Cục Hải quan tỉnh Lạng Sơn được thành lập từnăm 1953 theo Nghị định số 206/TC- NĐ, ngày 10/9/1953, của Bộ trưởng Bộ Tài chính. Tại khoản 9 Điều 1 có quy định “thành lập Chi sở thuế xuất nhập khẩu biên giới Lạng Sơn, Cao Bằng, Hà Giang, Lào Cai trực thuộc Sở Thuếđặt dưới quyền lãnh đạo của Ủy ban Kiểm chính hành chính và Ty quản lý Xuất nhập khẩu Lạng sơn, Cao Bằng, Hà Giang, Lào Cai”.
Những ngày đầu mới thành lập, Hải quan tỉnh Lạng Sơn chỉ có 18 người, được bố trí tại 03 đơn vị quản lý xuất nhập khẩu, được thành lập ở Lạng Sơn. Đó là đồn quản lý xuất nhập khẩu Chi Ma, Đồng Đăng, Bình Nghi, với điều kiện cơ sở vật chất khó khăn, thiếu thốn, trụ sở phải ở nhờ nhà dân hoặc làm các lán tạm, lực lượng cán bộ, công chức quá ít.
Với hơn 230 km đường biên giới tiếp giáp với nước bạn Trung Quốc, mặc dù với bộ máy tổ chức ít ỏi, nhưng ngay từ thời kỳ mới thành lập, với nhiệm vụ chủ yếu là khẩn trương thông quan, tiếp nhận hàng hoá do các nước xã hội chủ nghĩa (XHCN) anh em giúp đỡ Hải quan Lạng Sơn đã góp phần tích cực vào việc hỗ trợ kịp thời cho tiền tuyến. Lạng Sơn trở thành “cảng nổi”, “điểm giải toả hàng hoá sôi động” của cảnước. Hải quan Lạng Sơn nhanh chóng làm thủ tục hải quan “đón hàng xuất, theo hàng nhập”, phát hiện và ngăn ngừa tổn thất hàng hoá xuất nhập khẩu. Khi đất nước thống nhất, Hải quan Lạng Sơn luôn hoàn thành nhiệm vụ của ngành đặt ra là kiểm tra và quản lý hàng hoá, ngoại hối, thi hành chính sách thuế xuất nhập khẩu, phòng, chống các hoạt động buôn lậu, vận chuyển trái phép hàng hoá, tiền tệ qua biên giới, góp phần bảo vệ chủ quyền quốc gia, an ninh chính trị, phục vụcông tác đối ngoại của Đảng và Nhà nước.
Với chính sách mở cửa, hội nhập kinh tế của đất nước, với việc bình thường hoá quan hệ 2 nước Việt Nam - Trung Quốc. Năm 1992 hoạt động xuất nhập khẩu ở biên giới Việt - Trung trở nên nhộn nhịp, sôi động hơn, nhiệm vụ của Hải quan Lạng Sơn càng nặng nềhơn. Hải quan Lạng Sơn đã thành lập thêm các đơn vị trực thuộc đểđáp ứng với yêu cầu, nhiệm vụ trong tình hình mới. Thực hiện chương trình cải cách hành chính của
Chính phủ, Hải quan Lạng Sơn đã chấn chỉnh toàn bộ tổ chức bộmáy, tăng cường cán bộ có trình độ, đạo đức, tinh thông nghiệp vụ, không ngừng cải tiến quy trình, thực hiện hiện đại hoá hải quan để hoàn thành tốt hơn nhiệm vụmà ngành đặt ra trong tình hình mới theo phương châm “Thuận lợi -Tận tuỵ - Chính xác” để đạt được trình độ “Chuyên nghiệp - Minh bạch - Hiệu quả” theo yêu cầu nhiệm vụ mới.
Trải qua 64 năm xây dựng và phát triển dưới sự lãnh đạo, chỉ đạo, với sự nỗ lực hết mình các thế hệ cán bộ, chiến sỹ từngày đầu thành lập bộ máy tổ chức của ngành từ chỗ chỉ có 18 cán bộ, công chức với 03 đơn vị đến nay, hải quan Lạng Sơn đã có một bộ máy đủ mạnh với hơn 400 cán bộ công chức, với 17 đầu mối đơn vị thuộc và trực thuộc. Trong đó, có 7 phòng tham mưu, 01 Trung tâm dữ liệu và công nghệ thông tin, 01 Đội kiểm soát Hải quan, 06 Chi cục (05 Chi cục Hải quan cửa khẩu, 01 Chi cục Kiểm tra sau thông quan).
Hiện nay, Cục Hải quan tỉnh Lạng Sơn được giao nhiệm vụ quản lý Nhà nước về Hải quan trên địa bàn tỉnh Lạng Sơn. Lạng Sơn là tỉnh có vị trí địa lý và vai trò hết sức quan trọng trong hệ thống phát triển kinh tế, chính trị, xã hội, của vùng Đông bắc nói riêng và cảnước nói chung.
