Thanh tra, kiểm tra các ngành nghề kinh doanh có điều kiện là một nội dung quan trọng của QLNN. Đây là một công tác thường xuyên, là hình thức hoạt động công khai của nhà nước để thực hiện chức năng quản lý Nhà nước đối với các ngành nghề kinh doanh có điều kiện. Thông qua biện pháp này đảm bảo cho các cơ sở hoạt động kinh doanh đúng mục đích, bảo vệ được lợi ích kinh doanh hợp pháp, phòng ngừa, đấu tranh chống tội phạm và các hành vi vi phạm pháp luật. Mặt khác, biện pháp này tạo điều kiện thuận lợi cho việc thực hiện các mặt công tác nghiệp vụ khác của quản lý nhà nước như: Việc chấp hành các quy định của Nhà nước và của chính quyền địa phương về kinh doanh có điều kiện, hoạt động của các doanh nghiệp có đúng giấy phép kinh doanh, các doanh nghiệp có đảm bảo đủ điều kiện đỗi với các lĩnh vực kinh doanh đòi hỏi những quy định của pháp luật...
không ít phiền hà cho doanh nghiệp, ảnh hưởng đến hoạt động sản xuất kinh doanh, thậm chí có trường hợp gây nhũng nhiễu. Để tránh sự tùy tiện trong hoạt động thanh tra, kiểm tra bảo đảm hoạt động này đúng pháp luật, ngoài Luật Thanh tra năm 2010 và các văn bản liên quan đến hoạt động thanh tra, kiểm tra Chính phủ đã ban hành NĐ 61/1998 về “Công tác thanh tra, kiểm tra đối với doanh nghiệp” và Luật doanh nghiệp năm 2014 quy định về việc “Thanh tra hoạt động kinh doanh của doanh nghiệp”. Nhưng trên thực tế, do nhiều nguyên nhân khác nhau mà hoạt động thanh tra, kiểm tra của các cơ quan nhà nước vẫn gây một số khó khăn cho doanh nghiệp. Những bất cập về mặt pháp luật và thực tiễn trong hoạt động thanh tra, kiểm tra và những vướng mắc từ hoạt động này mà các doanh nghiệp thường gặp tập trung ở một số mặt sau đây:
- Do có nhiều cơ quan có thẩm quyền thanh tra, kiểm tra nên số lượng các cuộc thanh tra, kiểm tra đối với doanh nghiệp nhiều. Theo quy định của pháp luật hiện hành, các ngành nghề kinh doanh có điều kiện trước hết phải chịu sự thanh tra của các cơ quan thanh tra nhà nước. Ngoài ra các ngành nghề kinh doanh có điều kiện còn chịu sự kiểm tra của rất nhiều cơ quan nhà nước khác nhưng ở phạm vi hẹp hơn và hoạt động đó được quy định cụ thể trong các văn bản pháp luật. Các ngành nghề kinh doanh có điều kiện được thành lập chủ yếu là để kinh doanh, vì thế trước hết phải chịu sự kiểm tra liên quan đến hoạt động sản xuất kinh doanh như: kiểm tra việc thực hiện pháp luật về đảm bảo đủ điều kiện kinh doanh theo luật định, thuế, tài chính, kế toán, giá cả, tiêu chuẩn chất lượng và trong các lĩnh vực khác như lao động, vệ sinh môi trường… Trong trường hợp các ngành nghề kinh doanh có điều kiện có vi phạm pháp luật về các lĩnh vực QLNN hoặc có tin tố giác về tội phạm liên quan đến doanh nghiệp thì lực lượng cảnh sát kinh tế, an ninh kinh tế, an ninh văn hóa, cảnh sát quản lý hành chính về trật tự an toàn xã hội, cảnh
sát phòng cháy, chữa cháy, cảnh sát phòng chống ma túy có quyền kiểm tra sổ sách, hồ sơ, chứng từ, tài liệu của các ngành nghề kinh doanh có điều kiện.
- Do các ngành nghề kinh doanh có điều kiện phải chịu sự thanh tra, kiểm tra của nhiều cơ quan với những lĩnh vực và nội dung khác nhau, vì vậy có thể xảy ra tình trạng trùng lặp về nội dung, thời gian. Đây là hành vi mà pháp luật nghiêm cấm. Điều 3 NĐ61-1998 quy định “Không được tiến hành trùng lặp, không quá một lần về cùng một nội dung trong một năm đối với doanh nghiệp”; Luật doanh nghiệp quy định “Việc thanh tra về tài chính được thực hiện không quá một lần trong một năm đối với một doanh nghiệp”. Điều đó có nghĩa là: trong một năm, cùng một nội dung tại một doanh nghiệp đã được một cơ quan nhà nước có thẩm quyền tiến hành thanh tra, kiểm tra; kết luận thì không một cơ quan nào khác được thanh tra, kiểm tra một lần nữa (trừ trường hợp bất thường và phúc tra) thực tế việc trùng lặp vẫn xảy ra.
- Đối với các ngành nghề kinh doanh có điều kiện huyện Gia Lâm chỉ tính riêng cơ quan thuế đã thực hiện 25 cuộc thanh tra, kiểm tra trong năm 2016 (50% số doanh nghiệp) trong đó 100% số doanh nghiệp đã được thanh tra, kiểm tra phải xử lý hành vi khai sai về thuế, truy thu và phạt vi phạm hành chính 2.440 triệu đồng, giảm lỗ 912 triệu đồng, 6 tháng đầu năm 2017 thanh tra, kiểm tra thuế 02 doanh nghiệp kinh doanh có điều kiện do huyện quản lý truy thu và phạt 296 triệu đồng.