- Cơ sở hạ tầng, đường xá giao thông, năng lực bốc xếp, vận tải... của các Doanh nghiệp trên địa bàn tỉnh Lạng Sơn còn hạn chế. Đặc biệt với điều kiện thời tiết khắc nghiệt những tháng đầu năm và cuối năm ( thời điểm đó thời tiết thường lạnh giá, trời mưa đường lầy lội) hệ thống giao thông vào các cửa khẩu phụ gặp rất nhiều khó khăn. Đối với Nhà Ga ĐSQT Đồng Đăng, hệ thống cơ sở hạ tầng, bến bãi chưa đáp ứng yêu cầu hiện đại hóa của Ngành Hải quan do đó hạn chếđối với năng lực thông quan hàng hóa, làm giảm yếu tố cạnh tranh, thu hút đầu tư trên địa bàn tỉnh.
- Với chính sách điều tiết biên mậu khó lường của chính quyền Trung Quốc (có những thời điểm các cửa khẩu phụ hàng tháng không thực hiện được hoạt động XNK hàng hóa, không phát sinh tờ khai XK/NK) do phía Chính quyền Trung Quốc thực hiện chính sách hạn chế xuất/ nhập khẩu (tăng cường kiểm soát, xây dựng hào chắn...) dẫn đến kim ngạch hàng hóa giảm, số thu giảm.
- Tình trạng buôn lậu, gian lận thương mại, vận chuyển hàng trái phép qua biên giới tiếp tục có những diễn biến phức tạp, nhất là các mặt hàng có thuế suất cao như: đồ điện dân dụng, điện tử, hàng tạp hoá, hàng may mặc và các loại hàng cấm như: ma túy, tiền giả, pháo, gia cầm và các sản phẩm gia súc, gia cầm...
- Chính sách của các Bộ, Ngành về quản lý hàng XNK còn nhiều chồng chéo, bất cập, hay thay đổi, gây khó khăn cho các doanh nghiệp hạch toán kinh doanh ổn định.
- Kinh tế thế giới còn nhiều bất ổn ảnh hưởng đến hoạt động XNK của các Doanh nghiệp. Bên cạnh đó, Chính phủ tiếp tục áp dụng nhiều giải pháp nhằm kiềm chế lạm phát, giảm nhập siêu, thắt chặt vốn vay ngân hàng ảnh hưởng đến việc nhập khẩu một số mặt hàng có thuế suất cao, do đó ảnh hưởng đến số thu ngân sách.
2.3 Đánh giá chung về công tác thu và chống thất thu thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu của Cục hải quan tỉnh Lạng Sơn giai đoạn 2012-2016