Với địa thế có hai cửa khẩu quốc tếđường bộ và đường sắt nối liền thông thương với nhiều tỉnh thành, địa phương của hai nước Việt Nam – Trung Quốc, cùng với 01 cửa khẩu chính và 09 cửa khẩu phụ. Khu kinh tế cửa khẩu Đồng Đăng - Lạng Sơn giữ vị trí rất quan trọng là chiếc cầu nối; cửa ngõ buôn bán giao lưu kinh tế không chỉ giữa các doanh nghiệp nước ta và nước bạn Trung Quốc mà còn của các nước trong khu vực Đông Nam Á.
Trong quá trình 64 năm xây dựng và trưởng thành, Hải quan Lạng Sơn đã không ngừng lớn mạnh và có nhiều đóng góp quan trọng cho sự nghiệp xây dựng và bảo vệ Tổ quốc nói chung; bảo vệ an ninh chính trị, trật tự an toàn xã hội của tỉnh Lạng Sơn nói riêng, góp phần quan trọng tăng thu cho ngân sách Nhà nước, đồng thời góp phần cùng toàn ngành Hải quan luôn hoàn thành nhiệm vụ chính trị mà Đảng, Nhà nước và nhân dân giao phó.
Từ chỗ chỉ thực hiện việc chống buôn lậu hàng tâm lý là chủ yếu đến nay số thu ngân sách của ngành tăng lên từng năm, trung bình thu trong 10 năm gần đây thu đạt gần 2.000 tỷ. Nếu năm 2005 tổng thu ngân sách từ hoạt động xuất nhập khẩu là 580 tỷđồng thì
đến năm 2015 thu từ hoạt động xuất nhập khẩu đạt trên 6.400 tỷđồng. Tốc độ tăng bình quân hàng năm của kim ngạch xuất nhập khẩu là 44,24%. Tính riêng lượng hàng hoá xuất nhập khẩu qua các cửa khẩu của tỉnh Lạng Sơn chiếm 60% lượng hàng hoá xuất nhập khẩu qua các tỉnh biên giới phía Bắc. Năm 2005, Hải quan Lạng Sơn làm thủ tục cho hơn 160 nghìn lượt hành khách xuất nhập cảnh và thủ tục cho 38.490 bộ tờ khai, với tổng kim ngạch đạt 402,7 triệu USD. Đến năm 2015, có 983.092 lượt hành khách được làm thủ tục xuất nhập cảnh và có tổng số 93.444 tờ khai hải quan được làm thủ tục với tổng kim ngạch đạt 3.983,98 triệu USD. Từ chỗ chỉ có 1.588 doanh nghiệp làm thủ tục xuất nhập khẩu hàng hóa qua địa bàn (năm 2006) đến nay lên đến 2.693 lượt doanh nghiệp làm thủ tục hàng hóa XNK, (tăng bình quân hằng năm tăng trên 110 doang nghiệp) với đầy đủ loại hình xuất nhập khẩu (gia công, sản xuất xuất khẩu, đầu tư, kinh doanh…)
Từ chỗ trụ sở làm việc phải thuê, mượn đến nay Cục Hải quan tỉnh Lạng Sơn đã có trụ sở làm việc khang trang với diện tích xây dựng 23.310 m2, trên diện tích đất 25.200,3 m2.
Từ chỗ địa bàn hoạt động hải quan chỉ có 03 đơn vị nhỏ lẻ trên đường bộ và đường sông đến nay đã có 02 cửa khẩu quốc tếđường bộvà đường sắt; 01 cửa khẩu đường bộ quốc gia; 02 cặp chợ trong khu kinh tế cửa khẩu; 01 Đội kiểm soát hải quan; 01 bộ phận HQ Trạm liên ngành Dốc Quýt và 10 đơn vị tham mưu chức năng tại Khối cơ quan Cục (Riêng Chi cục Hải quan CK Hữu Nghị và Chi cục Hải quan Tân Thanh còn quản lý thêm 04 Đội nghiệp vụ trực thuộc nơi xa nhất cách trụ sở Cục gần 100km). Việc kiểm soát chống buôn lậu được quan tâm triển khai trên các địa bàn quản lý. Trong hơn 10 năm (từ2001 đến nay) toàn Cục đã phát hiện và bắt giữ gần 7.000 vụ vi phạm, với trị giá 150,7 tỷđồng; Công tác kiểm tra sau thông quan được chú trọng Cục HQ tỉnh Lạng Sơn đã tăng cường đội ngũ cán bộ công chức và đẩy mạnh hoạt động kiểm tra sau thông quan nhằm đánh giá sự tuân thủ chính sách pháp luật về Hải quan của doanh nghiệp và cơ quan Hải quan, kết quả phát hiện nhiều trường hợp khai sai về chính sách thuế, đã truy thu được hơn 40 tỷđồng; Công tác cải cách, hành chính, hiện đại hóa HQ từng bước được thực hiện. Xây dựng trang Website Hải quan Lạng Sơn để phục vụ việc tuyên truyền phổ biến chính sách pháp luật, hỗ trợ cung cấp thông tin cho người khai hải quan, xây dựng và áp dụng hệ thống quản lý chất lượng theo tiêu chuẩn ISO9001:2008 vào hoạt động quản lý của ngành....