a. Chính sách quy định về thuế
Chính sách quản lý thuế hiện hành vẫn còn bất cập gây khó khăn, lúng túng trong quá trình thực hiện, ảnh hưởng đến hiệu quả công tác quản lý thuế. Theo luật quản lý thuế, đã sử dụng kết hợp đan xen nhiều nguyên tắc nhưng chủ yếu theo nguyên tắc trình tự thời gian, trong khi đó bộ máy quản lý thuế được thiết kế theo mô hình chức năng. Điều này sẽ dẫn đến những điểm chưa thực sự tương thích giữa luật quản lý thuế với thực tiễn vận hành của bộ máy quản lý thuế theo mô hình “một cửa”. Bởi thực tế cho thấy, việc tổ chức bộ máy ngành thuế theo chức năng dẫn đến bất kỳ bộ phận nào cũng có thể yêu cầu doanh nghiệp trực tiếp làm việc, giải trình khi doanh nghiệp thực hiện nghĩa vụ thuế của mình. Song khi cần hướng dẫn để được giải quyết các nghiệp vụ cụ thể phát sinh, doanh nghiệp không biết liên hệ đến bộ phận nào và thuộc thẩm quyền trách nhiệm của
ai. Vì vậy, doanh nghiệp gặp những khó khăn nhất định trong quá trình thực thi pháp luật thuế theo luật, Chẳng hạn, việc lập và nộp hồ sơ khai thuế, các bộ phận có liên quan đều có chức năng kiểm tra hồ sơ khai thuế của doanh nghiệp. Cụ thể, hồ sơ khai thuế của doanh nghiệp được thực hiện kiểm tra từ bộ phận một cửa; sau đó chuyển cho bộ phận kê khai và kế toán thuế; sau đó lại tiếp tục chuyển đến các bộ phận khác có liên quan như bộ phận kiểm tra, thanh tra, ấn chỉ…mỗi bộ phận đều có quyền yêu cầu doanh nghiệp giải trình, vì vậy một doanh nghiệp trong một kỳ kê khai có thể nhận được 4-5 thông báo giải trình của cơ quan thuế nhưng không biết liên hệ đến những bộ phận nào để giải quyết. Hoặc về công tác thu nộp thuế, phòng kiểm tra thuế có chức năng thực hiện kế hoạch thu thuế được giao, vì vậy có trách nhiệm đôn đốc thu thuế. Tuy nhiên, Luât quản lý thuế và các văn bản hướng dẫn thi hành không quy định rõ Phòng kiểm tra thực hiện đôn đốc thu từ ngày nào đến ngày nào, Phòng thu nợ và cưỡng chế thuế thực hiện từ khâu nào v.v…
Luật Quản lý thuế đã được quy định trách nhiệm việc cung cấp các thông tin, tài liệu của các bên có liên quan cho cơ quan thuế và ngược lại.Tuy nhiên, chỉ cung cấp khi cơ quan thuế có yêu cầu, vì vậy có rất nhiều thông tin và yêu cầu cung cấp thông tin. Chẳng hạn, thông tin về tài khoản ngân hàng của doanh nghiệp, thường các doanh nghiệp mở rất nhiều tài khoản ở các ngân hàng thuộc các địa phương khác nhau nhưng cơ quan thế không biết doanh nghiệp mở tài khoản ở ngân hàng nào để yêu cầu cung cấp. Bên cạnh đó chế độ quy định về thanh toán tiền quan NH chưa được cụ thể và chặt chẽ, do vậy sẽ khó khăn cho cơ quan thế khi thực hiện thu nộp thuế qua tài khoản vì tài khoản không còn số dư tiền gửi.
Ngoài ra, các chính sách thuế thường xuyên sửa đổi, bổ sung nhiều nên gây khó khăn cho công tác quản lý thu thuế.
b. Sự phối hợp của các đơn vị có liên quan
Trách nhiệm của các cơ quan và tổ chức, cá nhân với việc quản lý thu thuế đối với các doanh nghiệp ngoài quốc doanh chưa được qui định đầy đủ, rõ ràng trong các văn bản pháp luật hóa sẽ dẫn đến tình hình là các tổ chức, cá nhân này không thực hiện việc cung cấp thông tin và phối hợp chặt chẽ với cơ quan thuế trong điều tra xác định mức thuế, thực hiện cưỡng chế về thuế... Hiện nay, công tác phối hợp chưa thực sự hiệu quả, công tác trả lời kết quả xác minh đối chiếu
còn chậm, thậm chí có đơn vị trong ngành thuế Chi cục đã gửi phiếu xác minh lần 1, lần 2 nhưng vẫn không trả lời. Một số ngành chưa phối hợp xử lý kiên quyết các doanh nghiệp. Từ năm 2014 đến nay Chi cục đã thực hiện chuyển cơ quan công an huyện 06 hồ sơ của 06 doanh nghiệp để điều tra nhưng tính đến nay mới có 01 hồ sơ có kết quả điều tra.
c. Điều kiện kinh tế trong và ngoài nước
Trong ba năm vừa qua, do chịu ảnh hưởng của cuộc khủng hoảng kinh tế nên nhiều doanh nghiệp làm ăn thua lỗ dẫn đến tình trạng giải thể, phá sản, bỏ kinh doanh. Tình hình kinh tế trong và ngoài nước có nhiều diễn biến phức tạp, thị trường trong nước và thế giới không ổn định, tín dụng ngân hàng bị thắt chặt dẫn đến tình hình thu ngân sách những năm gần đây chưa đạt kết quả cao. Tuy nhiên, vẫn còn nhiều doanh nghiệp hoạt động có lãi, có khả năng nộp ngân sách nhà nước nhưng vẫn cố tình không chấp hành nghĩa vụ nộp thuế gây thất thu thuế cho NSNN.
d. Trình độ và ý thức chấp hành nghĩa vụ thuế của doanh nghiệp
Sự hiểu biết chính sách thuế và tinh thần tự giác của một số DN NQD với nghĩa vụ thuế còn thấp.
