Bên cạnh những kết quả đạt được, QLNN đối với các DNFDI trên địa bàn tỉnh Thừa Thiên Huế trong những năm qua đã bộc lộ những hạn chế và khó khăn. Qua các năm, DNFDI tuy có tăng nhưng vẫn còn thấp so với tiềm năng của tỉnh Thừa Thiên Huế, bởi lẽ:
Thứ nhất, về công tác xây dựng chiến lược và quy hoạch, mặc dù đã có quy
hoạch tổng thể về phát triển KT-XH, nhưng vẫn chưa đủ thông tin chi tiết về các dự án đầu tư để cung cấp cho nhà đầu tư nước ngoài. Chất lượng quy hoạch chưa cao, chưa có những căn cứ xác thực, thuyết phục dẫn đến nguy cơ dễ lạc hậu, phải thường xuyên thay đổi, như vậy khó có thể tạo định hướng ổn định đáng tin cậy cho các nhà đầu tư.
Thứ hai, hạ tầng cơ sở thiếu đồng bộ và chưa đáp ứng trong công tác kêu gọi
đầu tư và nhu cầu phát triển của các dự án đầu tư. Điển hình là các dự án: Cảng hàng không quốc tế, cảng nước sâu, hệ thống đường ven biển và đầm phá kết nối với trung tâm thành phố Huế và các trung tâm lớn khác của Việt Nam.
Thứ ba, công tác giám sát tình hình hoạt động của các DNFDI tại tỉnh Thừa
Thiên Huế chưa được quan tâm đúng mức; các quy định về thanh tra kiểm tra sau khi cấp giấy chứng nhận đầu tư còn thiếu, chưa đồng bộ, chưa hiệu quả.
Thứ tư, nguồn nhân lực tỉnh Thừa Thiên Huế tuy được đánh giá cao trong
khu vực miền Trung tuy nhiên đội ngũ công nhân lành nghề còn hạn chế và thiếu tác phong công nghiệp; các bộ quản lý, kỹ thuật có chuyên môn nghiệp vụ tốt nhưng chưa đủ vốn ngoại ngữ thông dụng (tiếng Anh) để đáp ứng đủ nhu cầu tuyển
dụng. Riêng số người biết tiếng Nhật, Hàn Quốc đang là hàng "hiếm", trong khi các dự án đầu tư vào quốc gia này đang có dấu hiệu "đổ bộ" vào Việt Nam.
Thứ năm, mô hình QLNN đối với các DNFDI trên địa bàn tỉnh Thừa Thiên
Huế vừa thiếu cơ chế trao đổi thông tin, thiếu cơ chế kiểm soát và hỗ trợ lẫn nhau. Việc thi hành chính sách và pháp luật đối với DNFDI tại Thừa Thiên Huế còn chậm trễ, thiếu tính thống nhất, đôi khi không rõ ràng. Đặc biệt, bộ máy hành chính còn cồng kềnh, chức năng chồng chéo, thủ tục đầu tư phức tạp, dây dưa, đùn đẩy đã dẫn đến bỏ mất cơ hội của các nhà đầu tư nước ngoài.