Cấu trúc chuỗi cung ứng có sự biến đổi rất linh hoạt tùy thuộc vào yêu cầu về mặt hàng cũng như các điều kiện sản xuất, cung ứng, đặc điểm nhu cầu thị trường. Dưới đây là một số các dạng chuỗi cung ứng thực phẩm phổ biến có thể áp dụng tại Việt Nam.
1.1.4.1. Chuỗi cung ứng thực phẩm tươi sống và thực phẩm chế biến
Chuỗi cung ứng thực phẩm tổng hợp có khả năng cùng lúc cung ứng nhiều loại mặt hàng thực phẩm. Các chuỗi cung ứng này thường thuộc về các nhà bán lẻ tổng hợp và hỗn hợp. Họ cung ứng hàng thực phẩm để điền đầy phổ hàng bán lẻ của
mình. Tùy thuộc vào quy mô và tính chuyên môn hóa của doanh nghiệp bán lẻ mà chuỗi cung ứng tổng hợp có mức độ đa dạng khác nhau. Thông thường các chuỗi cung ứng bán lẻ quy mô nhỏ sẽ không đủ điều kiện duy trì mặt hàng thực phẩm tươi sống, họ chú ý tới mặt hàng thực phẩm chế biến và đóng hộp nhiều hơn.
Chuỗi cung ứng thực phẩm chuyên biệt cung cấp một nhóm các mặt hàng thực phẩm có yêu cầu đặc biệt trong cung ứng. Các mặt hàng rau hoa quả, thịt và thủy hải sản tươi là những mặt hàng đòi hỏi các điều kiện logistics và bảo quản chuyên biệt.
1.1.4.2. Chuỗi cung ứng thực phẩm tổng hợp và chuyên biệt
Chuỗi cung ứng thực phẩm ngắn thường phổ biến ở các nước phát triển giúp tăng cường cải tạo môi trường, hỗ trợ nông dân, gia tăng hiệu quả quản lý VSATTP và duy trì sức khỏe cho người tiêu dùng.
Chuỗi thực phẩm dài có phạm vi vượt ra ngoài biên giới các nước để phục vụ thị trường ở các khu vực và quốc gia khác nhau. Chuỗi này bao gồm cả các sản phẩm tươi sống và chế biến. Tuy nhiên, do chuỗi dài nên cấu trúc thường phức tạp. Khả năng quản lý chuỗi khó khăn hơn và bị tác động lớn bởi các quy định pháp luật về kinh doanh thực phẩm tại thị trường các nước.
1.1.4.3. Chuỗi cung ứng thực phẩm khép kín
Chú trọng tới hiệu quả của chuỗi giá trị thực phẩm trong mọi khâu sản xuất, chế biến, phân phối và tiêu dùng. Yêu cầu giám sát và truy xuất nguồn gốc thực phẩm được từ trang trại đến bàn ăn đòi hỏi đầu tư vào các khâu chế biến thực phẩm khép kín từ giết mổ, pha lóc thịt tươi sống, đến chế biến cùng các nhà máy phụ trợ (đóng gói bao bì, chế biến gia vị...) điển hình là các thương hiệu Vissan, Ba Huân, Metro, Big C, Co.op Mart. Cấu trúc 3F thì đòi hỏi đầu tư rộng hơn vào quy trình quản lý khép kín từ lúc gia súc được sinh ra, nuôi dưỡng cho đến khi được vận chuyển, giết mổ và chế biến, bao trùm lên 3 khâu sản xuất thức ăn gia súc, nông trại và chế biến thực phẩm. Các chuỗi này đều có chung nguyên tắc quản lý khép kín từ sản xuất đến tiêu dùng nhằm tạo ra hệ thống cung ứng thực phẩm sạch, nhưng công thức từ trang trại đến bàn ăn mang tính phòng thủ nhiều hơn (liên kết để nhận nguồn nguyên liệu), còn công thức 3F mang tính chủ động (nắm cả nguồn nguyên liệu). Cả hai cấu trúc này đều yêu cầu vốn, quy mô đầu tư và khả năng quản lý bao quát,
thâm nhập đa ngành nên chỉ một số doanh nghiệp lớn đáp ứng được.
Khi xây dựng các chuỗi cung ứng, doanh nghiệp cần nắm vững các đặc điểm và tìm ra các cấu trúc, liên kết và quy trình phù hợp để đảm bảo có được các chuỗi cung ứng thực phẩm hiệu quả.