Cách đây hơn 30 năm, một chủ trương của nhà nước mang ý nghĩa cực kỳ quan trọng đối với ngành ngân hàng đó là chia hệ thống ngân hàng thành hai cấp: Ngân hàng Nhà Nước có nhiệm vụ quản lý còn các các ngân hàng chuyên doanh ( NHTM ) có nhiệm vụ kinh doanh.
Nghị định số 53/HĐBT ngày 26 tháng 03 năm 1988 của Hội đồng Bộ Trưởng (nay là Chính Phủ) đã quyết định sự ra đời của nhiều tổ chức cho vay hoạt động theo cơ chế thị trường trong đó có NH No&PTNT Việt Nam.
Với bối cảnh ra đời theo chủ trương của Đảng và Nhà nước, Agribank Việt Nam - Chi nhánh Đông Anh đã thành lập được gần 20 năm, phát triển từ một ngân hàng cấp huyện trực thuộc ngân hàng thành phố Hà Nội với cơ sở vật chất kỹ thuật nghèo nàn, nguồn vốn và dư nợ cho vay còn thấp, đội ngũ cán bộ nhân viên còn yếu về chuyên môn nghiệp vụ và mang trong tư tưởng dựa vào sự bao cấp của nhà nước, chưa thực sự hiểu rõ nền kinh tế thị trường hoạt động như thế nào.
Đến nay Agribank Đông Anh đã trở thành một NHTM lớn mạnh có tầm cỡ tại địa bàn Đông Anh nói riêng và toàn hệ thống ngân hàng thuơng mại nói chung với tổng nguồn vốn, dư nợ và có một cơ sở vật chất kỹ thuật phát triển gấp hàng trăm lần so với thời kỳ mới thành lập.
Tiền thân của Agribank Đông Anh là chi điếm ngân hàng Nhà Nước huyện Đông Anh được thành lập năm 1959. Đến cuối năm 1960 đổi tên thành chi nhánh ngân hàng nhà nước huyện Đông Anh và đến năm 1978 là Ngân hàng Nhà Nước huyện Đông Anh có trụ sở đóng tại khu vực Ga Đông Anh. Khi giặc Mỹ đánh phá Miền Bắc, trụ sở ngân hàng được chuyển về xã Vân Nội - Đông Anh - Hà Nội .
Sau khi đất nước hoàn toàn thống nhất, ngân hàng chuyển về xã Uy Nỗ - Đông Anh ( Số 2 - Đường Cao Lỗ - Đông Anh - Hà Nội)
Agribank Đông Anh là một chi nhánh trực thuộc Ngân hàng nông nghiệp thành phố Hà Nội theo quyết định số 31/ NH- QĐ ngày 26/3/1988 của Tổng giám đốc ngân hàng Nhà Nước Việt Nam (Thành lập chi nhánh ngân hàng phát triển nông nghiệp cơ sở thuộc thành phố Hà Nội trên cơ sở chuyển từ ngân hàng Nhà Nước sang )
Ngày 24/12/1990 bằng quyết định số 1103/NH- QĐ của Tổng giám đốc ngân hàng nông nghiệp Việt Nam, Ngân hàng nông nghiệp Đông Anh là 1 trong 13 chi nhánh cơ sở thuộc chi nhánh ngân hàng nông nghiệp Thành phố Hà Nội.
Ngày 01/9/1995 bằng quyết định số 458 / QĐ - NHNo của Tổng giám đốc ngân hàng Nông nghiệp Việt Nam (v/v Tổ chức xắp xếp các chi nhánh ngân hàng Nông nghiệp trên địa bàn Hà Nội ), ngân hàng nông nghiệp Đông Anh được tách ra không thuộc ngân hàng nông nghiệp thành phố Hà Nội mà trở thành một chi nhánh trực thuộc Ngân hàng nông nghiệp Việt Nam.
Đến T10/1996 Ngân hàng Nông nghiệp Đông Anh đổi tên thành Ngân hàng nông nghiệp và phát triển nông thôn Đông Anh. Cơ sở việc đổi tên này là quyết định số 280/ QĐ - NH5 ngày 15/10/1996 của Thống Đốc NHNN Việt Nam về việc Thành lập Ngân hàng nông nghiệp và phát triển nông thôn Việt Nam trên cơ sở Ngân hàng nông nghiệp Việt Nam trước đây.
Đến tháng 6 năm 1998 Ngân hàng Nông nghiệp và phát triển nông thôn Đông Anh được trở thành đơn vị thành viên hạch toán phụ thuộc và là một trong 81 đơn vị thành viên của Ngân hàng nông nghiệp và phát triển nông thôn Việt Nam theo quyết định số 198 / 1998 / QĐ - NHNN5 của Thống Đốc ngân hàng nhà nước Việt Nam.