Công tác giám sát tình hình hoạt động của các DNFDI tại tỉnh Thừa Thiên Huế chưa được quan tâm đúng mức mà chỉ mới tập trung tới việc cấp phép, chưa chú ý khâu quản lý sau cấp phép.
Về công tác quản lý hoạt động xây dựng cơ bản và thanh quyết toán công trình đối với DNFDI tại tỉnh Thừa Thiên Huế do Sở Xây dựng là cơ quan chủ trì quản lý các thủ tục liên quan đến xây dựng cơ bản như thẩm định, thiết kế kỹ thuật công trình về: quy hoạch tổng thể, mật độ xây dựng, chất lượng công trình, phòng chống cháy nổ, vệ sinh môi trường và quy chuẩn xây dựng áp dụng. Tuy nhiên, có thể nói, công tác này chưa chặt chẽ, thiếu sự kiểm tra thường xuyên của các cơ quan chức năng, vẫn còn tình trạng để mặc cho bên nước ngoài tổ chức thực hiện, nên nhiều công trình làm không đúng thủ tục thẩm định thiết kế, phá vỡ cảnh quan môi trường của thành phố. Đây là những yếu kém và thiếu đồng bộ về cơ sở pháp lý trong phê duyệt thiết kế. Công tác thanh quyết toán công trình, xác nhận vốn đầu tư thực hiện của các DNFDI chưa được thực hiện nghiêm túc. Phần lớn các dự án sau khi kết thúc xây dựng cơ bản không làm báo cáo hoặc làm để đối phó. Cơ quan quản lý nhà nước còn buông lỏng hoặc coi nhẹ, các văn bản hướng dẫn quyết toán chậm được ban hành không đánh giá được tầm quan trọng của công tác này.
Công tác quản lý hoạt động SXKD của các DNFDI được thực hiện chủ yếu thông qua nắm bắt các thông tin từ các báo cáo kết quả hàng năm của doanh nghiệp gửi lên và từ những nguồn thông tin đại chúng, nên những thông tin thu được thường chậm, không kịp thời, có tình trạng doanh nghiệp rơi vào “lỗ giả lãi thật” đã ảnh hưởng đến việc thu thuế của tỉnh. Đội ngũ cán bộ QLNN trong lĩnh vực này còn mỏng nên khó có thể theo dõi, quản lý liên tục, thường xuyên.
Trong các DNFDI, về thực hiện chế độ tiền lương, tiền thưởng, bảo vệ lợi ích của người lao động chưa được quan tâm; quan hệ chủ - thợ rất rõ nét; giới chủ luôn hướng đến tối đa hóa lợi nhuận, dẫn đến ở không ít doanh nghiệp, quyền và lợi ích hợp pháp của người lao động bị vi phạm như tiền công, tiền lương chưa thỏa
đáng, thời gian cũng như cường độ lao động căng thẳng.