tuy nhiên do một số yếu tố khách quan về hạ tầng viễn thông cũng như hạn chế của các chương trình úng dụng ảnh hưởng ít nhiều đến việc úng dụng tin học trong công tác kiểm soát chi thường xuyên NSNN tại Cục thuế tỉnh Thái Bình.
Thứ chín, Cơ chế phối hợp công tác của các cơ quan, đơn vị liên quan đến
công tác kiểm soát chi thường xuyên NSNN còn hạn chế, chưa phân định rõ trách nhiệm đối với các cơ quan, đơn vị, dẫn đến tình trạng trách nhiệm chung chung.