Bệnh viện Giao thông vận tải Huế là một Bệnh viện đa khoa công lập, nên có đầy đủ các chức năng, nhiệm vụ như các Bệnh viện đa khoa khác mà Bộ Y Tế đã quy định.
- Cấp cứu- khám bệnh- chữa bệnh
+ Tiếp nhận tất cả các trường hợp người bệnh từ ngoài vào hoặc từ các Bệnh viện khác chuyển đến để cấp cứu, khám chữa bệnh ngoại trú và nội trú.
+ Tổ chức khám và chứng nhận sức khỏe theo quy định của Nhà nước. + Chuyển người bệnh lên tuyến trên khi bệnh viện không đủ khả năng giải quyết.
- Phục hồi chức năng - vật lý trị liệu
+ Tổ chức phục hồi chức năng cho những người mắc bệnh mãn tính, bệnh nghề nghiệp, người sức khỏe yếu sau khi điều trị cấp tính và những người có nhu cầu phục hồi chức năng khác.
- Đào tạo cán bộ y tế
+ Bệnh viện là cơ sở thực hành để đào tạo cán bộ y tế ở bậc trung học cho câc trường đào tạo về Trung cấp Y tế trong Tỉnh.
+ Phối hợp, tổ chức đào tạo lại cho cán bộ, nhân viên trong bệnh viện để nâng cao trình độ chuyên môn nhiệm vụ
- Nghiên cứu khoa học về y học
+ Tổ chức nghiên cứu, hợp tác nghiên cứu các đề tài y học cấp Bộ, cấp cơ sở, nghiên cứu triển khai dịch tễ học cộng đồng trong công tác chăm sóc sức khỏe ban đầu. nghiên cứu ứng dụng kỹ thuật tiên tiến từ các tuyến trên, các Bệnh viện chuyên khoa đầu ngành để phát triển kỹ thuật của Bệnh viện.
- Phòng bệnh, y tế dự phòng
+ Thực hiện chức năng của Chi nhánh trung tâm bảo vệ sức khỏe lao động và môi trường Giao thông vận tải khu vực trên các lĩnh vực: quản lý,
xây dựng mạng lưới y tế cơ sở, kiểm định môi trường lao động, vệ sinh phòng bệnh, phòng dịch, tổ chức khám sức khỏe, thực hiện các chương trình y tế cho các đơn vị thuộc ngành giao thông vận tải khu vực Quảng Trị, Thừa Thiên Huế và các tổ chức khác khi có yêu cầu.
- Chỉ đạo tuyến
Lập kế hoạch và chỉ đạo các đơn vị y tế cơ sở khu vực Quảng Trị, Thừa Thiên Huế thực hiện chương trình y tế và kế hoạch chăm sóc sức khỏe ban đầu cho cán bộ, công chức, viên chức, người lao động ngành Giao thông vận tải và các tổ chức khác khi có yêu cầu.
- Hợp tác quốc tế
Hợp tác với các tổ chức, cá nhân ở ngoài nước theo đúng quy định của Nhà nước để Bệnh viện không ngừng phát triển.
- Quản lý kinh tế về y tế
+ Thực hiện việc quản lý, sử dụng hợp lý, có hiệu quả ngân sách Nhà nước cấp, tài sản được giao và các nguồn kinh phí khác theo quy định của Pháp luật.
+ Thực hiện nghiêm chỉnh các quy định của Nhà nước về thu, chi tài chính, từng bước thực hiện hạch toán chi phí khám chữa bệnh theo hướng tự chủ bảo đảm một phần và toàn bộ kinh phí thường xuyên theo lộ trình của Chính phủ và các quy định khác của Pháp luật.
+ Tạo thêm nguồn kinh phí để nâng cấp Bệnh viện từ các nguồn xã hội hóa y tế và các nguồn dịch vụ y tế khác theo quy định của Pháp luật.[14]