Huyện có 22 xã, 01 thị trấn; trong đó 10 xã, 31 thôn bản biên giới tiếp giáp với 2 huyện Hà Khẩu, Kim Bình, châu tự trị dân tộc Cáp Nê, Di Hồng Hà, tỉnh Vân Nam,
Trung Quốc, có 02 cửa khẩu phụ, 04 tuyến đƣờng bộ quan trọng (quốc lộ 4D, tỉnh lộ 156, 158, 155) phục vụ sản xuất, khai thác công nghiệp nối liền các huyện trong tỉnh chạy qua, đƣờng liên xã, liên thôn cơ bản đƣợc hình thành thuận lợi cho việc phát triển kinh tế, xã hội, quốc phòng-an ninh.
Ngày 29/12/2006 HDND huyện Bát Xát thông qua Nghị quyết số 12/2006/NQ-HĐND về kết quả phân loại các đơn vị hành chính:
Các xã loại 1 (10 xã): Quang Kim, Bản Qua, Bản Vƣợc, Cốc Mỳ, Trịnh Tƣờng, Nậm Chạc, A Mú Sung, A Lù, Ngải Thầu, Y Tý.
Các xã loại 2 (13 xã, thị trấn): Thị trấn Bát Xát, Cốc San, Phìn Ngan, Mƣờng Vi, Pa Cheo, Nậm Pung, Sàng Ma Sáo, Dền Thàng, Dền Sáng, Toòng Sành, Bản Xèo, Mƣờng Hum, Trung Lèng Hồ.
Ngoài việc phát triển kinh tế dựa trên thế mạnh của hai tiểu vùng địa lý kinh tế xã hội, từ năm 2010 huyện Bát Xát đã triển khai xây dựng và phê duyệt Đề án phát triển du lịch của huyện nhằm khai thác tiềm năng thế mạnh, thúc đẩy chuyển dịch cơ cấu kinh tế của huyện.
Ngày 21/02/2011, UBND tỉnh Lào Cai đã có quyết định công nhận 06 điểm du lịch cộng đồng trên địa bàn huyện: (1) Điểm du lịch Lũng Pô - Nơi sông hồng chảy vào đất việt gắn với bản sắc văn hóa dân tộc H mông tại thôn Lũng Pô II; (2) Điểm du lịch công đồng thôn Lao Chải gắn với văn hóa của ngƣời hà nhì đen; (3) Điểm du lịch Cầu thiên sinh; Ngoài ra nhắc đến Y tý là nhắc đến sƣơng mờ che lƣng chừng núi và khí hậu mát mẻ và cánh đồng ruộng bậc thang tuyệt đẹp, là điểm đến say đắm lòng ngƣời., Dự án rau sạch trồng ở Sân bay. (4) Điểm cụm thôn Trung tâm xã Dền Sáng gắn với văn hóa ngƣời Dao đỏ; (5) Điểm du lịch Chợ Mƣờng Hum gắn với văn hóa chợ vùng cao; (6) Điểm du lịch Trung tâm xã Bản Xèo gắn với văn hóa dân tộc Giáy.
Đã đƣa vào thử nghiệm khai thác 04 tuyến du lịch: (1) Tuyến Sa pa - Bản Xèo - Mƣờng Hum - Sàng Ma Sáo - Dền Sáng - Y Tý - A Mú Sung- Lào Cai và ngƣợc lại; (2) Tuyến Lào Cai - Bát Xát - Mƣờng Vi - Bản Xèo - Mƣờng Hum - Bản Khoang - Tả giàng phìng - sa pa và ngƣợc lại; (3) Tuyến Sa pa - Bản Xèo - Mƣờng hum - y tý - a lù - A Mú Sung - Trịnh tƣờng - Lào Cai và ngƣợc lại; (4) Tuyến Sa pa - bản xèo - Mƣờng hum - khu chu phìn - phong thổ - lai châu và ngƣợc lại.