Rủi ro hoạt động xảy ra khi hệ thống không đảm bảo an toàn và có mức độ tin cậy thấp, có khả năng gây thiệt hại cho ngân hàng. Có thể nói, đây chính là rủi ro nguy hiểm nhất, có tác động lớn mang tính chất sống còn đến hoạt động ngân hàng điện tử. Rủi ro này có thể phát sinh khi ngân hàng bị có đối tượng tấn công, đột nhập hệ thống điện tử; hoặc do hệ thống điện tử chưa được triển khai hoàn chỉnh, còn mắc nhiều sai sót.
Nguyên nhân của rủi ro này có thể từ khâu kiểm soát tiếp cận hệ thống máy chủ và lưu trữ. Hiện nay, việc truy cập hệ thống ngân hàng ngày càng trở nên phức tạp do việc phân bổ các điểm truy nhập, việc sử dụng các đường dây liên lạc, kể cả các mạng thông tin công cộng như Internet ngày càng được phát triển nên khi kiểm soát không tốt có thể dẫn đến tình trạng mất trộm dữ liệu trên mạng Internet và khi đó tội phạm có thể sử dụng thẻ và mã PIN của khách hàng để thực hiện giao dịch.
Bên cạnh đó, khi triển khai các dịch vụ NHĐT, các ngân hàng đã lựa chọn các hệ thống bị lỗi, quá trình vận hành chậm hoặc sai sót, không phù hợp nhu cầu sử dụng; hay cũng có hiều ngân hàng lại dựa vào các nhà cung cấp dịch vụ bên ngoài và các chuyên gia độc lập để triển khai, vận hành và hỗ trợ các phần khác nhau của hoạt động NHĐT trong khi họ không nắm rõ về hoạt động, kết cấu kỹ thuật hạ tầng của ngân hàng... Tốc độ thay đổi ứng dụng công nghệ thông tin diễn ra nhanh chóng khiến cho hệ thống của ngân hàng có thể bị lạc hậu. Điều này sẽ gây ra những rắc rối khi vận hành các hệ thống mới hoặc hệ thống được cập nhật.
một loại rủi ro hoạt động. Các khách hàng sử dụng thông tin cá nhân (thông tin chứng thực, số thẻ tín dụng hoặc số tài khoản ngân hàng) trong các giao dịch điện tử không được bảo mật sẽ tạo điều kiện cho bọn tội phạm tiếp cận được với các tài khoản của họ. Hậu quả là, ngân hàng có thể phải chịu tổn thất tài chính do khách hàng thực chất là không chấp thuận các giao dịch đó. Rửa tiền có thể cũng là một vấn đề nữa cần phải quan tâm.