Thất thu ngân sách tại chi cục thuế Huyện Đông Anh còn diễn ra dưới nhiều hình thức như: gian lận thuế, hoạch toán kế toán không đúng nhằm làm giảm số thuế phải nộp vào NSNN, tình trạng mua bán hóa đơn bất hợp pháp vẫn còn diễn ra. Nguyên nhân một phần do đối tượng nộp thuế hiểu biết về pháp luật thuế còn hạn chế, nhiều trường hợp cố tình vi phạm. Việc tự tính, tự khai, tự nộp của các doanh nghiệp chưa tự giác cao. Tình trạng khai sai, khai thiếu số thuế phải nộp như: có doanh thu nhưng không có thuế, số thuế âm liên tục kéo dài.
Theo luật thuế TNDN quy định, doanh nghiệp nào làm ăn có lời thì phải nộp thuế TNDN. Những người làm ăn gian dối, tìm mọi cách hạch toán khống, tăng chi phí để báo cáo quyết toán không có lời, không phải nộp thuế TNDN. Thu nhập chịu thuế càng lớn thì số thuế TNDN phải nộp càng nhiều. Do đó kẻ trốn thuế tìm mọi cách làm cho thu nhập chịu thuế (TNCT) nhỏ đi, bằng cách tăng chi phí lên, thông qua thủ đoạn lập các hợp đồng mua hàng khống, kê khống giá trị hàng hóa lên, kê khống số lượng lao động và tiền lương, đưa các chi phí khấu hao của các tài sản sử dụng cá nhân vào chi phí kinh doanh, thực hiện các hợp động vay vốn vòng vo nhằm làm tăng chi phí tài chính…để làm cho chi phí đầu
vào thật lớn; làm cho thu nhập chịu thuế không còn. Đây là các hành vi thể hiện tinh thần tự giác, đạo đức kinh doanh thấp của các đối tượng nộp thuế.
Đặc điểm doanh nghiệp NQD do cấp chi cục quản lý hầu hết đều có quy mô nhỏ và siêu nhỏ, quản lý hoạt động SXKD theo kiểu gia đình, hộ tư nhân; phần lớn giám đốc doanh nghiệp đều không am hiểu nhiều về chính sách pháp luật thuế, chế độ kế toán thống kê vì vậy rất nhiều DN thì toàn bộ công tác hạch tóan sổ sách kế toán, kê khai thuế đều giao khoán cho một người làm trên cơ sở hóa đơn chứng từ do giám đốc doanh nghiệp cung cấp để người làm kế toán tiến hành thủ tục kê khai thuế và ghi chép dẫn đến việc kế tóan thường phải ghi chép sổ sách kế tóan, kê khai thuế mang tính chất đối phó mà không phản ánh được một cách chính xác toàn bộ quá trình hoạt động sản xuất kinh doanh của doanh nghiệp dẫn đến báo cáo tài chính, quyết toán thuế do DN lập thường không có độ tin cậy và chính xác làm ảnh hưởng đến kết quả phân tích đánh giá rủi ro.
Nhiều giám đốc doanh nghiệp không ý thức được trách nhiệm nghĩa vụ của mình trong thực hiện kê khai nộp thuế theo quy định của pháp luật nên thường áp đặt ý chí về định lượng khoản thuế phải nộp cho người làm công tác kê tóan phải kê khai thực hiện hoặc tìm mọi cách lách luật để trốn thuế dây dưa nộp thuế để nợ đọng thuế kéo dài.
Một số DN kinh doanh với vốn đăng ký ảo; hoạt động KD không đúng với ngành nghề kinh doanh chính đã đăng ký với cơ quan cấp phép KD; đăng ký KD với mục đích khác ; thường xuyên thay đổi địa chỉ kinh doanh nhưng không gửi thông tin đến cơ quan thuế làm ảnh hưởng đến công tác quản lý thuế; kê khai thuế xong bỏ trốn khỏi địa chỉ kinh doanh kèm theo số tiền thuế nợ và hóa đơn.
Thói quen mua hàng nhưng không yêu cầu người bán xuất hóa đơn, việc thanh tóan chủ yếu bằng tiền mặt của người tiêu dùng Việt Nam cũng là nguyên nhân dẫn đến tình trạng thất thu thuế phổ biến, nhiều DN còn trì hoãn việc giao hóa đơn cho khách hàng với lý do là chưa thanh tóan tiền thì chưa xuất hóa đơn đẫn đến cả bên mua lẫn bên bán đều vi phạm về kê khai thuế.
Tình trạng đao giá của một số DN có nhập khẩu hàng hóa cũng là nguyên nhân dẫn đến tình trạng DN thương mại bán hàng ghi hóa đơn thấp hơn giá bán thực tế.