Hiệu quả sử dụng các khoản chi ở Bệnh viện được thể hiện trên số kinh phí mà Bệnh viện tiết kiệm được sau khi hoàn thành các nhiệm vụ được giao,
thực hiện nghĩa vụ với Nhà nước và nộp các khoản phải nộp khác theo quy định. Nguồn kinh phí mà Bệnh viện tiết kiệm được sẽ là căn cứ để Bệnh viện trả thu nhập tăng thêm cho cán bộ viên chức trong bệnh viện và trích lập các quỹ để phục vụ cho hoạt động của Bệnh viện. Quản lý các khoản chi nhằm đảo bảo chi thường xuyên tiết kiệm, hiệu quả là một trong những mục tiêu quan trọng của cơ chế tự chủ tài chính tại Bệnh viện.
Để nâng cao hơn nữa trong việc quản lý hiệu quả các khoản chi, bệnh viện cần phải thực hiện tốt những nội dung sau:
+ Trước hết đó là công tác lập dự toán, quyết toán hàng năm của đơn vị phải được chấp hành tốt. Các khoản chi phải được phê duyệt. Quá trình thực hiện chi phải được giám sát chặt chẽ, tuân thủ theo đúng nguyên tắc, đúng mục đich và phải tuân theo các khoản, mục chi của Mục lục ngân sách Nhà nước.
+ Đảm bảo chi cho con người hợp lý, tiết kiệm tối đa trong các khoản chi về hành chính. Ưu tiên cao cho nhóm chi về nghiệp vụ chuyên môn và chi mua sắm, sửa chữa vì đây là các yếu tố ảnh hưởng trực tiếp đến chất lượng khám chữa bệnh. Quản lý chặt chẽ các khoản tiền thưởng, chi thưởng đúng người, đúng mục đích, đúng việc trên cơ sở áp dụng các chế độ của Nhà nước và các quy định của Bệnh viện. Quản lý tốt công tác hội thảo, hội nghị, hạn chế những cuộc họp không cần thiết, hạn chế số lượng và thành viên tham gia để tránh lãng phí cho Bệnh viện.
+ Rà soát hoàn thiện quy chế chi tiêu nội bộ của Bệnh viện. Khi xây dựng quy chế chi tiêu nội bộ phải có tầm nhìn xa, bao quát trọn vẹn các nguồn thu và các nội dung chi, xây dựng các định mức chi hợp lý, phù hợp với hoàn cảnh hiện tại của Bệnh viện, không xa rời thực tế. Ngoài định mức thu chi, quy chế chi tiêu nội bộ cần xây dựng định mức khoán chi quản lý hành chính,
định mức tiêu hao vật tư của các loại trang thiết bị hiện có trong Bệnh viện, khi đó mới tránh được tình trạng sử dụng lãng phí vật tư tiêu hao dẫn tới không quản lý được. Khi xây dựng quy chế chi tiêu nội bộ cần xây dựng càng chi tiết, cụ thể, bao quát được toàn bộ các khoản chi tiêu thì quá trình quản lý chi tiêu càng dễ dàng, thuận lợi, góp phần đảm bảo tiết kiệm chi cho đơn vị đạt hiệu quả cao.
+ Thường xuyên vận động, tuyên truyền cán bộ, viên chức trong bệnh viện triệt để thực hiện thực hành tiết kiệm, chống lãng phí theo đúng chủ trương của Đảng và Nhà nước, góp phần tiết kiệm chi cho đơn vị.
+ Càn có biện pháp và quan điểm nhất quán trong công tác tuyển dụng, bồi dưỡng, đào tạo và sử dụng cán bộ. Kiên quyết không bố trí, sử dụng cán bộ trái ngành, trái nghề đào tạo, trình độ không tương thích với yêu cầu công việc được giao (Ví dụ như học y sỹ không được thực hiện chăm sóc bệnh nhân như điều dưỡng, phải có chứng chỉ chuyển đổi), dẫn đến lãng phí nguồn lực tài chính, nguồn lực con người, không phát huy được vai trò, năng lực trình độ và tâm huyết cán bộ, gây mất công bằng trong phân phối.