Một là, nội dung chính sách thay đổi nhiều, đối tượng được mở rộng, mức trợ cấp tăng lên nhưng nhiều văn bản của trung ương chưa quy định rõ nên địa phương còn lúng túng.
Hai là, tiến độ thực hiện chính sách đối với NKT của các sở, ngành, địa phương còn chậm.
Ba là, điều kiện và cơ sở vật chất để thực hiện chính sách còn hạn chế, chưa đảm bảo trợ giúp tốt cho người khuyết tật.
Hiện nay chưa có cơ sở sản xuất lồng ghép hoặc dành riêng cho người khuyết tật, ít có nhà tài trợ, doanh nghiệp, công ty nhận đỡ đầu, nhận người vào làm việc, nguồn sinh sống của người khuyết tật chủ yếu phụ thuộc vào người thân trong gia đình và họ tộc. Đa số các công trình có kết cấu hạ tầng giao thông chưa đảm bảo quy chuẩn, tiêu chuẩn kỹ thuật về kết cấu hạ tầng giao thông để người khuyết tật tiếp cận sử dụng, các phương tiện vận tải hành khách công cộng chưa đáp ứng các quy chuẩn về giao thông tiếp cận. Do đó, tỷ lệ người khuyết tật tham gia giao thông bằng các phương tiện giao thông công cộng rất thấp.
Sự quan tâm của một số địa phương trong việc chăm sóc sức khỏe cho người khuyết tật chưa cao; Các trường không có điều kiện tổ chức cho học sinh khuyết tật trong việc sinh hoạt như: ăn, ở, phương tiện đi lại; học sinh gặp nhiều khó khăn khi đến lớp;
Cơ sở vật chất phục vụ giáo dục hòa nhập: Hầu hết các nhà trường chưa được đầu tư về cơ sở vật chất, trang thiết bị dành riêng cho học sinh khuyết tật, chưa có không gian tiếp cận và phòng hỗ trợ giáo dục hướng nghiệp cho học sinh khuyết tật. Nhìn chung thực hiện giáo dục hòa nhập NKT tại địa phương còn nhiều khó khăn về cơ sở vật chất, trang thiết bị đồ dùng dạy học hỗ trợ giáo dục hướng nghiệp cho NKT đã ảnh hưởng đến việc giáo dục cho NKT.
Bốn là, chế độ báo cáo, hệ thống thông tin liên quan về người khuyết tật chưa được các Sở, ban ngành, hội đoàn thể cập nhật chính xác và báo cáo kịp thời.
Năm là, kiểm tra, giám sát, đánh giá hoạt động hỗ trợ NKT từ cấp tỉnh đến cơ sở chưa thường xuyên.