Để quản lý chặt chẽ các căn cứ tính thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu, trước tiên chủ thể quản lý phải dựa vào thủ tục khai báo của đối tượng nộp thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu. Các đối tượng có hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu phải căn cứ vào tờ khai hải quan phải kê khai đầy đủ, chính xác, trung thực các tiêu thức ghi trên tờ khai. Phải tự
tính số thuế phải nộp theo quy định và chịu trách nhiệm trước pháp luật về việc kê khai của mình.
Căn cứ vào thủ tục khai báo Hải quan của đối tượng nộp thuế tại tờ khai Hải quan, cơ quan hải quan phải thực hiện kiểm tra hải quan trong quá trình làm thủ tục hải quan để kiểm tra tính chính xác các nội dung tờ khai Hải quan thông qua các bước sau:
- Kiểm tra các chứng từ thuộc hồ sơ Hải quan (số lượng, chủng loại chứng từ, tính hợp pháp của chứng từ, kiểm tra việc tuân thủ chính sách quản lý xuất khẩu, nhập khẩu, chính sách thuếvà các quy định khác của pháp luật), kiểm tra nội dung khai hải quan, đối chiếu nội dung khai hải quan với các chứng từ thuộc hồ sơ Hải quan...
Các chứng từ thuộc hồ sơ Hải quan gồm: Tờ khai Hải quan; Hợp đồng mua bán hàng hoá; Hóa đơn thương mại (invoice); Giấy chứng nhận xuất xứ hàng hoá (C/O); Bảng kê chi tiết hàng hoá đối với lô hàng nhiều chủng loại (Packing list); Giấy phép xuất khẩu hoặc giấy phép nhập khẩu (nếu có);...
- Kiểm tra thực tế hàng hoá là quá trình cơ quan Hải quan công khai kiểm tra hiện vật để đối chiếu với chứng từ khai báo đã đăng ký thủ tục Hải quan, từ đó làm cơ sở để xác định số thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu phải nộp. Để thực hiện việc kiểm tra thực tế có hiệu quả, cơ quan hải quan phải tổ chức thu thập trao đổi thông tin để xây dựng cơ sở dữ liệu về: quá trính chấp hành pháp luật của đối tượng nộp thuế, chính sách quản lý xuất nhập khẩu; tính chất, chủng loại, nguồn gốc và các thông tin khác liên quan đến hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu. Dựa vào hồ sơ hải quan và các thông tin có liên quan đến hàng hoá xuất khẩu, nhập khẩu cơ quan hải quan sẽ quyết định hoặc thay đổi hình thức, tỷ lệ kiểm tra thực tế hàng hoá, cách xác định tỷ lệ kiểm tra thực tế hàng hoá đối với từng lô hàng xuất khẩu, nhập khẩu cụ thể.
Việc kiểm tra hồ sơ hải quan, kiểm tra thực tế hàng hoá phải xác định được các yếu tố sau: Tên hàng hoá và mã số hàng hoá; xuất xứ hàng hoá, Số lýợng hàng hoá, giá tính thuế, bảo đảm yêu cầu xác định đượcsố thuế phải nộp[40].
1.3.4 Tăng cường quản lý miễn, giảm, hoàn thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu, không thu thuế, thanh khoản hồ sơ