Trong những năm tới giai đoạn 2016-2020, để Bệnh viện có thể tồn tại, phát triển ổn định theo xu thế mới đó là thực hiện cơ chế tự chủ tài chính theo Nghị định 85/2013/NĐ-CP bằng cách cắt giảm một phần hoặc hoàn toàn Ngân sách Nhà nước, tăng giá viện phí, đưa các chi phí phụ cấp đặc thù, chi phí tiền lương vào giá dịch vụ kỹ thuật, đòi hỏi Bệnh viện phải xây dựng cho mình một mục tiêu và định hướng phát triển riêng nhằm thu hút nhiều bệnh nhân đến khám chữa bệnh.
Mục tiêu chung nhất đưa ra đó là tập trung cao độ để nâng cao chất lượng khám chữa bệnh, phát triển các dịch vụ y tế có chất lượng cao, ứng dụng các kỹ thuật mới, chú trọng phát triển các chuyên khoa mũi nhọn của Bệnh viện đó là Phục hồi chức năng- Vật lý trị liệu, Ngoại khoa bằng cách trang bị thêm các máy móc hiện đại, đáp ứng nhu cầu ngày càng tăng và đa dạng của cán bộ ngành Giao thông vận tải cũng như của nhân dân trên địa bàn về công tác bảo vệ, chăm sóc sức khỏe, phấn đấu đưa Bệnh viện đạt chuẩn Bệnh viện hạng II với quy mô giường bệnh lớn hơn, nâng cao khả năng đáp ứng nhu cầu khám chữa bệnh của người dân.
Để làm được điều này, trước hết, mỗi cán bộ nhân viên trong Bệnh viện phải nâng cao y đức của người làm công tác y tế, làm theo quy tắc ứng xử 4 xin-4 luôn mà Bộ Giao thông vận tải quy định ("4 xin" gồm xin chào, xin cảm ơn, xin lỗi, xin phép và "4 luôn" là luôn mỉm cười, luôn nhẹ nhàng, luôn thấu hiểu, luôn giúp đỡ), không ngừng nâng cao trình độ chuyên môn nghiệp vụ.
Để có thể thực hiện được tốt việc chuyển đổi từ thực hiện cơ chế tự chủ tài chính theo Nghị định 43/2006/NĐ-CP sang thực hiện cơ chế tự chủ tài chính theo Nghị định 85/2012/NĐ-CP, Bệnh viện cần xây dựng những mục tiêu cụ thể.
- Đa dạng hóa các lọai hình cung ứng dịch vụ trong công tác khám chữa bệnh và phục vụ người bệnh, không ngừng nâng cao chất lượng dịch vụ, đem lại sự hài lòng cho người bệnh.
- Xây dựng lại quy chế chi tiêu nội bộ phù hợp với Nghị định 85/2012/NĐ- CP khi cơ cấu giá dịch vụ kỹ thuật đã đưa các chi phí đặc thù và lương vào giá nhằm nâng cao đời sống cán bộ nhân viên.
- Nâng cấp cơ sở hạ tầng, trang thiết bị kỹ thuật chuyên dụng, bổ sung thêm giường bệnh và phòng khám để đáp ứng được nhu cầu ngày càng cao của bệnh nhân.
- Từng bước sắp xếp, tuyển dụng, đào tạo và đào tạo lại cán bộ để không ngừng nâng cao chất lượng phục vụ người bệnh, đạt tiêu chuẩn của Bệnh viện hạng II.