Sau khi đã lập được kế hoạch cho một chương trình hay dự án y tế, chúng ta cần tổ chức triển khai thực hiện kế hoạch đó (xem hình dưới đây). Thực hiện kế hoạch là quá trình biến mọi kế hoạch trên giấy thành hiện thực, thành sản phẩm mong đợi. Trên thực tế, đây là
bước khó khăn nhất trong chu trình quản lý, địi hỏi thời gian cơng sức, trí tuệ và nguồn lực lớn nhất.
Quản lý việc triển khai chương trình/dự án là việc áp dụng kiến thức, kỹ năng, công cụ và kỹ thuật vào các hoạt động của chương trình/dự án nhằm đáp ứng các yêu cầu của chương trình/dự án.
Quản lý triển khai chương trình/dự án đòi hỏi những người quản lý phải hiểu rõ các đặc điểm của chương trình/dự án do tổ chức mình thực hiện. Sau đây là những đặc điểm, mà thường là những khó khăn mà người quản lý sẽ phải đối mặt trong suốt thời gian triển khai thực hiện: Đánh giá Lập kế hoạch Thực hiện Giám sát Theo dõi
1. Chung nguồn lực với nhiều chương trình/dự án hay hoạt động khác. Ví dụ, trung tâm y tế huyện chỉ có một chiếc ơ tơ nhưng được sử dụng cho tất cả các hoạt động tại Trung tâm. Hoặc cán bộ chương trình phịng chống AIDS cũng kiêm nhiệm ln việc theo dõi chương trình phịng chống Lao.v.v..
2. Nhóm cán bộ tham gia chương trình/dự án thường đến từ nhiều phòng ban bộ phận khác nhau. Ví dụ để triển khai một hoạt động về đào tạo kỹ năng tư vấn về sức khỏe sinh sản cho cán bộ y tế tuyến xã, nhóm cán bộ tham gia của Trung tâm Y tế huyện có thể bao gồm cán bộ phòng sức khỏe sinh sản, cán bộ phịng truyền thơng giáo dục sức khỏe, cán bộ phòng kế hoạch .v.v.
3. Người điều phối việc triển khai có thể thiếu thẩm quyền chức năng đối với các thành viên nhóm do nhiều khi người điều phối là một cán bộ của một phòng/ban nhưng các thành viên nhóm lại từ các phịng ban khác
Do những đặc điểm trên, quá trình thực hiện nhiều khi không diễn ra như kế hoạch và thường là có những thay đổi trong q trình thực hiện, cả về thời gian, nhân lực và tài chính