Hệ thống thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu là tổng hợp các văn bản pháp luật quy định về các sắc thuế khác nhau mà giữa chúng có mối liên hệ mật thiết với nhau nhằm vào hàng hoá xuất nhập khẩu và hệ thống cơ quan quản lý thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu (Tổng cục Hải quan, Cục Hải quan tỉnh, thành phố; Chi cục Hải quan trực thuộc Cục Hải quan tỉnh, thành phố)
Như vậy, hệ thống thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu của quốc gia phải trải qua thời gian và nhiều lần cải cách thì mới hoàn thiện, đầy đủ và đảm bảo những nguyên tắc của hệ thống thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu tối ưu, thực hiện những mục tiêu mà Nhà nước đặt ra. Đi cùng với quá trình đổi mới hệ thống thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu, hoạt động quản lý của cơ quan Hải quan cũng cần được cải tiến cho phù hợp với yêu cầu của Tổ chức Hải quan Thế giới và tiến trình tự do hoá thương mại trên thế giới.
Trong xu hướng toàn cầu hoá và hội nhập kinh tế quốc tế thì không thể quốc gia nào có thể tách riêng độc lập trong thương mại quốc tế. Quản lý thu thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu của mỗi quốc gia cũng gián tiếp chịu ảnh hưởng của quá trình hội nhập này. Hệ thống thuế quan chịu ảnh hưởng rất lớn bởi các quy định, luật lệ, cam kết quốc tế mà quốc gia đó là thành viên. Theo phạm vi tác động có thể chia ra ba nhóm tác động như sau [15]:
+ Ảnh hưởng của các hiệp định, cam kết chung (hiệp định, cam kết của Tổ chức thương mại thế giới (WTO) tới hệ thống thuế quan của một nước. Hiện nay Tổ chức thương mại thế giới (WTO) đã có hơn 150 thành viên nên việc điều chỉnh thuế quan của một quốc gia sẽ ảnh hưởng tới nhiều quốc gia khác. Hải quan Việt Nam cũng là thành viên của tổ chức Hải quan thế giới (WCO) nên phải tuân thủ những hiệp định, cam kết đã ký kết.
+ Ảnh hưởng của các hiệp định, cam kết khu vực, liên kết kinh tế tới hệ thống thuế quan của một quốc gia. Do phạm vi tác động của các hiệp định, cam kết chỉ giới hạn trong phạm vi các nước tham gia liên kết kinh tế, nên việc xây dựng hệ thống thuế quan của một nước sẽ chịu ảnh hưởng chủ yếu bởi các yếu tố trong khu vực.
+ Ảnh hưởng của các hiệp định, cam kết song phương tới hệ thống thuế quan của quốc gia đó. Do phạm vi tác động của nó chỉ diễn ra giữa hai quốc gia nên việc xây
dựng hệ thống thuế quan thường chú trọng vào việc đảm bảo hài hoà lợi ích quốc gia với lợi ích của đối tác. Việc điều chỉnh thuế quan nhiều khi cũng chỉ diễn ra ở một số ngành, lĩnh vực mà cả hai cùng quan tâm.
Tóm lại, hệ thống thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu hay chính sách bảo hộ sản xuất của một quốc gia sẽ ảnh hưởng gián tiếp đến quản lý thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu của cơ quan Hải quan.